要想知道八旗里面“上三旗”和“下五旗”的区别，为什么“上三旗”包括正白旗和正黄旗、镶黄旗，就必须了解八旗的历史渊源和发展历程。
在清太祖努尔哈赤的手里，满洲女真在兼并女真各部的过程中，将被征服的各部统编入牛录。
牛录是满洲女真部落是一种作为生产和作战的基本单位，在努尔哈赤手上逐渐代替了女真部落原始的氏族血缘组织。
《满文老档》记载：“淑勒昆都仑汗(也就是努尔哈赤)把众多女真各部落的壮丁进行规划，每300壮丁编成一牛录。每一牛录都设立厄真一人。牛录厄真以下还设有其他管理人员，包括代子2人、章京4人和村领催4人。4名章京分别统领300壮丁，编成塔旦。”
塔旦就是满洲女真共同行动的基层单位，出则随章京打仗，如则随章京种地。
万历二十九年（1601年），努尔哈赤再次进行改编，将众多牛录组编为四个“固山”(旗)。
固山从此不再是基于血缘关系的氏族部落组织，而是由努尔哈赤打散各女真部落的牛录组成的军事行政单位。
八旗的诞生
因此，固山不再依氏族姓氏或山河地理（女真氏族部落很多喜欢取周围的高山或河流的名字）命名，而是组成黄、白、蓝、红四旗，以不同颜色的旗帜来进行区别，这就是最早的旗兵。
随着后来的战争规模越来越大，扩军的速度也越来越快，军民数量也越来越多，努尔哈赤建立后金政权的前一年，又增编为八旗，将原来的四旗各分为正旗与镶旗，黄、白、蓝三旗镶红边，红旗镶白边，变成后来举世皆知的八旗兵。
《清太祖武皇帝实录》记载：“太祖努尔哈赤平定各地，统一各部，于是每300人设立1名牛录厄真。5名牛录设立1名甲喇厄真。5名甲喇设立1名固山厄真。固山厄真左右各设一名梅勒厄真。最早有黄白蓝红四色旗帜，后来将此四色旗帜镶之变为八色，为八固山。”
据此编制，每旗有男性壮丁7500人（300X5X5）。八旗全部加起来就共有60000人（7500X8）。
男性丁壮一家老小不在八旗编制之内，但也由八旗各级官员统辖，人口数当远超过军兵数。
八旗制度是借鉴中原和蒙古相关制度，然后糅杂在女真氏族部落制上形成的一种较为特殊的军政合一制度。
八旗制度的建立，为后金政权建立了一支组织严密、只听从于汗王的强大军事力量。
八旗的统管情况
八旗分别由固山厄真（后人更喜欢称之为旗主）统领，统属于汗王的家族。
刚建立四旗的时候，黄旗直属于努尔哈赤，蓝旗则是由舒尔哈齐掌管，白旗由长子褚英掌管，红*旗由次子代善掌管。
努尔哈赤除掉自己的亲弟弟舒尔哈齐和自己的长子褚英之后，兵权几乎全部囊括于自己手中。
建立后金政权之后，八旗中的正黄旗，镶黄旗，镶白旗三旗依然直属于努尔哈赤。
努尔哈赤身上是皇帝服还是正黄旗军服？
正白旗由努尔哈赤第八子皇太极掌管；正蓝旗由第五子莽古尔泰掌管；镶蓝旗由舒尔哈齐第二子阿敏掌管；正红*旗、镶红*旗则由代善掌管。
统率一旗的人称之为和硕贝勒。依年龄顺序，代善称之为大贝勒，阿敏称之为二贝勒，莽古尔泰称之为三贝勒，皇太极称之为四贝勒。
正蓝旗莽古尔泰
四和硕贝勒在汗王的周围，分别统领后金国的军队，并参与国政，是汗王的左膀右臂和后金政权最高的军政长官。
努尔哈赤还规定，军国大事和汗位继承，由诸贝勒大臣共同议定，共同推举。
这时候，最尊贵的“上三旗”是正黄旗，镶黄旗，镶白旗由于努尔哈赤最宠爱他的大妃阿巴亥，因此，就把直属于自己的也是最重要的两黄旗，给了大妃阿巴亥的三个儿子中的两个——阿济格和多铎。
