清朝末年慈禧太后（斯琴高娃饰）身染怪病，太医们没一个能开出方子看病的。慈溪大怒，下令把太医斩首示众。江湖郎中汤元元（陈佩斯饰）不知道刑场旁边的酒菜是给即将行刑的人吃的，就在刑场旁边大吃大喝。在即将被砍头的时候，汤元元治好了监斩官洪禄（李大强饰）打嗝的毛病，于是洪禄就想让汤元元给太后看病。
几天后，太后让洪禄悄悄接汤元元进宫，不料却被军机大臣伍王爷（陈强饰）撞见。伍王爷以护送神医进宫、关心太后身体为由，到太后寝宫，想看看太后到底得了什么病，并要求汤元元现场开出药方。汤元元开出了个无字药方，众人你争我夺，却没想到抢夺的方子上一个字也没有。
汤元元开完方子后就躲了起来，本以为死定了的汤元元，却没想到太后赐给汤元元一套豪宅，还有许多仆人。洪禄和汤元元喝酒的时候，才知道汤元元给太后开的药是保胎药。
太后逼汤元元开打胎药，可是汤元元却宁死不开，宫女双喜与汤元元谈话中，知道汤元元几年前的未婚妻，因为怀孕吃了药，结果老婆孩子全没了，他从那时候就发誓再也不开打胎药了。宫女双喜爱上了这个江湖郎中，而汤元元也早就喜欢上了双喜。两人最终能否在一起？而汤元元又怎么才能逃出皇宫？这部电影的名字是《太后吉祥》。
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