桓玄（369～404），字敬道，小名灵宝，东晋大司马桓温少子。自幼深受桓温钟爱，以至桓温临终时一反长子继承的常规，命当时年仅五岁的桓玄为继承人，袭南郡公的爵位。桓玄七岁时，守丧三年期满，原桓温属下的文武佐吏都来向桓玄叔父，荆州刺史桓冲告别。桓冲抚摸着桓玄的头告诉他：“这些人都是你家的故吏！”桓玄应声痛哭，哀动左右，众人无不惊异。数年之后，桓玄长得容貌不凡，仪表堂堂，风度翩翩，学识广博，又能写一手好文章。他自恃门第高贵，才华出众，常常以英雄豪杰自居，令人望而生畏，朝廷也有所疑虑而不加擢用。直到23岁，才被拜为太子洗马。时人纷纷议论桓温晚年有不臣之迹，桓玄兄弟因此遭到排挤，朝廷只让他们作些无权的闲散官。一次，桓玄去拜见琅邪王司马道子，正值饮宴，宾客满座。司马道子喝得醉醺醺地，突然问众人道：“桓温晚年是不是想造反？”桓玄吓得拜伏在地，不敢起身。琅邪王骠骑长史谢重举起手板回答说：“已故宣武公（桓温）废昏立明，功过伊尹、霍光，人们的种种议论，应当有所识别。”道子点头，桓玄这才爬了起来。从此，桓玄的心中更加惴惴不安，对司马道子怀恨在心。
桓玄出任义兴太守，郁郁不得志，曾登高眺望太湖，叹息说：“父为九州伯，儿为五湖长！”便弃官回到了自己的封国。曾经上书朝廷宣扬父亲的功劳，向朝廷请求任用。奏书送到朝廷，犹如石沉大海，于是他不久就回到了自己的地盘江陵，开始在那里闲居。荆州是桓氏发迹之地，桓温、桓豁、桓冲等兄弟子侄先后任荆州刺史数十年，故吏宾客遍布荆楚各地，根深叶茂，人多势众。桓玄甚为骄横，江陵士民怕他比怕荆州刺史殷仲堪还厉害。而殷仲堪是一个玄学名士，只会没事拉着人闲扯，对桓玄也甚为敬畏。有一回，桓玄到刺史厅前跑马，手持马矟在殷仲堪面前比比划划。殷仲堪的中兵参军刘迈看不下去，讥刺说：“你的马矟之技有余，只是精通义理则不足。”桓玄满脸不高兴，扬长而去。殷仲堪大惊失色，指责刘迈说：“卿是狂人！桓玄晚上派人刺杀你，我岂能相救？”让刘迈回建康躲避。桓玄果然派人来追杀，刘迈勉强逃脱。征虏将军胡藩路经江陵，对殷仲堪说：“桓玄志趣不同于常人，一副怏怏不得志之态，将军过份优崇他，恐怕将来不利。”殷仲堪不听。
396年九月，张贵人因怕色衰被废，乘晋孝武帝司马曜醉卧内殿，用被子蒙住他的头使他窒息而死。太子司马德宗即位（晋安帝）。司马德宗即使在晋这样一个废物皇帝层出不穷的朝代中都算是出类拔萃，他连冷热饥饱都不知道，白痴程度把晋惠帝司马衷都远远抛离。不过话说回来，司马氏的老祖宗司马懿是何等的聪明，司马师和司马昭也是一代奸雄，不知道为什么后代的智能如此低下？难道传说中的司马氏是牛家的后代是真的？
此时，太傅、琅邪王司马道子乘机专制朝政。他嗜酒如命，一天到晚喝得昏天黑地，不问政事，尚书左仆射王国宝与从弟王绪专权用事，威震内外。当时，青、兖二州刺史王恭，荆州刺史殷仲堪士马强盛，王国宝、王绪劝司马道子削弱方镇兵权，加强中央实力。消息传出，内外骚动。桓玄备受朝廷排抑，早已心怀不满，见有机可乘，乃游说殷仲堪说：“王国宝一向与诸君作对，唯恐不能早点对你们动手。现今既掌大权，与王绪互为表里，他们想撤谁换谁，无不如意。孝伯（王恭的字）贵为皇上太舅，为朝野所重，他们一时不敢轻动，唯有先拿你开刀。先帝提拔你的居方面重任，但人们未必心服。倘若朝廷下诏征你作中书令，用殷顗为荆州刺史，你该怎么办？”殷仲堪回答说：“这件事我担心很久了，不知足下有何高见？”桓玄又说：“王国宝奸诈凶狠，天下所知；王孝伯疾恶如仇，有过人之处。你赶紧秘密派人游说王恭起兵，以匡正朝廷，对他说你将率全荆士众顺流而下，推举他为盟主。我等亦当奋起追随，如此天下莫不响应。此事若能实现，乃是齐桓公、晋文公那样的勋业啊！”殷仲堪仍犹豫不决。不几天，王恭派使者送信到江陵，邀殷仲堪与桓玄共同匡正朝廷，殷仲堪表示应允。
