坐落于京都岚山的天龙寺是临济宗天龙寺派大本山。天龙寺所在的这片地最早是嵯峨天皇（786-842）的皇后橘嘉智子（786-850）创建的檀林寺。之所以建在这里，是由于嵯峨天皇喜欢在此山中游猎而于附近兴建了离宫嵯峨院（后来的大觉寺），这片山也因此被称为嵯峨野。橘嘉智子死后，檀林寺逐渐荒废，直到四百年后的后嵯峨天皇（1220-1272）重又将其建成离宫龟山殿，这里才又焕发出活力。据说殿后的山坡因形似龟甲而取名龟山，曾住在龟山殿的皇子后来继承皇位，成为龟山天皇（1249-1305），这父子二人驾崩后均安葬于此。这些都是天龙寺的前缘，真正建寺是在1339年，开创室町幕府的首位征夷大将军足利尊氏（1305-1358）为祈后醍醐天皇（1288-1339）冥福而在此开基创建天龙寺。
梦窗疏石是镰仓到南北朝时期的禅宗名僧，被第七代天皇赐予国师称号，后醍醐天皇和足利尊氏都皈依其门下。梦窗疏石不仅是得道高僧，更是一个造园名家，尤其在表现禅思想的枯山水造园方面造诣颇深，天龙寺是其晚年集大成之作，对后世造园有极其深刻的影响。为了筹建天龙寺，足利幕府向当时的中国宋朝派遣贸易船天龙寺船，重新开启了和中国的贸易。寺院于1344年落成，山号灵龟山，此后成为京都五山（京都禅宗寺格）之首。可惜后来屡遭战火，如今的建筑多为19世纪末20世纪初重建而成。
后醍醐天皇是日本历史上最刚毅不屈的倒幕天皇。在屡遭失败也不死心，虽被流放小岛或遭受软禁，但仍然坚持倒幕斗争，为实现皇权的统一而不懈努力。1339年8月16日驾崩，终年五十二岁。相传他死时，一手握着《法华经》，一手抚剑，在遗诏中说：“应生生世世勿忘者，乃尽灭朝敌，四海泰平也。朕早逝之后……，纵领玉骨已埋南山，魂魄亦当常望北阙“，并说君臣违背此旨，则“君无继体之君，臣也无忠烈之臣”。因此后醍醐天皇的陵墓也是与一般的朝南座北的传统葬式不一样，而是朝北座南埋葬，这是为了满足他的遗愿。
自日本平安时代末期，日本天皇的权力逐渐落入外戚手中。1192年，源赖朝出任征夷大将军，建立镰仓幕府，天皇的权力被架空，实权掌握在镰仓幕府手上，这种状况一直到了1318年后醍醐天皇继承皇位，幕府的统治出现了危机。后醍醐天皇即位前，他就亲身感受到天皇无权，似同傀儡，幕府控制朝政这种君臣颠倒的现状，所以他下定决心有朝一日登上皇位，要打倒幕府，夺回实权。
1288年11月26日后醍醐天皇诞生，日本第96代天皇。后醍醐天皇是大觉寺统后宇多天皇的第二皇子。1318年，后醍醐天皇即位后，废除院政，选拔贤能，革新朝政，设立记录所作为亲政的主要机构。后醍醐天皇十分清楚，要实现皇权的统一，根本在于打倒幕府，此时幕府的权威和实力已十分衰落，正是打倒幕府的良好时机。
1324年（正中元年），经过一番策划后，后醍醐天皇准备与幕府开战，策动地方豪族起来讨幕，后来事情败露，后醍醐天皇派人赶赴镰仓，向执权的北条高时力辩天皇并无倒幕之意，结果幕府以流放日野资朝等人了结此事，史称“正中之变”，后醍醐天皇第一次倒幕计划宣告失败了。
1326年（正中三年），关于册立皇太子问题，幕府与后醍醐天皇发生了分歧，使后醍醐天皇企图立嫡子的希望破灭，后醍醐天皇对幕府无限怨恨，更坚定了推翻幕府的决心。1331年（元弘元年）4月，后醍醐天皇再次策划了倒幕行动，但行动再次败露。1331年（元弘元年）8月，天皇突然带着象征着皇位的三种神器，离开皇宫，奔向南部，并以笠置山为据点，号召各地勤王势力，与幕府对峙。幕府获悉天皇举兵，派大军围攻笠置城，笠置城不久陷落，后醍醐天皇被幕府军俘虏，流放到隐歧岛。至此，后醍醐天皇的第二次讨幕计划宣告失败。
虽然两场计划都付之东流，但日本各地的倒幕活动越来越激烈。就连北条氏的御家人也因为长久以来对幕府的不满而相继造反，日本国内又一次变得乱七八糟。1333年，幕府军主将足利高氏临阵倒戈，与后醍醐天皇秘密勾结，举旗倒幕。5月22日，上野的豪族新田义贞率兵攻入幕府的老窝——镰仓，当时执权的北条高时及其全族统统自杀，至此，存在一百四十多年的镰仓幕府灭亡了。
1333年6月初，后醍醐天皇重新入主京都，废除当时的光严天皇，仿效中国东汉光武帝灭王莽新王朝后，所用过的年号“建武”，把自己实行的亲政称为“建武新政”，史称“建武中兴”。建武新政表面上是复古，事实上建立了天皇专制政权。而且其激进的改革、恩赏的不公平、朝令夕改的法令和政策以及对贵族、大寺社、武士等较大势力集团权利的侵害，最终导致了新政的失败。
建武二年（1335年），足利尊氏借镇压中先代之乱的契机前往东国与新政对抗。新田义贞、楠木正成一起讨伐尊氏，在凑川之战中战败，正成战死，义贞逃回京都。足利军入京后，后醍醐天皇逃往比睿山抵抗。足利尊氏让光严上皇开设院政，并由持明院统的光明天皇即位，制定建武式目，开设室町幕府。后醍醐天皇从幽禁地花山院中逃到了大和国的吉野（今奈良县吉野郡吉野町），开设南朝朝廷，从此开始了日本的南北朝时代。
延元四年/历应二年（1339年）八月十五，后醍醐天皇让位给了回到吉野的义良亲王（后村上天皇），翌日遗言“讨灭朝敌、夺回京都”，在吉野的金轮王寺驾崩，享年52岁（满50岁）。后村上天皇，命令南朝在庄严净土寺为后醍醐天皇举行大法要。同时足利尊氏为了吊唁后醍醐天皇，在京都建立天龙寺。
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