洪武十三年（1380）正月初二丞相胡惟庸被告发，正月初六被赐死，短短五天时间里，就将一个涉及朝廷众宰臣的谋反大案草草审结判处，受牵连的亲属和党羽达一万五千余人。足见朱元璋杀人之心早存，只不过让所谓的司法审判走一个过场而已。
在当时各方面的严酷禁锢之下，一般士人迫于权势，而御用文人为迎合上意，对该案的记载进行了各种隐讳修饰，所以在《实录》《正史》诸记载中反映出至来的早已不是真实的历史，而只是经统治者首肯的伪造赝制。现在要想恢复该案的历史本来面目已很是困难，不过我们从有关记载来分析，即可见其中多为诬陷、杜撰之类的东西。
明太祖朱元璋
毒死刘基案刘基，字伯温，浙江青田人。他博古通今，才智过人，早年投奔朱元璋。建国初，官至御史中丞兼太史令。然个性耿直傲岸，与朝中大臣都不相睦，与李善长、胡惟庸更是有矛盾，甚至互相攻击、倾轧。洪武四年，刘基就愤而辞官，辞官后一直抑郁寡欢，后又得病卧床不起。对如此一个重病、辞官之人，胡惟庸根本无须多去理会。
《明史·胡惟庸》说：“基病，帝遣惟庸挟医视。”这是朱元璋要胡惟庸代表朝廷去探视刘基的病。有什么理由说，胡惟庸会乘此机会对一个下野数年而没用的病人下毒？且刘伯温亦非等闲之辈，会一点也没有觉察？可以说毒死刘基，是不合情理的诬陷。
刘基
其他控告事项当时指责胡惟庸利诱吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚，令其在外收集军马；自己与陈宁坐省中，阅天下军马图籍，企图集亡命之徒谋反。陆仲亨、费聚直等到十年之后，李善长案发，才与李一起被诛杀，可见此时，绝没有陆、费诸事。另则，难道靠纠集一些地痞流氓、亡命之徒就能起兵造反？胡惟庸绝不至于如此幼稚。
在没有任何其他有关人证、物证的情况下，这类控告大多又是信口雌黄。再者，《明史.胡惟庸传》载：“会惟庸子驰马于市，坠死车下，惟庸杀挽车者。帝怒，命偿其死。惟庸请以金帛给其家，不许。惟庸惧。”遂与人谋起事的说法更是谣传妄言。胡惟庸杀一个撞死自己儿子的车夫，这绝非一件值得大惊小怪之事，而说更为残暴的皇帝竟会要当朝宰相去给一个车夫偿命，岂不滑天下之大稽。
还说，胡宅井中生石笋，祖坟上夜有光烛天，都为瑞应、祥兆之类的迷信也纯属无稽之谈。最有趣的是“云奇告变”一事，说胡惟庸诡称府第井中出醴泉，邀帝临幸品尝，朱元璋同意。当车驾出西华门之际，内使云奇冲出道旁，勒马欲言，但气急话语不能达意。皇帝怒其不敬，命左右鞭杖打开。云奇被打得右臂将折，临死还用手指着胡府。朱元璋一时顿悟，便下车登城眺望，见胡府内刀枪林立，杀气冲天，便马上发羽林军掩杀到胡府，逮捕拷讯，认罪后处死。这段故事中，云奇为何许人，史无可考。学者后考出，该传奇故事出自嘉靖年间太监们的宫中谈资，先传说是大将蓝玉所为，后又附会胡案，实在是胡编乱造，属政治需要而已。
六年之后，居然还会有人揭发：“胡惟庸暗差庐州人充中书宣使李旺者私往日本取回，就借日本国兵，假作进贡来朝，意在作乱。”甚至有传言称：“胡惟庸通倭，倭人遣僧如瑶率兵四百余人，诈称入贡，且献巨烛，藏火药刀剑其中，欲掩执朱元璋。”似乎用倭兵四百人就能捕杀朱元璋，推翻大明王朝。用如此荒唐、可笑的编造作罪证，并把它用法律形式写入《御制大诰》，公之于世，其实只能进一步暴露出朱元璋诬罪杀人、做贼心虚的心理。
蓝玉之墓
八年之后，即洪武二十一年（1388），居然又揭发出胡惟庸勾结北方蒙古草原上的元军残部，企图声援谋反的罪行。据说左将军蓝玉率十五万大军，在沙漠中围剿元军残部时，意外捉到一个汉人俘虏，名叫封绩。此人自称是八年前胡惟庸派往元军求援的使者，由于胡案发而留在元军营。不过这次揭发出的罪名，主要不在胡惟庸案本身，而是瞄准胡的后台李善长。揭发者说，蓝玉将这个消息传回，先报之李善长。“善长匿不以闻”，并对蓝玉施加影响而放了封绩。
洪武二十三年（1390），朝臣纷纷以此事上章弹劾李善长欺罔皇上，擅作威福。封绩再次被捕入狱，甚至连李府中仆人也起来告发李、胡当年密谋、通贿诸事。结果一代开国丞相、勋臣李善长以十恶大罪伏诛（一说赐死自缢），连同一家老小七十余口，满门抄斩。同时蔓引连坐，又杀一万五千余人，其中包括延庆侯唐胜宗、南雄侯赵庸、吉安侯陆仲亨、平凉侯费聚、荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚等大小功臣，就连已故荥阳侯杨琼、济宁侯顾时等人也被追坐而诛其亲属。再如泰安知州王蒙曾去拜谒胡惟庸，在胡家看过画，就被按同党处死。这样，此案前后共杀戮三四万人。
至于封绩通敌一事，当时各种说法多有抵牾，实不足信，更何况是在胡案判决后八年才制造出来的罪名，所以朝中众臣对李善长被诛多有微词。如次年，虞部郎中王国用就上书为李善长诉冤，认为他拜相封公，已人臣之极，说他想佐助胡惟庸叛逆，实在是大谬不然的事。同时他与皇帝是儿女亲家，而与胡则是侄儿女亲家，中间又隔了一层。所以李善长何必冒如此大危险去谋反呢？出人意料的是，朱元璋览章竟也不怪罪。其实，朱元璋心中也清楚，只不过是想借此案铲除身边众权臣，以便自己独揽大权，实行专制统治而已。
明孝陵
经过此案后，朱元璋下诏规定：“以后嗣君并不许立丞相，臣下敢奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。”（《明太祖实录》卷二百三十九）显然，朱元璋杀开国三位丞相的目的即在于此。
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