明清间因天主教而引起的风俗之变，进一步地引起了固守中国传统思想的各方人士的激烈反应。儒道佛三教都有人出来批评天主教。所有批评和攻击都说天主教是“邪教”，而自己是在行“辟邪”之举。
“辟邪”之举，盛于韩愈。《原道》大辟佛老，在宋明思想史上影响很大，它代表正统的中国儒家，确立了一种对待外来文化的基本态度。这种基本态度就是明拒暗受，表面上激烈攻击，而内部渐渐对话、融合。整个宋明时期的理学和心学，就是在和佛学、道家和禅学错综复杂的关系中发展出来的。有趣的是，明末清初，儒家和道教两家，联合已经在中国文化结构中稳定下来的佛教，三教共同地用这种基本态度来对付新来的外来文化--天主教。三教中，儒家倾向的攻击者态度最激烈，直接受耶稣会批评的佛道二教反而比正统儒家要宽容。
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朱谦之指出：“《天主实义》对付中国思想的方法，是分裂儒佛;儒佛对付天主教的方法，则联合起来，和他对抗。”我们看到在所有“辟邪”言论中，确有这样的现象。现存有《圣朝破邪集》八卷，版于崇祯十二年，今天流传的是日本安政乙卯翻刻本。本书在福建，由士绅黄贞收集明万历崇祯年间的反教文章编辑而成。这是近代中国士绅长期反对西方基督教的先声，是儒佛合璧，其中既有沈的《参远夷疏》，邹维琏的《辟邪管见录》，许大受《圣朝佐辟》，黄贞的《请颜壮其先生辟天主教书》，也有云栖和尚的《天说》，虞淳熙居士的《天主实义杀生篇》，释元贤的《缁素共证》，释圆悟的《辨天说》，释通容的《原道辟邪说》，释成勇的《辟天主教檄》，释如纯的《天主初辟》。当时人徐昌治在《〈圣朝破邪集〉序》中说：“闽诸君子，浙诸大夫……，佛与儒同一卫道之心。”
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云栖宏，即莲池大师，俗姓沈。浙江仁和人。十七岁为诸生。知佛后书座右铭：“生死事大”，与理学“饿死事小，失节事大”相映。嘉靖四十五年 (1566)入北京西山寺。五年后归浙。万历四十(1612)去世，年八十一。他主张“一心念佛”来了却世间万缘，“不出一心，万行具足”。在嚣嚣然，纷纷然的明末，云栖的参禅定心之论打动了很多追求人生真蒂的人们。在他周围的著名居士有：吏部尚书严讷、中书舍人严徵、湖广提学王志坚、编修黄辉、进士虞淳熙等。杨廷筠在入教前也游于这群人中。明清间，居士是佛学中坚，这群人的特点就是行走于儒佛之间。元贤(1578-1657)福建建阳人，字永觉，被称为明代禅学之殿军。万历六年生，为诸生时，嗜周程张朱之学，二十五岁时，在山中寺庙读《法华经》，忽觉周孔之外别有道，四十岁离家为僧。元贤有“儒释一致说”，认为“释迦”有入世一面，而“孔子”也有出世一面，二者正可调和一致，结为盟友：
人皆知释迦是出世底圣人，而不知正入世底圣人，不入世不能出世也。人皆知孔子是入世底圣人，而不知正出世底圣人，不出世不能入世也。
福建、浙江、江苏地区出现佛教和儒家合同对抗天主教的情况并不偶然。在耶稣会进入江南之前，江南许多士大夫在佛教中寻找人生意义。江南地区，思想异常活跃，禅学、心学和“天学”，以及“东林学”同时并存，既相互吸收，也就相互冲突。明末的社会，经济上富裕，政治却混乱。对知识分子来说，虽然比较地开放和自由，但人事纠纷不断，宦途艰险难测，价值观剧烈冲突。通观明末的佛学、禅学、心学，大多是从人的生存状态，从生命的真正意义来谈论人，关心人。比起当时政治化的儒学、“东林学”来，它们确实有更能够打动人的地方，否则难以出现李贽“狂禅”，风蘼东南的情景。
再看耶稣会的“天学”，他们是在“文艺复兴”后，带着西方天文地理历算等科学技术手段进入中国的。进入中国后，按他们变“西僧”为“西儒”的既定策略，接触的都是传统士大夫。在此过程中，来华耶稣会士主要发挥了从亚里士多德到阿奎那的理性的宗教精神，而不是从柏拉图到奥古斯丁的灵性的宗教精神。因此，在他们寻找和中国文化结合的时侯，自然比较看中重实证，讲理性的儒家，而不是“空谈性理”的禅学、心学。天佛间的对立就不可避免。
在明末思想界大分化、大建立的局势下，儒学在天主教神学面前也一分为二。以徐光启等“三柱石”为首的人，注重理性精神，学习科学技术，通过“天学” 所揭示的宇宙秩序，理解了天主教，成为儒学化的天主教徒。另一些像李贽、焦等倾向佛学的人，虽然曾与利玛窦有过交往，但终于因为耶稣会排斥佛学，没有积极参与明末热烈的人生、人性问题的讨论，所以许多儒家知识分子仍在王门后学“泰州学派”，在佛学中寻出路。这两路思潮，在南京、杭州、福州有面对面的交锋，《圣朝破邪集》就是这争论的实录。
中西学说不是天然对立的，而是各有千秋，相互补充的。偏于理性信仰的耶稣会神学完全可以像他们在欧洲那样，和偏于灵性信仰的其它神学流派共存。“天学”和儒学改革派合力批评佛学、道家。利玛窦《天主实义》联合了儒家，而戴震的《孟子字义疏证》暗中吸收了“西学”。这是中西双方改革派的观点。
沈和杨光先的态度，代表儒家保守派的观点，他们关心的核心问题是中国的“道统”和“心法”不能乱。沈的《参远夷疏》是近代“辟邪”的第一声，“本儒术以定纲纪”，它对儒家士大夫倾向于“天学”尤为痛心：“其说浸淫人心，即士君子亦有信向之者。”《圣朝破邪集》收晏文辉疏，卫道之心更明：“惟天地开辟以来，中国之教，自伏羲以迄周孔，传心有道，阐道有宗，天人之理，发明尽矣，无知容以异说参矣。……乃今又有倡为天主教，若北有庞迪我，南有王丰肃等，其名似附于儒，其说实异乎正。”儒家关心道统不能断。
天主教也重“道统”。它骄傲的是耶稣以后，教会的谱系没有断过。为与中国的“道统”相抗，他们说中国的先民是犹太民族的后裔。钦天监官员，中国教徒李祖白(?-1665)编《天学传概》，说：“中国之初人伏羲氏，实如德亚之苗裔，自西徂东，天学固其所怀来也。生长子孙，家传户习。……沿至唐虞，下迄三代，君臣告诫于朝，圣贤垂训于后，往往呼天称帝，以相警励。夫有所受，岂偶然哉?”“如德亚”，犹太人。说中国人是犹太人的后代。文艺复兴后的《圣经》考据学，和中国历来的经学研究，甚至是二十世纪的考古学、人类学、遗传学都无法证明“三王五帝”是犹太人的后代，但是耶稣士为了建立一个普世的人类世系，拿中国思想来说，就是“统”，他们必然这样做。我们说，人类在人种上应该是同源的，但人类思想和宗教的发生是相当后来的事情，而不是统一起源的。各民族历史上有不同的认识方法。怎样不放弃自己的“道统”而获得一种普世性，这是大问题。明末的中西“道统之争”，证明这问题的严重性。
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