1894年，清光绪20年，由于甲午战争失败，北洋海军全军覆没，清政府割让辽东半岛这块“龙兴之地”，但终以“三国干涉还辽”的方式付出三千万两白银赎回。日本1895年3月先占领澎湖，迫使清廷签订马关条约将台湾和澎湖之主权割让给了当时积极向外扩展势力的日本帝国。
日本接收台湾前，台湾本地官员士绅如丘逢甲等人抗拒割让日本，于台北城成立“台湾民主国”年号永清，推举末代台湾巡抚唐景崧为总统，抵抗日本军队的接收，结果日军甫登陆唐景崧立刻逃至厦门市，6月26日刘永福于台南继任台湾民主国总统。全台防务由军务大臣李秉瑞指挥。之后3个月，民主国军和日军发生不少规模不小的血战，并造成14000名台湾兵战死，史称“乙未战争”，同时也是台湾史上最大的一场战争。
1895年6月17日日本首任台湾总督桦山资纪在辜显荣、李春生等“协力者”的襄助下，在台北城举行“始政式”，宣告日本殖民岁月的正式开启。
自从顺利登陆以后，没经历过激烈反抗的日军认为，台湾社会将像溃逃的唐景崧等人一样，很快会屈服于日军的枪口下，但没想到更多的台湾人选择了投身反抗。
乙未战争战事集中于台湾岛，日方投入包含近卫师团等正规军队的30000余名兵力，而台湾抵抗力量主要有台湾人民等自发性组成的抗日军；合计正规军约有33000余名，及民兵10万名。乙未战争是发生在台湾上，战斗地域最广、时间最长、参与人数最多、死伤严重、规模最大的一次战争，当时几乎是全民参与，其中尤以客家族群作战最慓悍善战。
然日军有备而来，武器装备优势差距过大，台湾反抗军终究不敌，自5月29日日军登陆澳底、6月14日转进台北、10月21日攻入台南到10月23日日军控制全台湾为止，战事持续总时间约5个月。许多台湾商人如台北城辜显荣，为保全自身财产，选择和日军合作，甚至帮日军开路做间谍清除台湾反抗力量。另一方面不少地方士绅如苗栗烈士吴汤兴，却选择和日军作殊死战。吴与同袍虽身死，却留下风骨永为后世景仰。
当北白川宫能久亲王率领日本近卫师团占领新竹与修复铁路时，没料到“台湾民主国”丘逢甲手下的将领吴汤兴，纠合了台湾镇总兵吴光亮、新竹北埔强豪姜绍祖与平镇胡嘉猷等人，发出豪言：“是吾等效命之秋也！众皆起！”还四处张贴写有“须知义之所在，誓不向夷，尚祈各庄各户，立率精壮子弟，须修枪炮戈矛，速来听点，约期剿辨倭奴”的告示，打算收复台北。一时间获得大量乡民响应，遂组织成剽悍劲旅，频频骚扰打击日军。
然而，义军尽管重挫了拥有火力优势的日军，但仍因协调不济与缺少枪弹而战败。姜绍祖更是在败退途中惨遭俘掳，最后在狱中吞下鸦片自杀，留下绝命诗一首以述壮烈成仁的慷慨：“边戍孤军自一支，九回肠断事可知。男儿应为国家计，岂敢偷生降敌夷。”
此后，各地义军仍然蜂起，包括熟悉地形又意志坚定的北部义军，不断出击疲于奔命的日军，包括护送粮船的樱井茂夫等三十五名士兵，以及坊城后章率领的八百四十九名士兵遭义军伏击等战斗，被台湾总督府视为少有的苦战。“腹背受敌，陷入死地。派往大队报信的四人，两人被打死，两人逃了回来”，最后仅有四人脱逃，三名返回兵站，另一名下落不明，其余日兵不是被杀就是自尽，是役为“隆恩埔战役大捷”。
至于坊城后章的部队，亦在抵达三角涌（今新北市三峡区）后，被苏力、苏俊等三角涌联甲局义军围困多日，逼得坊城后章令四名士兵剃发用黑布编成假辫子，扮成中国人的模样才得以逃出求援。此次会战，令日军蒙受两百余名士兵伤亡的惨重损失。
作为日军近卫师团师团长的北白川宫能久亲王，在乙未战争中殁于台岛。尽管他被日本宣布“病亡”、台南为其“终焉之地”，但义军认定他必是遭己方杀死，故新竹、彰化、嘉义、台南等地俱争相自认是击杀此人的功勛地，足以显露台民对日本殖民者的忿恨。
由于台湾人民的激烈反抗，日本每年为台湾倒贴许多钱，导致驻台总督乃木希典就产生了把台湾卖与法国的想法。
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