‘’斡尔朵”的复数形式，直译便是“很多宫帐”。而其作为部落的名称，则可称作“宫帐的侍卫”。不过，他们竭诚保护的，并不是可汗居住的宫帐，而是成吉思汗的神位所在地——八白室。
成吉思汗逝世以后，在他的“斡耳朵”内供奉着成吉思汗的灵位和生前使用的铠甲、武器和用品。随后，成吉思汗的四位皇后的灵位也一起供奉于此，“斡耳朵”也合并管理通称为“八白室”。
在元朝时期，元世祖忽必烈皇帝于1292年封皇孙甘麻剌为晋王，就职于“太祖四大斡耳朵之地”，镇守蒙古本土。甘麻剌祖孙三代均世袭晋王，镇守漠北，兼领四大斡耳朵，管理成吉思汗八白室祭祀。直到元末，晋王在漠北的管理机构“内史府”仍然继续存在。此后，“晋王”一词逐渐演变成“济农”，到了北元时期济农也被称为副汗。从此形成 了在蒙古历史上由济农兼管八白室的惯例。
负责守卫、祭祀、服务于成吉思汗八白室的，都被称为“大有福者”，是蒙古人中的精英。他们来自成吉思汗九位爱将，也就是博斡儿出、木华黎、朝莫尔根、陶尔贡迭剌、者勒蔑、哲别、哈日赫如、孛儿忽剌、希吉忽图忽的后裔以及成吉思汗生前护卫—“兀良哈人”。他们来自于各个家族和部落，姓氏各异，仅是以共同的职责而聚合在一起，称为鄂尔多斯部。在明代汉文史料中，被译为“阿尔秃斯”、“袄儿都司”、“我儿都司”等，十六世纪后，便以“鄂尔多斯”的名称固定下来。
1368年，元大都被明军攻克，元惠宗率大臣皇子后妃等逃往漠北，元朝灭亡，蒙古历史进入到北元时期。
在北元初期，元惠宗、昭宗、益宗前后三代尚能维持稳固的朝廷，指挥元军为恢复中原而战斗。于是，新兴的明廷也将之作为头号敌人，反复打击。1380年，明军在名将沐英的带领下攻入蒙古高原腹地，占领了蒙古帝国的故都哈剌和林城，将城市彻底毁灭。这场浩劫之中，哈剌和林中的军民或战死，或被明军俘虏，余下的四处逃散。而负责守卫八白室的鄂尔多斯部因为在明军攻入哈刺和林城之前便得到消息，将供奉在哈刺和林的成吉思汗四大斡耳朵等祭祀圣物，转移到哈刺和林以北的鄂尔浑草原上，逃过了一劫。
在鄂尔浑草原上，鄂尔多斯部将八白室与成吉思汗母亲诃额伦的祭祀斡耳朵汇合，开始了漫长的迁徙之路。
哈剌和林被焚毁后八年，1388年，北元益宗在捕鱼儿海被明将蓝玉击溃，从此稳固的北元朝廷不复存在，蒙古高原进入到长久混战的黑暗时期。各部混战，可汗屡被弑杀，而明军也不时地北征侵扰。在这乱世之中，鄂尔多斯部为了护卫八白室，一而再再而三地迁徙，以躲避战乱。从现有的史料进行分析，鄂尔多斯部从哈剌和林迁出，先到达鄂尔浑草原，之后又迁往杭爱山、阿尔泰山、伊犁、哈密、阿拉善草原，最后到达黄河河套地区，整个过程从十四世纪末至十五世纪末，长达一百余年。
因为负有神圣的职责，鄂尔多斯部除了不停地迁徙，也不得不在乱世中采取朝秦暮楚的策略，依附于强大的势力，以保存自己。而各个掌控北元蒙古的部落，为了彰显自己的合法性，也想尽办法将鄂尔多斯部控制在自己手中。1388年到1454年，鄂尔多斯部一直依附于控制北元汗廷的卫拉特部。1454年，自立为汗的卫拉特贵族，“大元天圣可汗”也先败死，鄂尔多斯部遂又投向象征正统的东部蒙古各部扶立的汗廷，而这个汗廷先后两任可汗乌珂克图汗、摩伦汗都是傀儡，先后有孛来、毛里孩两位太师和科尔沁部的齐王孛罗乃执掌大权，鄂尔多斯部也就随之为他们所控制。
不过，在1465年，摩伦汗被毛里孩太师弑杀，之后各大贵族只顾着杀伐，没人有实力和号召力再拥立可汗，以后十年之间，蒙古没有大汗，陷入空前的大混乱。在这十年之中，鄂尔多斯部被巴彦蒙克所执掌。
巴彦蒙克的的父亲是“岱总汗”脱脱不花的二弟阿巴噶尔济的儿子哈剌苦出，母亲则是“大元天圣可汗”也先的女儿齐齐格。也先杀害脱脱不花汗篡位时，“凡故元头目苗裔无不见杀”，几乎将忽必烈直系子孙斩杀殆尽，阿巴噶尔济、哈剌苦出均死于非命，而巴彦蒙克则在也先的母亲的保护下生存了下来，长大后，被奉为鄂尔多斯部之主。
