明朝的复兴形势本来一片大好，结果南明朝廷的内讧打破了这一切。顺治五年(1648年)，郑彩无缘无故击杀大学士熊汝霖，又逼迫郑遵谦投海而死。朱以海得知后大怒，用假装跳河的招数威胁郑彩，亏得左右侍臣和郑彩赶忙劝阻，最终杀了郑彩手下十余人才算了事。
朱以海不甘心成为郑彩的傀儡，于是任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟，不料，郑彩多次欺压钱肃乐，导致钱肃乐呕血而亡。郑彩排除异己的行为最终导致南明取得的大部分地区又被清军夺走。
顺治六年(1649年)正月，张名振攻取健跳所，朱以海遂到健跳所居住。张名振效仿诸葛亮的“隆中对”，建议朱以海先取舟山作为根据地，这样的话，朱以海和大臣们就不用一直住在船上了。同年9月，舟山群岛局势得到稳定，朱以海奋战数年，终于有了一个复兴基地。
在舟山站稳脚跟后，朱以海重新整顿朝纲，对各级官员都进行了合理的调配，并在军事上重新做了部署，预想等清军一旦势弱，就反攻大陆。此外，他还一度遣使前往日本寻求援助。
顺治八年(1651年)八月，清朝总督陈锦等率兵攻舟山。九月初二城陷，朱以海在张名振的陪同下，赴厦门依靠郑成功。郑成功原为隆武政权的坚决支持者，不满朱以海大敌当前还与隆武帝自相残杀，削弱了抗清的力量，但念朱以海是明朝宗室，还是以礼相待，安排他居住于金门。
顺治十八年(1661年)，朱由榔在云南遇害。张煌言上书朱以海继承大统，但由于郑成功与郑经的不支持，最后不了了之。郑成功死后，朱以海一度无人供奉。康熙元年(1662年)十一月十三日，朱以海在金门被活活饿死，结束了他坎坷的一生。
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