作者:赵洪鑫 复旦大学医学博士 北京洪宇科技有限公司CEO
在上一篇文章中,鑫哥摒弃了用word写简历,改用R软件一键生成。但是这远远不够,因为鑫哥这个人太懒了,而且坚信懒惰是第一生产力,是促进科技发展的动力。
在国外,写论文喜欢用Latex, 在国内,用word比较多。但在鑫哥看来,这两种方式都是难以接受的。Latex复杂难用就不说了,用word写论文,很难保证持续的思路不被打断,开了个头,就会强迫症般的去调调格式,调调字体,调整对齐,无法保持沉浸式的写作。
对于写论文来说,作者的格式,单位的格式,各种声明,往往头疼和浪费时间。有些人喜欢用论文模板,比如文献管理endnote,noteexpress, 医学文献王等软件,会提供各大期刊的论文word模板,但是功能实在有限,也就是把摘要,背景,方法,结果,讨论像八股文一样拆开填进去罢了,根本起不到“模板”的作用。
鑫哥喜欢用类似markdown的方式,一口气从头写到尾,然后用某种软件,一键生成论文格式,岂不妙哉。但Markdown对文献自动插入没有太多解决办法。写论文,自动生成参考文献和图表的内部交叉引用必不可少,这点是文献管理的强项,markdown还有很多问题待解决。
今天介绍用R软件来生成一篇论文,实测效果极佳,基本可以达到鑫哥的要求。
首选上网搜索并安装R软件的最新版,然后搜索并安装Rstudio,这个大家应该都没问题。然后用Rstudio安装rticles这个包,如图:
安装过程可能要有点长,因为所需的前置包比较多,尤其是对Latex的支持,如果R报错缺必要的包,那就相应的安装一下即可。
安装好之后,新建Rmarkdown文件:
这时候,我们发现,Rstudio里面已经多了很多出版商的论文模板,如爱思唯尔,Taylor等等:
这里我们就以PNAS为例,选中,点击OK。
这时候我们看到,已经导入了一篇论文模板,已经像八股文一样拆开了,可以在里面填写标题,小标题,一个个填写作者姓名,单位,地址,是否通讯作者,是否共同第一作者等等。然后相应地填入摘要、关键词、背景、方法、结果、讨论、结论、作者分工、利益冲突声明、致谢等部分。
不喜欢这种代码页面?没关系,点击Visual按钮,就可以可视化界面编辑,用markdown的方式,有点像在网上发帖子。
比较重要的几个点,就是图表的插入,还有参考文献的插入。
在需要插入文献的地方,用菜单插入,会打开Pumed等引擎,找到相应的文献插入即可。也可以用传统的文献管理软件把参考文献导出后批量化导入R再批量插入。
插入公式和特殊字符也比较简单。另外,为什么要推进用R来撰写论文,最重要的是插入图表功能,因为我们写论文,通常先要用统计软件分析好导出图表后再插入Word中去,而直接用R写论文的好处,就是可以用R实时进行统计分析,直接在论文某个部位生成统计表和统计图。在成文之后,每个统计图表的原始分析代码也嵌入了论文里,鼠标对着图表操作一下就能看到源代码,便于溯源。
现在我以我2020年发的一篇新冠论文为例,套用这个模板重新撰写一遍:
首先填一下这些论文基本信息:
---title:EstimatingthecasefatalityratiooftheCOVID-19epidemicinChina author: -name:XingWangPhD affiliation:1,2 -name:ZihuiMaMS affiliation:1 -name:YiNingScDMPHMD affiliation:3,4 -name:ChenChenPhD affiliation:1,5 -name:RujinChen6MD affiliation:6 -name:HongxinZhaoMDPhD affiliation:1 address: -code:1 address:ShanghaiSynyiMedicalTechnologyCo,Ltd,Shanghai,China -code:2 address:NHCKeyLaboratoryofReproductionRegulation(ShanghaiInstituteofPlannedParenthoodResearch),PublicHealthSchool,FudanUniversity,Shanghai,China -code:3 address:MeinianInstituteofHealth,Beijing,China -code:4 address:PekingUniversityHealthScienceCenterMeinianPublicHealthResearchInstitute,Beijing,China -code:5 address:NationalInstituteofEnvironmentalandHealth,ChineseCenterforDiseaseControlandPrevention,Bejing100050,China -code:6 address:DonorService,ShanghaiBloodCenter,Shanghai,China corresponding_author: code:2 text:"Correspondingauthor.E-mail:zhx@zhaohx.com" lead_author_surname:Wang equal_authors: code:1 text:"XingWang,ZihuiMa,andYiNingcontributedequallytothearticle."
然后相应的把摘要,关键词,背景,方法等等内容放进去,统计图表和交叉引用和平时的软件差别不大。可以把界面调得舒服一些适合写作时候的心情,写作的时候不需要过多考虑排版问题。因为右侧有大纲,书写还是很愉快的,如图:
好,撰写完成之后,点击knit按钮,生成论文:
这里有个Draft的水印,可以去掉的。
我们看一下细节:
再看一下脚注等:
实际用下来还是相当省事的。当然,不喜欢这种双栏排版方式的,大家可以试试其他论文模板,一定能找到你想要的。
跟着鑫哥做懒人,你学会了吗?