巴彦蒙克掌管鄂尔多斯后，获得“济农”尊号。在摩伦汗被弑的十年之中，成长为蒙古一大势力，与自己的叔祖，脱脱不花汗的三弟满都古勒遥相呼应。1470年，巴彦蒙克率鄂尔多斯部进入河套地区，并将八白室安置于穆纳山以南的地方。
1475年，东部蒙古各部实力派终于坐下来举行会盟，推举可汗。众议原本想推举巴彦蒙克为汗，但巴彦蒙克认为自己辈分太小，愿意主动让出称汗的机会给叔祖满都古勒，众贵族也附和其意。
然而，满都古勒汗即位后不久，因为太师亦思马因的挑拨，与巴彦蒙克反目成仇，祖孙之间爆发战争。最终巴彦蒙克败死，而鄂尔多斯部的统治权，则落在了与亦思马因出自同源的也力克部人满都赉手中。
巴彦蒙克遇害后不久，年老的满都古勒汗也随之病逝。可汗和储君都已不在，汗位再次虚悬。
所幸，蒙古有了一位不世出的巾帼英雄满都海彻辰夫人，她保住了可汗的部众，并拒绝了其他部落首领的求婚，而嫁给忽必烈家族最后一位男性后裔，巴彦蒙克的独子巴图孟克，并立其为汗，汗号达延汗。
在满都海彻辰夫人和达延汗这对夫妻的努力下，汗廷重新振兴，将卫拉特部驱逐出漠南和漠北杭爱山以东，并初步统一了东部蒙古各部，划分为六大万户。而鄂尔多斯部也与察哈尔、兀良哈、喀尔喀、蒙郭勒津、永谢布五万户一起，成为其中之一。
在彻底消灭内部的反对派后，达延汗将除兀良哈万户之外的五大万户全部册封给自己的儿子，稳固了汗廷的权威。其中，第三子巴尔斯博罗特任“济农”，领有鄂尔多斯万户，并统领右翼三万户。
1516年，达延汗病逝，因为达延汗的长子图鲁博罗特早逝，按照达延汗的遗嘱，其嫡孙，图鲁博罗特长子博迪继承了蒙古大汗汗位。可此时博迪年纪幼小，巴尔斯博罗特凭借自己长辈的身份以及掌控右翼三万户的强大实力，逼迫博迪让位，自任可汗，号“赛因阿拉克汗”。
三年后，博迪已经成年。巴尔斯博罗特知道自己如今已经没有了占据汗位的理由，于是取消汗号，归政于博迪。
巴尔斯博罗特去世后，其长子衮必力克继承“济农”之位，并成为鄂尔多斯万户之长。衮必力克是最后一个能够统领右翼三万户的“济农”，其在位期间与二弟阿拉坦和四弟伯斯哈尔参与了博迪汗平定兀良哈万户叛乱的战争，经1524、1531年、1533年、1538年前后十四年四次大战，终于将兀良哈部彻底降服。博迪汗将兀良哈万户拆分，其属民化整为零并入其他五万户当中，鄂尔多斯万户获得属民甚多，实力大盛，衮必力克也被博迪汗授予“墨尔根汗”尊号。
从1532年开始，衮必里克和阿勒坦汗还曾经多次西征青海，占据青海后，阿勒坦汗的儿子丙兔台吉占据青海，而衮必里克的儿子宾兔台吉则占据了甘肃北部松山地区。
1542年，衮必力克去世，虽然其长子诺延达喇袭“济农”位，但鄂尔多斯万户由其九个儿子分领。诸子分产，鄂尔多斯不复强盛，右翼的实权落在了衮必力克二弟，土默特之主阿拉坦汗之手。在此之后的数十年间，鄂尔多斯部一直跟随阿拉坦汗，成为其称霸漠南的重要力量。
1571年，阿拉坦汗率右翼三万户接受明朝穆宗皇帝的册封，土默特、鄂尔多斯、永邵布各万户大小首领共一百一十二人受封明朝军职。而在1576年，北元“札萨克图汗”图门对汗廷制度进行改革，将重要职务委任于其他各万户实权人物，辅佐大汗处理重大政务，鄂尔多斯万户的库图克台彻辰洪台吉成为五大辅政大臣之一。这样左右逢源的策略，使得鄂尔多斯万户享有了数十年的安宁繁荣。
然而，时移世易，当时间走到十五世纪中期，鄂尔多斯万户的好日子终于到了头。1627年，北元汗廷最后一任大汗林丹汗因为与后金汗国的战争屡屡失败，不得已西迁，兵锋直指右翼三万户。1628年9月，土默特、永邵布、鄂尔多斯三万户联军发起反击，在艾布盖河与林丹汗展开会战，双方激战数日，三部联军彻底战败，鄂尔多斯臣服于林丹汗麾下。但林丹汗吞并右翼三万户后，并没能挽回自己失败的命运。1632年4月，后金可汗皇太极率兵十万远征林丹汗。林丹汗无法抵挡，率部西撤。鄂尔多斯随林丹汗撤退，所部损失惨重。