397年四月，王恭以诛王国宝为名起兵。司马道子惊慌失措，把王国宝、王绪当作替罪羊，拖出去一刀砍了，以释众怒，王恭遂罢兵回到京口。殷仲堪得知朝廷诛王国宝后亦退兵。事后，桓玄趁机提出要作广州刺史。司马道子惧怕桓玄，又不愿让他久居荆楚，便任命他为假节、建威将军、平越中郎将、督交广二州诸军事，兼广州刺史。桓玄受命，但并不赴任，仍然留居江陵，以等待时机。
398年，王恭联合豫州刺史庾楷，以讨伐江州刺史王愉及谯王司马尚之兄弟为名，再次起兵。桓玄、殷仲堪一齐响应，共推王恭为盟主。司马道子不知所措，慌忙把军权交给十六岁的儿子司马元显，自己只顾酗酒（鸵鸟战术）。殷仲堪命南郡相杨佺期与桓玄率5000兵马同为先锋，自己率兵二万，沿江东下，直达湓口。王愉毫无戒备，仓惶逃奔临川，为桓玄偏将所擒。桓、杨乘胜直驱建康。司马道子的的败亡看来指日可待了。
这时，王恭军中突然发生变乱。王恭军的主力是北府兵，受淝水之战的战斗英雄、著名勇将刘牢之指挥。刘牢之并不信任王恭，而且又是个轻于去就的人，他被司马元显所收买，决定率兵倒戈。有人向王恭告发，他却不信，还摆酒宴请刘牢之，并当众拜他为兄，又把精兵全都交给他指挥，刘牢之回去后却立刻命令儿子刘敬宣回兵袭击王恭，王恭兵败被杀；庾楷也兵败，投奔桓玄。刘牢之率北府兵抵御荆州军，桓玄、杨佺期只得回军蔡洲。
为了分化荆州军，司马道子又采纳桓冲之子桓脩的建议，任命桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，桓脩为荆州刺史，而贬黜殷仲堪为广州刺史。殷仲堪一听诏命，大为恼怒，催促桓玄、杨佺期进兵。桓玄、杨佺期得到好处，不想出兵。殷仲堪一气之下回军荆州，遣使告谕蔡洲兵众说：“你们如不各自散归，我到江陵便杀尽你们的家人。”于是，杨佺期部将刘系立即带领二千人西上，桓玄等很害怕，都赶快撤退，至寻阳才赶上殷仲堪。桓玄由于兵力有限，羽毛未丰，需要殷仲堪相助；殷仲堪丢掉了荆州刺史，也需依仗桓玄的声望。三人便在寻阳重新结盟，桓玄被推为盟主，大家共同约定，不接受朝廷诏命；又联名上书朝廷，为王恭伸冤，要求处死司马尚之，刘牢之等人。司马道子被迫让步，宣布恢复殷仲堪的荆州刺史。这次起兵，桓玄取得江州，得到最大的实惠。他被推为盟主后，更加骄矜，每以寒士裁抑杨佺期。而杨佺期为人骄悍，出自北方高门弘农杨氏，最恨被别人瞧不起，在盟誓坛上就想发难袭击桓玄，但被殷仲堪制止了。桓玄觉察到杨佺期有异谋，暗中有了吞并他的打算。
不久，殷仲堪等的矛盾渐渐激化起来。殷仲堪担心桓玄跋扈，遂与杨佺期结为婚姻，相互支援；桓玄敌不过二人，害怕被击灭，于是上书朝廷，要求扩大自己的辖区。司马道子、司马元显也想借机挑起矛盾，让他们互相残杀，以达到坐收渔翁之利的目的，遂下令分杨佺期所督长沙、衡阳、湘东、零陵四郡归桓玄管辖，又以桓玄之兄桓伟取代杨佺期之兄杨广为南蛮校尉。杨佺期火冒三丈，即刻调集人马，声称援救洛阳，暗中想联合殷仲堪共击桓玄。殷仲堪顾虑重重，既畏惧杨佺期兄弟骁勇，难以对付；又担心桓玄一旦被击灭，杨氏兄弟得势，自己反而受害，故极力予以阻止。杨佺期孤掌难鸣，只好忍气吞声。
