细菌和真菌是自然界中常见的两种微生物，它们与自然界的一切生物相互依存。虽然都有一个“菌”字，同属微生物，但两者在生物类型、结构、大小、增值方式、名称、DNA上有着诸多不同。
在生物类型上：细菌是没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；而真菌是有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物。
在细胞结构上：首先是细胞壁的成分不同，细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质；其次是细胞质中的细胞器组成不同，细菌只有核糖体一种细胞器。而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
在细胞大小上：原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm；真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm。
在增殖方式上：细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式，为二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过出芽生殖和孢子生殖进行。
在名称组成上：尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字，但细菌的名称中一般含有球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的名称；而真菌名称中则不含有。
在染色体上：细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；而真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体。
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