1634年，林丹汗病死于甘肃打草滩，次年后金军包围汗廷，林丹汗之子额哲投降，北元灭亡。鄂尔多斯部遂归附后金。
1649年，清顺治帝对额璘臣及其儿子、侄儿进行封爵。额璘臣被封为多罗郡王，领鄂尔多斯左翼中旗（俗称郡王旗），成为鄂尔多斯部宗主旗；额璘沁为固山贝子，领鄂尔多斯右翼前旗（俗称乌审旗），驻巴哈池；色棱为固山贝子，领鄂尔多斯左翼前旗（俗称准格尔旗），驻扎勒谷；小扎木素封为镇国公，领鄂尔多斯右翼后旗（俗称杭锦旗），驻鄂尔吉虎泊。
继这次封爵之后，顺治皇帝又于1650年封善达为多罗贝勒，领鄂尔多斯右翼中旗（俗称鄂托克旗），驻西喇布哩都池；封沙克察为固山贝子，领鄂尔多斯左翼后旗（俗称达拉特旗），驻巴尔哈逊湖。到1736年，乾隆皇帝从右翼前旗的牧地中划出一部分，另设鄂尔多斯右翼前末旗（俗称扎萨克旗），由一等台吉定咱喇什统领。
按照清朝盟旗制度，这鄂尔多斯七旗会盟于伊克召，于是定名为伊克召盟。伊克召又被称为王爱召，全名“乌哈格尼巴达古拉圪奇庙”，始建于1615年，是鄂尔多斯济农的家庙。在
1696年，内外蒙古十个盟的王公会盟，并奏请清廷同意，重新组成守护、祭祀八白室的五百户“达尔扈特”，授予他们不服兵役、不交纳税赋的神圣权利。达尔扈特的人员来源，绝大多数来自鄂尔多斯的各旗，也有一部分来自其他盟旗。关于祭祀费用，当时决定，达尔扈特人员带上伊克昭盟官府证件和成吉思汗神像，到外四盟、内六盟所属扎萨克旗进行募捐。这些达尔扈特人至今仍守护着八白室，每年要进行成吉思汗四时大祭，也就是农历三月二十一日的查干苏鲁克祭，五月十五日的淖尔祭，九月十二日的禁奶祭，十月初三的皮条祭。
也在同一年，鄂尔多斯地区的农垦也随之开始。清廷允许口内汉族人口进入鄂尔多斯地区垦殖。垦殖区域局限在清初所设陕西、山西两省各县边墙口外五十华里以内。清代，农垦一直维持在这一范围之内。
但在清末，尤其是《辛丑条约》签订后，清廷为了应付日益加紧的财政危机，开始大量移民开垦蒙地牧场。1902年，清廷在归化城（今呼和浩特市）设立督办蒙旗垦务总局，在鄂尔多斯地区还下设准格尔、郡王、鄂托克、乌审（含扎萨克旗）四个垦务分局，以此机构在内蒙古西部推行垦务。1907年，在鄂尔多斯左翼中旗东部被开垦的地区设东胜厅。
进入民国后，鄂尔多斯仍设七旗一厅。1912年，东胜厅（在今罕台庙乡）迁至今羊场壕乡，改置东胜县。
1937年，“七七事变”爆发。10月，日军占领归绥和包头，鄂尔多斯处在抗日战争的前线。为了避免成吉思汗八白室落入日军之手，在伊盟盟长沙都克尔扎布的建议下，1939年，国民政府派遣专员护送成陵西迁，暂时存放于青海塔尔寺。在抗战期间，鄂尔多斯作为前沿，屡受战火摧残，会盟地伊克召也在1941被日军占领后烧毁，这座三百二十六年历史的寺庙化为废墟。1943年，又因国民党伊盟守备军总司令陈长捷对蒙古族人民实行残酷的民族压迫，导致扎萨克旗保安队武装起义，史称“伊盟事变”，国民党军大力镇压，地方惨遭荼毒，连盟长沙都克尔扎布的王府都被焚掠一空。
1945年日本宣布投降，紧接着国共内战爆发。鄂尔多斯地区在蒙古各部中，由于距离陕北延安较近，很早就受到中国共产党的影响，因此各旗的保安队等地方武装纷纷倒戈。1949年12月28日，绥远省伊盟人民自治政府成立。绥远省撤消后，伊盟划归内蒙古自治区。
2001年4月30日30日，伊克昭盟经国务院批准正式改名为鄂尔多斯市。
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