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蓝藻是原核生物，又叫蓝绿藻蓝细菌；大多数蓝藻的细胞壁外面有胶质衣，因此又叫粘藻。在所有藻类生物中，蓝藻是最简单、最原始的一种。蓝藻的发生很大程度上取决于温度。蓝藻繁殖时对温度敏感，水温在17℃以下时，不会大量发生，或者不会对鱼类构成危害。当水温上升到28℃时，蓝藻很容易形成优势种群而大量爆发。
蓝藻有极大的适应性，分布很广。在淡水和海水中，潮湿和干旱的土壤或岩石上、树干和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐卤池、岩石缝中都有它们的踪迹；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如土壤蓝藻）。在热带、亚热带的中性或微碱性生长环境中生长旺盛。有许多种类是普生性的，如陆生的地耳，不仅在热带、亚热带、温带有，在寒带甚至南极洲也有。
(蓝藻结构图)
蓝藻细胞以直接分裂增殖。分裂时，细胞中部的膜和内胞壁向内增生，将细胞一隔为二。细胞分裂方式，大体可分为3类：
①三向分裂,成单细胞群体，如微囊藻属，或立方形群体，如立方形藻。
②两向分裂，成平板状群体如平列藻属，或假薄膜组织状，如石囊藻属。
③单向分裂，成单细胞个体，或成丝状的蓝藻，如念珠藻目的种类。丝状蓝藻往往断裂成短的细胞列(5～15个细胞)，称为段殖体（或称连锁体、藻殖段），有较大的滑动能力，可以继续分裂而成新的丝状体。
某些蓝藻种类则由于藻丝体中个别细胞溶解和脱水成为分离盘，藻丝在此处断裂而形成段殖体。蓝藻除细胞分裂增殖外，也进行无性生殖，形成内生孢子，又称小孢，如皮果藻属；有些形成外生孢子，如管孢藻属，有些丝状蓝藻则形成厚壁孢子，或称孢子，如念珠藻目。厚壁孢子有各种形状和产生的部位，为分类的重要标准之一，它一般比营养细胞大，细胞壁厚，孢子内贮存大量的蓝藻体、多肽和糖原，内含物丰富，有较强的抵抗外界不良环境的能力。
当蓝藻正常繁殖时不会造成危害，白鲢鱼可以吸食它，也是白鲢的优良饵料，凡是水中投放有恰当数量的白鲢一般不会暴发蓝藻。但是伴随着工农业的迅速发展，人们把越来越多的富含氮、磷等营养元素的生活污水和工业污水等不加任何处理，肆无忌惮的向江河湖海排放，或者养鱼池塘没放有或者比例不恰当的白鲢及滤食性鱼类，都可导致蓝藻泛滥成灾。蓝藻的繁殖力和适应性均很强，在一些营养丰富的水体中，有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝藻爆发，被称为“绿潮”（和海洋发生的赤潮对应）。
当蓝藻藻类大量生长时，这些藻类能释放出毒素——湖靛，对鱼类有毒杀作用。虽然蓝藻藻类生长很快，但因水中的营养盐可能被用尽，它们也会很快的死亡。蓝藻藻类大量死亡后(倒藻)，在腐败、被分解的过程中，也要消耗水中大量的溶解氧，并会上升至水面而形成一层绿色的黏质物，使水体严重恶臭。
当淡水中富营养化后，蓝藻“水华”会频繁出现，在江河中面积会逐年扩散，持续时间也会逐年延长。太湖、滇池、巢湖、洪泽湖都有蓝藻“水华”的暴发，就连流动的河流，如长江也会出现“水华。
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