明朝末年，闯王李自成率军打到北京城下，此时明朝内部已经乱成一团，大臣们各自保命，而崇祯又不甘心向李自成投降，更不想封李自成为王。据史料记载，崇祯皇帝抱着为大明王朝殉国的念头，对后事进行了安排。1644年3月18日，崇祯皇帝把三个儿叫来，让他们换上百姓衣服，并让心腹太监送他们抓紧出城。崇祯皇帝这种安排也有深意，他想让儿子们将来再次光复明朝。这三个儿子中其中就有皇太子朱慈炯，但李自成进城后，崇祯皇帝在煤山上吊自杀，对于明朝末代太子朱慈炯的下落却成为一个谜团，就如建文帝的下落，在民间众说纷纭。
李自成进入京城后，没当几天皇帝，便被清朝多尔衮率八旗兵赶出京城。当时的时局混乱不堪，既有李自成的起义军，也有清朝入关，还有南明小王朝扛起大旗。此时没人关注一个亡国太子的下落。
但在顺治皇帝时，民间不断有人冒充明朝太子的事情。只要太子出现，反清复明的事就不断出现。当时中原汉人对清朝统治不满，这个时而出现的太子，是真太子还是假太子无人知晓，但他振臂一呼就有人响应，所以让清朝很上火。
顺治元年时，有一个自称太子的人到北京了，被清朝抓住。但审来审去，清朝对这个自称太子的人也不知是真是假，于是杀死了之。相信这个人不是疯子就是傻子，即使朱慈炯活着也不可能冒着生命危险跑到北京城来闹事，显然是假冒“产品”。
康熙皇帝继位后，“明太子事件”还发生过。康熙十二年时，清朝发生了三藩之乱，吴三桂自立为王，也扛起反清大旗。但北京城又出现了“明太子事件”，据说这个明朝太子响应吴三桂，而且接连出现两起冒充的事件。清朝抓住两人后，在审讯过程中两人竟然互不认识，成了天大笑话。不过两人的命的肯定保不住了。据后来史学家认为，或许是吴三桂趁机搬出明朝太子，给自己反清找一个正统名义。
南明王朝为明朝续命时，也曾发生过“明太子事件”，南明王朝连忙派人把此人带到南京。当时南明大臣马士英、福王朱由崧对此人进行盘问，没想到这个自称太子的人，回答自如。甚至都能叫出一些大臣名字。南明宫内监是从北京逃出来的，他认为此人就是太子朱慈炯。
但令人蹊跷的是，有一些之前与太子熟悉的大臣，此人却叫不上名。南明王朝连忙派人审问，在上刑中，此人说了实话，原来他是明朝一位驸马的侄孙叫王元明，想冒充一下太子。因为叔祖在宫中呆过，他对明朝宫里的事有所了解。
不过对于王元明的冒充，南明王朝中还有人认为他就是真太子。因南明小王朝建立后，内部矛盾很大，各派不和。左良玉是镇守长江的大将，他率军东下时，南明王朝就已经成为散沙。而福王朱由崧又不能服众，很多人对他不满。认为王元明就是皇太子。
清兵南下攻下南京后，王元明还被短暂拥立为王。但被多铎抓获押到北京，最后是死是活，史料没有记载。可见在时局混乱的明末清初，明朝太子很关键，只有他才是正统。因此冒充的人就多。
投降闯王？对于太子朱慈炯的下落，当时人们说法不一，除了假太子事件，还有人认为太子朱慈炯并没有逃出北京，而是被李自成所抓获。据说崇祯身边的太监栗宗周把太子献给了李自成，李自成就把太子交给刘宗敏看管。
此时李自成忙于登基当皇帝，以及如何与吴三桂交涉，根本没有精力管太子朱慈炯的事。李自成登基当皇帝后，并没有杀死太子朱慈炯，而是封朱慈炯为宋王。还有人说，吴三桂不想投降李自成，而是投降了关外的清朝。吴三桂与多尔衮两兵汇合后，就开始与李自成作战，李自成战败后，吴三桂还向李自成索要太子。李自成面对败局，只得把太子给了吴三桂。但这种说法站不住脚。李自成战败后就退出北京城逃命了，他的命都自身难保怎么可能与吴三桂有这种交易呢？
还有人说，李自成兵败后，就放火烧了明朝的宫殿，并带着崇祯三个儿子向他的起家之地逃去，从此李自成与太子下落不明，是与李自成一起被杀，还是逃亡过程中太子被杀，从此太子就成谜。
现在史料都倾向于李自成死于九宫山，李自成的死亡都成谜，更何况一个亡国太子呢？
明朝人对建文帝之谜倾向于建文帝出家为僧，这是明朝人喜欢的想法，认为出家才是皇家最保命的方法。同样，对于崇祯太子朱慈炯，也有人认为已经出家为僧了。因为朱慈炯如果出家，比建文帝准备充分。还有人说李士淳带着太子跑到广东的应州灵光寺出家了，从此在这里度过一生。
李士淳是谁？此人是明朝翰林院编修。他曾给太子当过讲官，明朝灭亡后，李士淳与太子被迫接受李自成的封官。由于当时李自成让刘宗敏看管太子，而刘宗敏在之后的战斗中受伤，李自成的起义军撤出北京城后，李士淳利用这个时机，就带着太子跑了出来。
据资料记载，李士淳的后人李大中在《二何先生事略》书中，承认了他们的先祖曾救过太子朱慈炯，而且太子写的一首诗，还被李士淳编在《阴那山志》一书中。此诗全文如下：
谁人伸臂划虚空，裂碎迷云千万重。
掌握明珠山吐月，周天星斗五轮中。
天画棋盘星作子，指弹日月照将军。
不知何处神仙着，花落棋山还耳闻。
从诗的成文及写法中，后人认为与太子身份相似，只有帝王家才能写出这样的诗，普通人根本不可能写这样的诗句。
但朱慈炯出家之说，显然站不住脚。当时南明小王朝已经建立了，李士淳应该知道，为什么带着太子跑出去，不到南明王朝那里呢？难道太子看破红尘不想再光复大明王朝了？
而一首诗如何证明是太子所写，李士淳的后人说祖上曾救过太子，但证据并不让人信服。
清朝所杀？
对于太子朱慈炯下落，除了归附闯王、出家之说外，民间还有被清朝所杀之说。前文我们已经说到了，清朝对于民间冒出来的假太子的确都杀了，有人认为这些所谓的“假太子”中说不定就有“真太子”。但清朝史料中否认这种说法，清史记载的都是“假太子”。
据民间传闻，太子朱慈炯从北京逃出后，被民间老太太收留。当时天下大乱，朱慈炯在老太太家藏了3个月，老太实在无力收养太子了，于是就送到亲戚周奎家，但周奎胆子太小，他怕收留太子被朝廷获罪，就在清朝派人搜捕明太子时，把太子交给了清朝。
清朝认为留着太子是祸害，就杀了太子。但清朝如果抓到崇祯儿子当然会在正史中记载，但为什么没记载？况且清朝进关打的旗号是“为崇祯报仇”，为什么抓住太子朱慈炯而杀死呢？按常理分析，即使清朝抓住朱慈炯也会厚待他，用朱慈炯制约南明小王朝，不可能杀死太子。
对于太子朱慈炯的下落，除了以上说法外。有人说太子从吴三桂军中逃出后，先在皇姑寺短暂居住，后来与太监高起从天津乘船南下了。还有人说，太子根本没逃出北京城，被乱军杀死。朱慈炯的下落与清朝是否有关，还有待于考证。
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