1898 年 7 月 3 日，光绪帝批准了由梁启超代为起草的《奏拟京师大学堂章程》，正式创办京师大学堂，并任命吏部尚书、协办大学士孙家鼐（nài）为首任管理大学堂事务大臣（管学大臣），许景澄任中学总教习，美国传教士丁韪（ wěi ）良任西学总教习。京师大学堂的建立在中国近现代史上具有划时代的意义，标志着中国近现代高等教育的开端。 1912 年 5 月，京师大学堂更名为北京大学，旋即冠“国立”，是中国历史上第一所冠名“国立”的大学，严复出任北京大学首任校长。
1917年1月3日，国立北京大学贴出告示：“蔡新校长定于本月四日上午十时到校视事，此示。”两天后，蔡元培正式以北大校长身份登上历史舞台，开启了这位教育家一生中最为辉煌的北大十年。他“循思想自由原则、取兼容并包之意”，进行思想解放和学术繁荣，北大从此日新月异。
蔡元培，字鹤卿，又字仲申、民友、孑（jié）民，乳名阿培，并曾化名蔡振、周子余，他是浙江绍兴府山阴县（今浙江绍兴）人。 蔡元培老先生堪称我国近代教育界“教父”级别的人物，毛主席评价他为“学界泰斗，人世楷模”。蔡先生是教育家、革命家、政治家，也 一位值得我们尊敬、怀念的老师、长者。1916年至1927年蔡元培任北京大学校长，革新北大，开“学术”与“自由”之风；蔡元培提倡民权与女权，倡导自由思想，致力革除“读书为官”的旧俗，开科学研究风气，重视公民道德教育及附带的世界观、人生观、美学教育。他早年参加反清朝帝制的斗争，民国初年主持制定了中国近代高等教育的第一个法令——《大学令》。
1917年1月4日，新校长蔡元培迈进国立北京大学校门那一刻，就震惊全校。与以往不可一世的校长不同，蔡元培脱下礼帽，谦逊地向迎接他的校役们鞠躬。蔡元培的低调深得人心，于是北大有了中国大学史上最辉煌的名师阵容。既有主张新文化运动的领袖人物胡适、陈独秀、鲁迅，也有主张恢复帝制的辜鸿铭、刘师培。蔡元培聘请全国一流的专家、学者任教授与讲师；教授年轻化，绝大多数都在30岁左右，最年轻的仅24岁；百花齐放，百家争鸣，聘请教员只问学问、能力，不问思想、派别。1917年的北大，有这样一群教授，梁漱溟24岁，胡适26岁，刘半农26岁，周作人32岁，陈独秀38岁。
1917年担任北京大学校长后，蔡元培在就职演说中将改造北京大学图书馆作为首先需要解决的问题。为此，他开展了对图书馆的改革。首先是聘请有真才实学的专家学者管理图书馆。他到校任职仅一年，即1918年1月，就聘请李大钊为图书馆主任，以此来管理图书馆。另外，蔡元培还想方设法多购新书，充实馆藏。由京师大学堂演变而来的北大图书馆，多年来积累的图书只有十来万册，且多为线装古籍。蔡元培要求图书馆以采购新书为重点，以适应“世界之学术，日新月异”的要求。图书馆一方面买来不少外文书，包括一些马克思主义书刊，同时也还搜求古书，学校成立国文研究所。广收书籍，必然需要不少费用，而北洋军阀政府不以教育事业为重，不但办学经费极其有限，而且还经常拖延不发。蔡元培只好四处奔走，通过向国内外“各方面捐款”的途径，广为筹集资金。
蔡元培作为近代中国文化界的卓越先驱者，其著名的文化思想和学术观点，曾对中国的历史进程发生过重要的影响。蔡元培任北京大学校长时提出的“兼容并包”的学术思想，不仅成为他主持北大教育工作的重要指导思想，同时也是他所坚持的办学原则。此思想提出后，一批具有新文化、新思想的代表人物进入北大，北大因此而成为中国思想活跃、学术兴盛的最高学府。因此，“兼容并包”思想在接纳新文化、反对封建文化方面起到了积极作用。
蔡元培就任国立北京大学校长时，对于大学性质探讨有着自己的见解。他认为大学应当成为研究高深学问的学府，这是蔡元培办学的指导思想，也是他大学教育思想的出发点。早在1912年5月16日，他以教育总长身份出席北京大学开学典礼，在演说中就提出“大学为研究高尚学问之地。”在担任北京大学校长后。他更是反复申述这一思想。
蔡元培曾说过，“教育并不专在学校，学校以外，还有许多机关。第一是图书馆。凡是有志读书而无力买书的人，或是孤本、抄本，极难得的书，都可以到图书馆研究。”在蔡元培看来，学校以外的教育，图书馆排在第一，“其次是博物院”。其实，蔡元培很早就关注博物馆，1902年他曾携家人参观中国境内最早建立的博物馆——法国传教士韩伯禄创建的徐家汇博物馆。1907年6月，蔡元培赴德国留学，并于次年进入莱比锡大学，在学习的过程中，蔡元培对博物馆的作用留下了深刻印象。早在蔡元培任教育总长期间，他就开始了成立博物馆的尝试。1912年7月，以“搜集历史文物，增进社会教育”为宗旨的国立历史博物馆筹备处在北京国子监成立，这就是后来中国历史博物馆（如今中国国家博物馆）的前身。
2020年，北京大学已经走过了122年的历史。 长期以来，北京大学始终与中国和中国人民共命运，与时代和社会同前进，是培养和造就高素质创造性人才的摇篮，恰如蔡元培先生所言： “大学者，囊括大典，网罗众家之学府也……此思想自由之通则，而大学之所以为大也。 ”
,