399年，荆州发大水，平地水深三尺，殷仲堪赈恤饥民，仓库空竭。桓玄乘机率军西上，首先袭取了屯积粮草的巴陵，继而进兵杨口，败殷仲堪之侄殷道护，随后占领距江陵二十里的零口。殷仲堪见大势不妙，急召杨佺期相救，终因粮草奇缺而惨败，二人都被击斩。400年三月，桓玄一举夺得荆、雍二州，随即上表朝廷，求领荆、江二州刺史，朝廷授以都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁七州，后将军，荆州刺史，假节，以桓脩为江州刺史。桓玄不满意，上疏坚持领江州，朝廷不得已，加桓玄都督江州及扬豫八郡，并领江州刺史。桓玄自己任命兄桓伟为冠军将军，雍州刺史，侄子桓振为淮南太守。这时，浙东一带的孙恩民变势大，朝廷忙于派兵镇压，无暇西顾（值得一提的是，后来的宋武帝刘裕乘着镇压孙恩，从一名北府兵参军变成了名震当时的勇将）。司马元显代父执掌朝政后，继续用佞臣，树亲党，聚敛无度，朝纲紊乱。加之桓氏子弟布列朝野，势力强大，故桓玄的种种非分之求，朝廷都有求必应。
桓玄此时独霸荆楚，兵强马壮，广树腹心，安插亲信。他踌躇满志，自以为东晋天下三分有其二，而司马氏气数已尽，故多次指使人替自己上祯祥、献符瑞。在建康的司马道子和司马元显对悬在头顶上的利剑却毫无反应，他们父子二人同任录尚书事，人们叫道子为东录，元显为西录。东录门可罗雀，西录门口的停车场则永远爆满。元显的亲信不是自命豪杰，就是自诩风流名士，却没有几个能派用场的。元显只是个刚成年的少男，但是骄傲自大，公卿百官见了他都要下拜。政府财政困难，元显的家财却不停地增长。他们对西边的桓玄和东边的孙恩的威胁毫无感觉。
孙恩的变民军在扬州地区屡败政府军，无人能制。晋廷只好派出北府兵，可是孙恩刻意避开北府兵，专找地方部队这样的软柿子捏，战果非常显著，并于401年进逼建康，桓玄得知后请缨征讨，孙恩很快就退兵，司马元显马上发诏书制止桓玄进军。桓玄写信指斥执政说：“今日朝廷显贵心腹，谁是时流清望？岂能说没有佳胜者，只是不能信任罢了。因为住昔朝政的失误，才酿成今日之祸患。朝廷上的君子，怎能没有看法，但因有身家性命之虑，故不敢说话。我忝任在外，所以能揭露事实。”司马元显读后大为恐慌，准备征讨桓玄。桓玄部下、武昌太守庾楷则担心桓玄结怨朝廷，一旦失败而祸及自己，暗中派人与司马元显联系，答应作为内应，司马元显大喜。桓玄派人切断长江航运，致使建康漕运不佳，公私匮乏，官军士兵不得不以谷皮、橡子充饥，给司马元显造成严重困难。
402年一月，司马元显以镇北将军刘牢之为前锋都督，以前将军谯王司马尚之为后部，称诏举兵伐玄。官军将要出发，桓玄堂兄桓石生时为太傅长史，及时送来了紧急秘报。桓玄心中恐惧，打算固守江陵。长史卞范之献计说：“公威名远扬，谋略震动天下，司马元显乳臭未干，刘牢之不得人心，如果兵临京畿，恩威并施，则土崩瓦解之势可翘足而待，哪有延敌入境而自己削弱自己的道理？”桓玄闻言大悦，当即留下桓伟守江陵，上表朝廷，率师沿江东下。兵抵寻阳，发布檄文，列举司马元显的种种罪行。檄文传到京都，司马元显吓得不敢下令开船。桓玄兴师甚失人心，自觉以下犯上，惟恐将士不为所用。及至兵过寻阳，不见政府军踪影，不禁大喜过望，将士们也个个精神振奋，沿路如入无人之境。兵抵姑孰，击败谯王司马尚之，襄城太守司马休之弃城而逃。当时，刘牢之驻扎在冽洲，按兵不动。桓玄遣使劝降，虽然刘牢之的儿子刘敬宣、外甥何无忌和刘裕都劝刘牢之不要走背叛的路，可是刘牢之说：“平玄之后，令我奈骠骑何（司马元显此时任骠骑大将军）？”想利用桓玄除掉司马道子父子，于是他于三月归降。桓玄挥兵直驱建康城外的新亭，司马元显不战自溃，弃船逃回京城，此时身边只有张法顺一人跟随。司马元显无计可施，只是与其父司马道子在相府相对而泣。桓玄兵至建康城，只喊了一声：“放仗（放下武器）！”桓玄进入建康，司马父子都被擒获。
