人与自然界息息相关，就是说人体时时刻刻都在与自然界进行交流。所以《素问·六节藏象论》中指出：“天食人以五气，地食人以五味……气和而生，津液相成，神乃自生”。说明了天供人以风暑湿燥寒五气以分别长养人体的肝心脾肺肾五脏；地供人以酸苦甘辛咸，分别入于五脏才能维持其正常功能。
由于天的五气通过呼吸进入心肺，成为气血运行的动力，地的五味通过食道进入胃肠，经过消化，敷布津液，以养五脏才能使五脏安和，神乃及自生。但是自然界是在不断地进行规律性运动变化的，人体为了适应自然，求得生存，就产生了适应自然的调节系统，籍此以完成“与天地相参，与日月相应”。中医认为，这一重要的调节适应系统就是经脉及其在经脉中运行着的气血。
就卫气来说，它的运行和天体环周一样的有着规律，在一日一夜之中，要循行于全身五十周次，昼行于阳分二十五个周次，夜行于阴分二十五个周次，并环周于五脏之间，如下图所示：
气血来源于谷气，并通过经络这一途径，输布于全身。《灵枢·营卫生会》篇中指出：“人受气于谷，谷入于胃，以传于肺，五脏六腑皆以受气。其清者为营，浊者为卫，营在脉中，卫在脉外，营周不休，五十而复大会，阴阳相贯，如环无端”。《灵枢·营气》篇则更明确地提出了营气的运行输注：“营气之道，纳谷为宝。谷入于胃，乃传于肺，流溢于中，散布于外。精专者，行于经隧，常营无已，终而复始，是谓天地之纪。故气以太阴出，注手阳明，上行注足阳明，下行至跗上，注大指(趾)间与太阳合……复以跗注大指(趾)间，合足厥阴。上行至肝，从肝上注肺……下注肺中，复出太阴，此营气之所行也，逆顺之常也”。《素问·调经论》说：“五脏之道，皆出于经隧，以行血气，血气不合，百病乃变化而生，是故守经隧焉”。以上经文，首先说明了机体气血来源于胃纳水谷，上奉心变化而赤则为血，再经过经脉，依次传递于各经，循环不息，一日一夜与卫气会于太阴，同时气血在经脉内外流行时，又与时间有着密切关系。
滑伯仁指出：“经脉者，所以行气血、通阴阳，以荣于身也，其始以中焦注于手太阴、阳明……其气常以平旦为纪，以漏水下百刻（漏水下百刻，指漏水下百刻而言的。铜壶滴漏，是古代计时器，以一昼夜分为一百刻，每昼夜铜壶滴水下注一百刻。营气循行十四经一周的时间，则漏下二刻，故每昼夜营气循行于人体五十周），昼夜流行，与天地同庆，终而复始”。这里所说的“平旦”指寅时，此时气血出自中焦，流注于手太阴肺经，卯时流注于手阳明大肠经，辰时流注于足阳明胃经，巳时流注于足太阴脾经，午时流注于手少阴心经，未时流注于手太阳小肠经，申时流注于足太阳膀胱经，酉时流注于足少阴肾经，戌时流注于手厥阴心包经，亥时流注于手少阳三焦经，子时流注于手少阴胆经，丑时流注于足厥阴肝经。
人体气血就是这样一个时辰一经地按经周而复始，如同海洋潮汐，有涨有落，气血流注某经，如潮沙之涨，则某经气血旺盛；气血行离某经，如潮汐之落，则气血衰退。流注针法就是根据这一原理，依着经气在十二经中的运行往来，盛衰逆顺，规定表里开阖的法则，以时间为前提条件，按时开穴。从而说明子午流注按时开穴是建立在经络气血理论基础之上的。
流注针法的开穴除和经络气血运行的盛衰有密切关系外，又和十二经气血多少有关。因此，只有掌握十二经中的气血多少，才能了解其相对的有余不足，并根据十二经的阴阳相合，刚柔相配，找出阳进阴退，或阴进阳退，表里开阖的时间规律。
《素问·血志形气》篇中指出：“太阳常多血少气，少阳常少血多气，阳明常多气多血，少阴常少血多气，厥阴常多血少气，太阴常多气少血，此天之常数”。由此可见十二经中气血各不相同。所以《灵枢·经水》篇中指出：“十二经之多血少气，与其少血多气，与其皆多血气，与其皆少血气，皆有大数，其治以针艾，各调其经气，因其常有合乎”。这种各经气血多少，是人体与自然界的春季风多湿少，夏季热多燥少，长夏湿多寒少，秋季干燥清凉之气多、温和之气少，冬季寒凉之气多，火热之气少的气候转变，阴阳运动相类似的，所以说“人之常数而应天之常数”。
子午流注针法同样也是建立在各经气血多少的基础之上的，按时开穴针治，以疏通经气，调和气血及阴阳的偏盛偏衰，并可根据十二经气血多少，来采用不同的补泻手法。一般来说，气血多者用泻法，气血少的用补法，多气多血则用出血泻气法，多血少气则用出血而不泻气，血少气多则用泻气而不出血。还可根据十二经气血的多少来决定施针的深浅和不同的留针时间。由此可见子午流注针法与经络气血多少有着密切关系。
由于子午流注针法，是以机体气血循行盛衰的时间为针治开穴的主要条件，因而又和气血在十二经中上下逆顺周流有密切关系。就是说，按时取穴是根据气血在十二经中流注循环往复，一昼夜之间，往复全身五十周，流注针法就是在这五十周中，掌握其中一部分时间，作为经气盛衰，气血开阖的针刺时机，所以《灵枢·邪客》篇中提出：“脉行之逆顺……手之三阴，从藏走手；手之三阳，从手走头；足之三阳，从头走足；足之三阴，从足走腹”。说明气血在十二经中的流行是自下而上或自上而下的逆顺方向和走向。
同时，经脉中气血的流行又是随人体的呼吸向前推进的。《难经》中载有：“人一呼脉行三寸，一吸脉行三寸，呼吸定息，脉行六寸，人一日一夜，凡一万三千五百息，脉行五十度，周于身，漏水下百刻，营卫行阳二十五度，行阴亦二十五度，为一周也”。这是古人从人的呼吸及与脉搏的关系来推断营气运行的速度，明确提出，在一呼一吸之间，脉行六寸，一日一夜之间，呼吸一万三千五百次，气血前行八百十一丈，相当于循环五十周，流注针法就是依据经气周流各经的盛衰不同，把握时机，应时开穴针治的。
综上所述，子午流注取穴及开穴针刺是建立在中医独特的整体理论体系之上的。人以五脏为中心，以经脉为联系，形成了一个有机整体，气血行于脉中，为体内环境与自然界交通的通道。同时，人与自然界息息相关，在人类的成长过程中，体内与外环境的信息不断交流，为顺应自然而建立了完整的调节体系，这一体系，有明确的时间节律性。我国劳动人民正是在劳动实践中，观察并掌握了这些规律，以时间为前提配用脏腑经络、气血、阴阳理论，运用天干、地支作为符号，逐步形成了较完整的理论及应用体系，成为中医学中的一大奇观。现代所谓的“人体生物钟”理论也是以时间变化为前提的，它的大量的临床及实验研究不断印证了中医的子午流注学说，可谓殊途同归。
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