一说到日本的首都，大部分人都会觉得日本的首都是东京，其实不然，虽然我们都基本认同东京是日本首都，但是在日本的宪法中，并没有明确东京是首都。也就是说东京是事实上的首都，并不是国家法定的首都。在日本的法律中，没有直接界定首都的位置。但是，从近代的诏书和废除的法律当中，都提到过东京或者东京都作为日本的首都。
关于日本首都的历史，可以说是一步曲折的变迁史。在公元690年，藤原京，被认为日本最早也规模较大的都城，后来因为空间狭小也发展受限的因素，又迁都到奈良市市区内，被称为平城京。后在七十多年间，平城京一直是日本的首都。后又经过大化改新，佛教成为了日本的国教，寺社势力的壮大对朝政产生了严重的威胁。日本天皇意识到这个问题，在公元794年决定从奈良迁都到京都（平安京），京都在日本的行政史上，有举足轻重的地位，到迁都东京为止，平安京作为首都已经1000多年了。后来日本进入了群雄割据的战国时代，在这个时代丰臣秀吉是代表人物，而人们熟悉的德川家康是他的下属，后经历了百余年的混战，那时候的日本，国家可划分为关东关西两块区域。千百年来，国家的领导者都在关西地区，所以关西地区成为了日本的政治、经济和文化中心；而关东地区，地广人稀，比关西地区落后的多。
战国时代结束，日本完成了真正意义上的统一。统一后，丰臣秀吉为了地位不受到威胁册封德川家康到关东地区，德川家康到关东地区，为关东地区尤其是江户（今东京）进行了改革，俗话说的好要想富先修路，他开通了很多条道路，其次是放开海上贸易，利用关东临海的优势进行贸易。在一系列措施的推动，关东地区特别是江户，开始走向崛起。后来丰臣秀吉的时代落幕后，德川家康时代到来了，日本的政治经济重心也由京都开始向江户转移，这标志关东地区地位的确立。后在19世纪中期以后，德川家与其他藩属的战争中失败，只能被迫将大权还给天皇，国家实权的转移，首都选址引发贵族和大臣的激烈讨论，皇室贵族认为，首都应迁回京都才能体现天皇的至尊地位，而江户的大臣认为，江户的各项设施齐全，在日本已经是首屈一指了，没有必要在迁回京都，劳民伤财。
公元1870年，天皇推迟向京都迁移的计划，继续将江户作为政治中心，并更名为东京。自此之后，京都只是名义上的首都。
东京就这样确立了政治经济中心的地位。但是在法律上并没有确定东京是国家的首都。但是又通过一系列的文件间接的说明东京是国家的首都。
在1950年，日本颁布了《首都建设法》，其中第一条便明确阐述了“东京是一个和平国家的首都”；而在该法废除之后，紧接着又实施的《首都圈整备法》，同样也强调了“构筑一个以东京为中心的，能够促进日本政治经济等方面发展的大都市区”。
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