桓玄紧接着马上矫诏自命为总百揆，加侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史；又加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人等，署置丞相府的大小僚属。杀死司马元显、谯王司马尚之、尚之之弟恢之、允之及庾楷父子等人；流放司马道子到安成郡，还没到就干脆把他毒死；解除刘牢之的兵权，用为会稽内史。继而布置亲信占据要津。刘牢之一上来就被剥夺了兵权，想要造反，刘裕认为不可能成功，参军刘袭则说：“将军往年先反王兖州（兖州刺史王恭），今日反司马郎君，现在又要反桓公。一人三反，何以自立！”说完就走了，其他将校也多半离他而去。一代勇将刘牢之走投无路，自缢而死。其子刘敬宣和宗室司马休之逃往后秦避难。
四月，桓玄出镇姑孰，姑孰当长江重要渡口，既是豫州治所，又是建康的西南门户，战略地位十分重要。镇姑孰既可以控制朝廷，又可以掌握军事上的主动权，可谓一举两得。桓玄虽出居外镇，但朝中大事都要向他请示报告，小事则由桓谦、卞范之处理。
桓玄当权之初，还能有所作为，政治颇有起色。他大力整肃朝纲，黜凡庸之辈，远奸佞之臣，选用贤才，时局有所好转，京城内一时欢欣鼓舞。为了革除岭南贪污奢糜的弊政，他选派良吏吴隐之出任广州刺史。吴隐之以身作则，廉洁奉公，短期内使岭南风气为之一变。为此，他大加赞赏，称道吴隐之“处可欲之地，而能不改其操”，“革奢务啬，南域改观”，提拔吴隐之为前将军，赐钱五十万，谷千斛。他曾试图革除豪强兼并，强弱相凌，百姓流离的劣政，但因阻力重重，加之政令繁密而无法实行。针对晋末佛教开始盛行、伤政害民的弊端，桓玄还提出沙汰僧尼，打击寺院经济的主张，并亲自下达了淘汰僧尼的命令，规定：除了那些精通佛理、恪守戒律的佛教徒外，其他僧尼一律淘汰，还俗为民。
然而这一切不过是昙花一现，桓玄的奢豪之态不久复萌，政令无常，朋党互起。这时三吴发生大饥馑，饿殍遍地，户口减半，会稽郡人口只剩三、四成，临海、永嘉郡死亡殆尽，殷实人家也竟身穿罗纨，怀抱金玉，闭门相守而饿死。很多士民都把这此饥荒和桓玄的统治联系起来。在这种情况下，他没有设法解决燃眉之急，而是加紧篡权的步伐，首先大杀北府旧将以绝后患。北府旧将大多不是被杀，就是逃往后秦和南燕。
403年二月，桓玄为提高威望，上表请率领诸军扫平河、洛，然后指使朝廷下诏制止，便称“奉诏故止”。九月，使朝廷拜自己为楚王，封十郡，加相国，总百揆，备九锡，楚国置丞相以下官属。为制造舆论，他上表请求返回藩镇，然后自作诏挽留，再上表固请，逼皇帝出手诏坚留。他还暗中指使人献祯祥，呈符瑞。他生性贪鄙，喜爱奇珍异宝，终日珠玉不离手。别人有好字画及佳园美宅，都千方百计地据为己有。不好意思当面抢夺，就以赌博为手段，变着法儿夺取。又喜欢阿谀奉承，厌恶臣下进直言。法令无常，随心所欲，一会儿想废钱币而用谷帛，一会儿又想恢复肉刑，结果一事无成，至使朝野失望，人不安业。
