拳皇故事大致分为了三大篇章：大蛇篇、NESTS篇还有遥远彼之地篇。这三篇章相互联系，每个篇章背后都有巨大的阴谋。猪脚也都不一样，但是他们都有一个共同点就是都是使用火焰的高手，分别是草薙京、K和麻子阿修。
大蛇篇--大蛇之血引发的悲剧
大蛇篇是围绕这大蛇之血这个线索展开的，而它也贯穿了整个大蛇篇剧情。拳皇94和95，卢卡尔获得了大蛇之血，之后他想要变得更强，于是举办了KOF大赛。目的是吸引世界各地的格斗家来参与比赛，他想打败胜利队伍，并且将他们制作成铜像。
然而我们的主角草薙京并没有让卢卡尔的阴谋得逞，他两次打败卢卡尔。最后卢卡尔想催生大蛇之血的力量，不料被强大的力量所吞噬，一代枭雄卢卡尔消散在空气中！
卢卡尔最终没能掌控大蛇之血，然而这个世界上却是存在完全控制大蛇之血的人，这群人就是大蛇八杰集。他们有一个理想，就是复活大蛇。于是，在拳皇96的时候，八杰集之一的高尼茨登场了，他杀害了守护大蛇封印的神乐万龟。神乐千鹤为了报仇，想集合其他格斗家的力量，举办了KOF96大赛。高尼茨也盯住了这个机会，在比赛途中出现，想要将大蛇封印的守护者一网打尽。
自大的高尼茨最终还是失败了，他的肉体化作一阵风消失了，但是他的心愿被八杰集之一的七枷社集成了。KOF97大赛是由其他总多财团举办的，本身没有什么阴谋。然而七枷社看到了这个机会，联合夏米尔和克里斯，在会场搜集其他格斗家的能量，最后以三人的姓名为代价，使克里斯作为媒介最终大蛇还是复活了。
大蛇虽然重生，力量却没有完全恢复。三神器守护者草薙京、八神庵和神乐千鹤抓住这个机会，发动猛烈的进攻。虽然是一场苦战，但是大蛇最后被重新封印起来，而三人也在战斗中昏迷过去了。
到这里大蛇篇结束，他是拳皇当中最出名的一个篇章，也是众多拳皇粉心中的青春回忆！
NETST篇--虚无的成神计划
大蛇篇结束后，就到了NESTS篇了。拳皇里面，有个世界最大组织NESTS，他的少主伊格尼兹有个梦想，成为这个世界的神。为此，他杀害了自己的父亲，动用了NESTS的力量，帮助他完成这个心愿，这里，NESTS篇的故事就开始了！
伊格尼兹的计划很简单，他要制造一个最强的人类，然后打败这个人，成为新世界的神！在当时，伊格尼兹任务草薙京是最强的格斗家。于是，草薙京封印大蛇昏迷后，被NESTS抓走，围绕他开展了很多克隆人工程和改造人工程。NESTS篇的主角“K”就是改造人项目的产物，而他被选为成神计划中的关键人物，伊格尼兹想把它培养成人类最强的那个人！
K
为了培养"K"，NESTS组织派遣“K”和马克西姆参加KOF99大赛，这大赛的举办者是NESTS的干部- -古利查力度。古利查力度认为“K”是他的克隆人，其实他自己才是“K”的克隆人。而“K”则是以冠军队的身份来面见古利查力度。
最终，颗粒查力度败北，“K”也因为自己身世的原因叛离了NESTS组织。不管怎么样，“K”战胜了古利查力度，成神计划第一段已经完成，于是拳皇2000，NESTS组织派出了库拉和“K”对战，冰属性的库拉让“K”陷入苦战。但是库拉激发了“K”潜在的战斗意识，让“K”变得更强大了。“K”最终战胜了库拉，成神计划第二阶段完成！
而就在第二阶段计划进行的同时，草薙克隆体零号叛变了，他控制零式加农炮向地面开火。最后零号平定了，但是引起了人们对NESTS组织的不满。在拳皇2001里，NESTS组织亲自举办了KOF大赛，并派出了自己的参赛队伍，这次的目的就是让“K”战胜他们，成为人类最强的！结果可想而知这些人根本不是“K”的对手，最后飞船上面的ZERO、古利查力度、龙，都被“K”击败了，这个时候伊格尼兹已经认定“K”就是人类最强，拥有挑战自己的资格了。
伊格尼兹在太空站与“K”见面，并和他发生了激烈的战斗。最后伊格尼兹被击败，他没有办法接受这个事实，并引爆了太空站，他也淹没在了这场爆炸中！
至此NESTS篇结束，最终在爆炸当中一切归零，相当可悲！
遥远彼之地篇--拯救世界的无名英雄
阿修
NESTS篇结束之后，就来到了遥远彼之地篇的故事，我们的主角阿修登场，他是这个篇章中拯救世界的无名英雄。阿修一开始是以坏人身份登场，他是遥远彼之地一族的成员。遥远彼之地一族是西方的地球意志，他们的首领斋杞想要复活大蛇，利用大蛇的力量穿越时空，从源头灭绝人类。
为了达到目的，在拳皇2003的时候，遥远彼之地一族拍出牡丹控制了神乐，举办KOF大赛。并在比赛后派出无界，让他和三神器守护者比试，以此来松动大蛇封印。阿修趁机偷走了神乐的八尺镜，松动大蛇封印计划达成，暂时撤退。
遥远彼之地的阴谋还在继续，到了拳皇11时，他们继续为了解除大蛇封印而到处奔波，这一次又祸忌拖住格斗家，可是最后祸忌和紫苑内斗，祸忌被紫苑长枪贯穿而死，但是无界解开的大蛇封印使得八神庵暴走，打伤了矢吹真吾和草薙京，而阿修再一次偷袭，夺走了八神的八尺琼勾玉。至此阿修已手握两个神器，大蛇封印岌岌可危！
为了完全解开大蛇封印，牡丹控制了萝丝，让她举办KOF大赛。把格斗家再一次聚集起来，为了打开时空之门做最后的准备。KOF13大赛接近尾声的时候，遥远彼之地一族人全部登场，无界不听斋祀的命令，被斋祀吸干力量变为骷髅，变身与格斗家激斗起来。格斗家们根本不是斋祀的对手，被全部打败但是时空之门已经打开，人类岌岌可危！
然而就在这时，阿修登场了，在趁斋祀放松警惕的时机，在背后偷袭了斋祀，借助八尺琼勾玉和八尺镜的力量，将他一击击杀，并夺取了斋祀的力量。原来阿修之前偷神器协助遥远彼之地一族，只是为了迷惑斋祀，让他放松对自己的戒备。但是斋祀的力量占据了阿修的身体，变成了血之螺旋疯狂阿修，此时的世界被一片白光笼罩，最后阿修依靠自己的意志力拒绝进入时空之门!
时空之门关闭了，斋祀死亡！由于阿修是斋祀的后代，他死亡后，阿修也消失在了时间桲论当中。。所有关于阿修的画面都消失了，他变成了拯救世界的无名英雄！
遥远彼之地篇结束，一直以来的坏人阿修最终拯救了世界，让我们十分感动！
拳皇三大篇章的故事到此就结束了，然而精彩还在继续我们一起期待拳皇的更新吧！
最后祝大家青春永驻，童真常在！