只有阿巴亥剩下的最后一个儿子多尔衮没给，可能是努尔哈赤太宠爱多尔衮，努尔哈赤一直把多尔衮留在身边，虽然努尔哈赤说过要另外给他一旗，但是到底给多尔衮什么旗，并没有明说。
因为努尔哈赤想让多尔衮继承自己的汗位。所以根据推测，努尔哈赤要给多尔衮的旗极有可能就是此时唯一剩下的“上三旗”之一的镶白旗。
不过天有不测风云，努尔哈赤突然病逝，而且还没来得及留下传位的旨意，就匆匆离世。
努尔哈赤突然离世后，以皇太极、代善为代表的努尔哈赤的其他儿子及侄儿们，对大妃阿巴亥极其忌惮，因为阿巴亥才36岁，又不是满洲女真部落出身，而且她的两个儿子阿济格、多铎都独自掌管一旗，多尔衮更是汗位的有力竞争者，而且以后肯定要独自掌管一旗。
当时多尔衮和多铎年纪尚幼，而阿济格又是一个冲动闹事的性格。
皇太极他们就谎造圣旨，说依据努尔哈赤生前留下来的旨意，大妃阿巴亥必须跟随他一生一世。说的好听，其实就是殉葬，由此逼死了阿巴亥。
逼死了阿巴亥以后，剩下的多尔衮三兄弟，一下就失去了主心骨。
年幼的多尔衮多铎和冲动的阿济格怎么会是老狐狸皇太极的对手。
皇太极通过拉拢与分化，本来他自己是正白旗旗主，他首先让自己的长子豪格掌管镶白旗。然后把两白旗变为两黄旗，再把原来的两黄旗变成两白旗。
然后废掉阿济格的旗主职位，接着把八旗军民全部打乱混编，最后把正白旗给了多尔衮，把镶白旗给了多铎。
这样一来，皇太极成功变成正黄旗、镶黄旗的旗主。这样做的好处就是表明自己的正统地位，因为正黄旗、镶黄旗一直都是努尔哈赤的直属军队。
通过废除成年的阿济格旗主之位，却让年幼的多尔衮、多铎分别掌管正白旗，镶白旗，即打击了以阿巴亥为核心的八旗势力，同时又不引起八旗内部的分裂，而且还能间接掌管正白旗，镶白旗，有充足的时间敲打多尔衮和多铎。
皇太极除了打击多尔衮多铎兄弟之外，还吞并了阿敏和莽古尔泰的军队，并再一次进行改编混编，最终，皇太极把镶黄旗、正黄旗、正蓝旗作为上三旗。其余的作为下五旗。
这时候，“上三旗”变成正黄旗，镶黄旗，正蓝旗哪知，皇太极突然暴毙，和他老爹一个套路，也在没有确立继承人的情况下离世了。
清朝皇帝位子的争夺就在皇太极长子豪格和多尔衮之间进行。
多尔衮的势力略胜一筹，但是镶黄旗和正黄旗的很多旧将，比如鳌拜、索尼等人都坚决要求皇位必须在清太宗皇太极的后代中推选出来。
最终，皇太极的长子豪格和战功卓著的多尔衮都没变成皇帝，皇帝落入年幼的顺治帝之手。
但是多尔衮执掌了清朝的大权，成为清朝实际的掌管者，成为清朝第一位摄政亲王。
在这种情况下，摄政王多尔衮也对八旗进行改编混编，并将镶黄旗、正黄旗、正白旗作为上三旗，而将皇太极的长子豪格掌管的正蓝旗踢到下五旗之中。
后来多尔衮突然暴毙，顺治帝除了掌管传统上一直直属于皇帝的镶黄旗和正黄旗之外，还顺便将多尔衮的正白旗归为己有，因为此时的正白旗的确战斗力很强，而且此时的正白旗人心惶惶，才有了顺治帝的这个举措。
这样一来，“上三旗”变成正黄旗，镶黄旗，正白旗
此后“上三旗”从来没改变过，这三旗的军权也一直被皇帝所掌管，而清朝的皇权从此变得非常稳固，这样的情形一直延续到清朝末年，都再也没有变过。
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