正当桓玄得意之际，一连串的打击接踵而至：先是被他视为左膀右臂的兄长荆州刺史桓伟突然病死；接着殷仲堪的余党、新野人庾仄合众七千，起兵襄阳，赶走了守将冯该；南蛮校尉庾彬等人谋为内应，江陵震动；桓玄之侄桓亮也以讨伐庾仄为名，乘乱起兵罗县，自称平南将军、湘州刺史。这两次事件虽很快被平定下去，但却给桓玄以巨大的精神压力。与此同时，北府兵的中级将领刘裕、何无忌等人又正在酝酿起兵，无疑给桓氏政权造成了最严重的威胁。形势在逆转，如不赶快禅代，皇帝梦难免成为泡影。桓玄急不可待，但北府兵的将士们是否答应是能否成功的关键。于是他派堂兄桓谦赶赴彭城，试探地问刘裕：“楚王功高德重，朝廷的意思是想禅让，你们以为如何？”老奸巨猾的刘裕回答：“楚王是宣武之子，勋德盖世，晋王室衰微，早失民望，趁机禅代，有什么不可以！”桓玄得到报告，便放下心来。403年十二月三日，桓玄逼迫司马德宗（晋安帝）禅位给他，并即皇帝位于姑孰，可是在登基时却发生了一个小插曲：由于桓玄身体过重，结果在登位时一下子坐塌了宝座。百官都不知所措，幸亏殷仲文急中生智说：“这是因为圣德深厚，大地承载不了啊。”这才解了围。
桓玄改年号为永始。迁司马德宗于寻阳，封为平固王；追尊其父桓温为宣武皇帝，庙号太祖；立其妻刘氏为皇后，大封桓氏兄弟子侄为王，文武加官进爵。随后迁居建康宫，修缮宫室，大兴土木。为显示皇帝的尊严，特命工匠制作一辆特号大车，车内可坐三十人，用二百人推着走；为炫耀自己的聪明，百官奏事或一字写得不合体，或语句有些毛病，都要挑出来指摘一番，甚至贬官降职。事必亲躬，或亲自安排值日官，或自选令史一类的小官，诏令一道接一道，主管官员应接不暇。而朝纲大事不抓，法度不立，奏案堆积如山。他又喜欢游猎，常常夜以继日，性情又急躁，呼召严厉，刻不容缓，宫禁内一片喧哗，不成体统。百姓疲累，朝野劳瘁，怨怒思乱者十有八九。
404年二月，刘裕经过周密部署后，联络北府兵将领刘毅、何无忌、刘昶、刘道规、诸葛长民等人，纠集了可怜巴巴的一百多人起兵讨桓玄。桓玄的手下听说刘裕等一百多人就敢于造反，都不把他们放在眼里，只有桓玄非常担心地说：“刘裕是当世的英雄，从前赌博的时曾输得让别人当街打屁股，刘毅从前家里穷得一担米都没有，赌博的时候还敢下百万的赌注，何无忌和刘裕脾气相投，从小就是一块的赌友，三个人都是赤裸裸的赌徒，抱着不输光就通吃的心理造反，怎能说不可怕？（对对手倒是了解得非常透彻，可是为什么没有早对他们做出防备？）”就派出重兵渡江前来围剿。
二月二十七日，刘裕派何无忌扮成朝廷使者，率一百多人赚开城门，一举攻入京口，斩徐州刺史桓脩；进而攻广陵，杀青州刺史桓弘。没多久，就有一千七百多北府兵里退役的老兵油子前来投奔刘裕。刘裕率兵直扑建康，三月，在极为不利的情况下战胜前来抵抗的桓军，阵斩著名猛将吴甫之、射死皇甫敷，到达建康城下。桓玄又急又气，命桓谦、卞范之率兵二万出城御敌。刘裕在战船上就下令士兵饱餐一顿，把剩下的粮食都扔到长江里，以示有去无回，两军在建康城外展开决战。桓玄军虽然人多，但军官很多都是北府兵出身，知道刘裕的厉害，任桓玄怎么催就是不上前。刘裕军站位在上风，趁机放火，桓玄军大乱，自相践踏，刘裕率众突击，桓谦诸军顷刻间溃散。桓玄闻报，匆匆携带儿子桓昇、侄子桓濬，在几千亲信的护卫下，从南掖门仓惶出逃。路遇参军胡藩，胡藩劝他组织抵抗，桓玄一言不发，只顾用马鞭指天，意思是说“天亡我也！”然后策马疾驰，直奔石头城，乘船浮江西去。沿途忍饥挨饿，有时整天吃不上一顿饭，左右弄来一些粗粮，咽不下去，几岁的小儿子桓昇在他胸前背后使劲按摩，桓玄悲不自胜。
