《名侦探柯南》作为一部推理的动漫，一直以侦破案件为主要剧情，到现在随着剧情的增多， 有些情节脱离了推理，反而倾向于情感，在新一变成柯南后，其剧情还是一直在推理。如今已经播到1000多集，我们再回来看看之前的剧情，发现《名侦探柯南》里有几个未知的谜团，我们就来看看这4个未知的谜团吧。
谜团一：阿笠博士的经济来源
众所周知，阿笠博士在“柯南”里起着推动前期剧情发展的重要角色，可以说，没有他，就没有柯南的，也就没有后面的剧情了，阿笠博士是一名发明家，以“天才”自称，但是在很多集上面看到阿笠博士喊穷，他有着一个大的实验室，但是有很多时候都是实验失败，而实验需要很大的经费，而这些经费从哪儿来，就不清楚了。之前有人猜测阿笠博士是“黑衣组织”头目，这个谣言自从辟谣后就没了。我想阿笠博士就算不是“组织”的头目，或许跟“组织”有关系，靠着“组织”给钱，又或者买自己的发明专利获取经济来源。你还知道阿笠博士的钱从哪里来的吗？
谜团二：小哀她到底几岁
小哀她在官方给出的实际年龄是18岁，但是试想一下，18岁便是女科学家的小哀，还在“黑衣组织”里制作“APTX-4869”，但是通过动漫的播放，我们所理解的小哀她所具备这常人18岁所不具备的成熟的心智跟智商，18岁的时候便是刚成年，有着天真烂漫的性格，但小哀她不同。对于这个问题真的很好奇，这问题连柯南都想问小哀的，或许小哀她经历什么事情让她一下子变成这样。
谜团三：琴酒他是怎么在黑衣组织坚持下来的
看到现在基本知道，黑衣组织的强大，但是琴酒他的手下一个个离他而去，贝尔摩德在被新一他们救了之后变成了两面站，波本是警察厅派进去的卧底，灰原哀逃走了，库拉索被柯南他们感化叛变组织，最后为了挡住摩天轮牺牲了自己，现在的琴酒可谓是独木难支，但是他一个人坚持了这么久，究竟是什么原因支撑这他呢？
谜团四：黑衣组织的最终目的是什么
相信大家看到现在知道，这个“黑衣组织”并不简单，在全球范围上也是很有实力的，之前小哀也说过了，这个组织在上两个世纪就已经存在了，过了这么多年了，这个神秘的组织如今依然活跃在众人的视野里，可是这个组织最终有着怎样的目的呢？其制造的毒药“APTX-4869”到底要用来干嘛呢？这就不得而知了。
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