孔子生鲁昌平乡陬邑。其先宋人也，曰孔防叔。防叔生伯夏，伯夏生叔梁纥。纥与颜氏女野合而生孔子，祷于尼丘得孔子。鲁襄公二十二年而孔子生。生而首上圩顶，故因名曰丘云。字仲尼 ，姓孔氏。《史记孔子世家》
从司马迁的记述里我们可以知道，孔子名丘，是因为他的生理特征——头顶有凹处。字仲尼则是因为他排行老二，所以叫仲，因为是父母在尼丘祈祷后所生，所以叫尼。
需要注意的是，到西汉即使像司马迁这样的大家都已经混同姓氏了。“姓孔氏”这个表达并不是很准确，在先秦，姓和氏是两个不同的概念。孔子的氏为孔，但姓应为子。
姓和氏的区别如果用数学语言来说，就是氏真包含于姓。先秦时期，姓数量是比较少的，如姚、妫、姒、子、姬、姜、嬴、芈等，多有女字旁，遗留了母系社会的痕迹。后来因为同姓兄弟分家、封地等关系，氏越来越多。随着春秋宗法制度的逐渐瓦解崩溃，氏的重要性逐渐超过了姓，演化为男子称氏，女子称姓。
具体到孔子，他的先祖可追溯到商汤，商汤姓子，所以孔子也姓子。
至于孔子后面的子，则是当时人们对他的尊称，与姓没有关系。
