有孔虫(Rhizaria) 进化枝包括所有微型原生生物中最漂亮的两个类群——放射虫和有孔虫。
这两个类群有由矿物质形成的既独特又复杂的外壳，这使它们成为微生物家族里非常独特的成员。一些有孔虫在进化过程中留下了丰富的化石记录。有孔虫摄取海洋表面含量非常丰富的矿物质——硅，形成玻璃状透明外壳。它们身体上辐射出穿过外壳的长伪足，像太阳发出的射线。伪足之间又布满了硅硬化的骨针。放射虫利用伪足捕食，有些寄生在热带海藻上的放射虫，还可利用伪足从进行光合作用的藻类体内获取糖类物质。对硅的依赖性使放射虫必须生活在海洋中。然而，它们的同类——丝足虫，包括一些变形虫，也可以利用泥土和淡水中的硅生存。丝足虫保留了放射虫典型的长伪足，有无壳或者具壳的形态，一些放射虫还具有鞭毛，鞭毛的有无与环境有关。有孔虫或有孔虫目在海洋中已经繁盛了数亿年，其钙化的外壳沉积在海底，形成了地壳的白垩沉积层。由于外壳极具特征，即使变成了化石，地质学家也可以利用它们来探测矿藏和油田。有孔虫活着时，它外壳上会寄生一只小变形虫。与有孔虫一样，这只变形虫也利用伪足捕食，有些有孔虫大到可以捕食动物的幼虫。
晶格状放射虫——100μm
放射虫属的这些浮游生物属于泡沫虫目，它们中的大部分含有晶格状硅外壳。星状放射虫——星石虫——350μm
星状放射虫的结构特征是放射状的骨针融合在星状的躯干上。四角方形海绵星虫——150-302μm
四角方形海绵星虫是地质学家利用其现存的化石，研究地质年代的放射虫之一，它的拉丁名所代表的含义是“四角”。球形放射虫——水泡虫属——6mm
球形放射虫的细胞表面具有进行光合作用的组织，这些组织位于由细长的伪足形成的网状结构中。四房面包虫——110μm
四房面包虫是现存的一种远古化石系生物的代表，这种放射虫因具有双外壳而得名，有时外壳上具有半球状或锥状的帽形结构。太阳放射虫——太阳盘虫属——119-191μm
太阳放射虫是一种浮游生物，从硅外壳的许多孔中伸出伪足来捕食。多刺放射虫——多刺石蜂虫——70-120μm
多刺放射虫是放射虫中随气候变化最大的生物，这使得它们成为一种对于研究地质化石和沉积岩非常有用的指示生物。秀美壳虫——200-289μm
三足放射虫具有一层多刺外壳。它们僵直的伪足从壳面上的孔洞中伸出。色素体原变形虫——20-32μm
这种淡水具壳变形虫体内含有蓝细菌内共生菌。该蓝细菌能进行光合作用，为宿主提供养料。曳鞭毛虫——6-7μm
这种生物利用它们的鞭毛运动，捕食细菌和同属的其他生物。华丽孔锥虫——60-90μm
华丽孔锥虫生命中的大部分时间以变形虫的形式存在，被具孔有机被囊或胸甲所包裹。黄色丝足虫——45-77μm
这种具壳变形虫生长在泥炭藓湿地。它们的化石被用来推测过去气候变化。长尾滴虫——18-36μm
长尾滴虫利用它们位于身体前端及后端的两根鞭毛运动。鳞状丝足虫——40-150μm
这种变形虫的椭圆形外壳由硅鳞片构成，很容易形成化石，是古生物学家研究的对象星状丝足虫——14μm
与其他许多丝足虫不同的是，星状丝足虫具叶绿体，能通过光合作用获取养料。椭圆形丝足虫——35-102μm
椭圆形丝足虫的外壳一端有孔，形成一个出入口。坛状曲颈虫——60-200μm
这种生物具有浅色或黄色外壳，外壳由盘状鳞片组成。绿蜘藻——20μm
这种生物具有独特的细胞器，该细胞器由它们早期进化过程中吞噬的绿藻演变而来。球形网状丝足虫——38mm
巨型丝足虫生活在海水与海底沉积物的分界面，以有机碎屑为食。棕色囊球虫——35-50μm
这种有孔虫的外表像发光的太阳，细胞壁外形成了一层由砂粒及其他颗粒形成的保护层。
讨论——缠绕在一起的巨型生物放射虫和有孔虫的伪足能相互缠绕在一起，在细胞周围形成网状结构。这一事实表明它们也许是由相同的祖先进化而来。但是这种网状结构也可能是由独立的两个类群分别进化而来，或许是因为它们都是大的单细胞生物。
,