桓玄一行逃到寻阳，江州刺史郭昶之提供器用、兵马，这才松了一口气。于是挟司马德宗继续西逃，途中自己作起居注，叙述如何抵御刘裕事，自吹算无遗策，只因诸将违背节度，以致造成败局，并非用兵的过错云云，却把御敌大事抛到了九霄之外。四月，桓玄一行逃到江陵，荆州刺史桓石康迎入帐内。喘息未定，即忙着派人在城南搭造帐篷作为临时宫室，重新署置百官，又大兴刑罚，借以在大败之余重树个人威权，震慑百官将士。大臣殷仲文力谏，桓玄怒气冲冲地说：“汉高祖、魏武帝用兵多次战败，那只是诸将的过失。现今天文对我不利，所以把都城迁回荆楚。而小人愚昧，妄生是非，乱发议论，正应该凶猛一点，哪能施行宽政？”荆州各郡的郡太守们得知桓玄流亡，有人赶紧献媚取宠，派人上表敬问起居，桓玄一概不接受，命令重新上表，庆贺迁徙新都。
荆楚毕竟是桓玄的老巢，不出一月，桓玄收集兵众二万和大批的楼船、器械，又开始得意起来，自负地对左右说：“你们都是从清显的仕途上跟随我的，京都那帮窃权盗位的人将要谢罪军门，到时看着你们凯旋进入石头城，这与神仙相比，又有什么不同！”就在桓玄得意时，刘裕派遣刘毅、何无忌、刘道规率兵追至湓口，桑落洲一战，大败江州刺史郭昶之、游击将军何澹之、江夏太守桓道恭等人，进军寻阳。寻阳上控荆楚，下制建康，是长江中游的战略要地，势在必争。五月，桓玄自江陵急率舟师东下，双方大战于武昌附近的峥嵘州。桓玄所率将士数万，对方不满万人，但却担心吃败仗，常常在座舰旁边停着几艘快船，以备败走，全军毫无斗志。刘毅紧紧抓住战机，乘风纵火，率军奋勇出击，大获全胜。桓玄命人烧毁辎重，连夜狼狈逃去。
桓玄再次逃回江陵城，众人见大势已去，人心惶惶，虽令不行，城内一片混乱。桓玄走投无路，打算逃往汉中投奔梁州刺史桓希。一天深夜，收拾停当，遂率亲近心腹数百人骑马出城西走，刚刚到达城门，左右于黑暗中挥刀向桓玄砍去，没有砍中，秩序顿时大乱，左右心腹互相砍杀，死尸交横于路。桓玄心惊胆颤，勉强逃到船上。恰在这时，益州刺史毛璩派从孙毛祐之。参军费恬率领二百人护送弟弟毛璠的灵柩来江陵安葬，毛璩之侄毛脩之时为桓玄屯骑校尉，趁机骗诱桓玄入蜀，桓玄无计可施，只好同意。船行至江陵城西的枚回洲，毛祐之、费恬突然向桓玄开弓放箭，矢如雨下，幸臣丁仙期、万盖等人急忙用身子挡住，都被射死，桓玄受了轻伤。益州都护冯迁随着抽刀砍来，桓玄从头上拔下一枚玉导送给他，心惊肉跳地质问：“你是什么人？敢杀天子！”冯迁回答说：“我杀天子的贼罢了！”说完，手起刀落，人头坠地。同时被杀的还有桓石康、桓脩等人，桓昇被擒，斩于江陵城。
桓玄篡晋，是东晋门阀政治的尾声。这个短命政权终于被刘裕推翻。桓玄从称帝到兵败出逃，共经八十天；从称帝到被杀，前后不到半年，死时年三十六。桓玄死后，堂兄桓谦、桓石绥等人仍坚持抗争达五、六年之久，直至410年才宣告全部失败，桓氏家族彻底覆灭。
桓玄有一定的才能，他于晋朝日薄西山之际取而代之，如果能励精图治，也许还真能建立起一个稳定的新王朝。可是他的所作所为表明他只不过是一个鼠目寸光的花花公子，而他一生努力结果只不过是为刘裕当了垫脚石。
附桓玄诗二首：
登荆山诗
理不孤湛。影比有津。曾是名岳。明秀超邻。
器栖荒外。命契响神。我之怀矣。巾驾飞轮。
南林弹诗
散带蹑良驷。挥弹出长林。归翮赴旧栖。乔木转翔禽。
轻丸承条源。纤缴截云寻。落羽寻绝响。屡中转应心。
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