在蒙古征服与哈利发国被摧毁之后的几个世纪里，中东伊斯兰教世界出现了三个主要的权力中心：伊朗、土耳其和埃及。伊朗由一脉相承的蒙古汗王统治，这些汗王原来崇拜偶像，后来改宗了伊斯兰教，不过，他们仍旧自认为蒙古人，并保持着蒙古传统中的重要文化元素。土耳其由信奉伊斯兰教的突厥亲王统治，一度默默承受蒙古人的宗主统治，深受蒙古时代的伊朗文化影响。埃及由“努奴兵”的苏丹们统治，这些苏丹大多是突厥人，他们成功地抵御了蒙古人的侵略，可是在许多方面，仍然屈从于这些当代世界宗主的影响势力。另外，在俄罗斯和中亚有两个位于中东边缘的蒙古汗国。他们对蒙古世界的政局有所影响，对中东政局亦然——尤其是在他们皈信伊斯兰教之后。
主要的权力中心首先是伊朗。旭烈兀在攻下巴格达城之后，就撤往西北，此后八十余年，旭烈兀及其后代便从该处统治伊朗地方与相邻诸国。伊朗地方的蒙古汗王称“伊尔汗”，意思是“封土藩王”，象征着他们臣属于蒙古地方的大汗，承认大汗的至尊地位，整体说来，伊朗地方在这些伊尔汗王的治理之下国泰民安，汗王尚未改宗伊斯兰教之前，曾让各教信徒享有同等的宽容和机会。伊尔汗王的主要对外行动，是向西扩张其占领地。他们在安纳托利亚地方亲王来归和取得一个占领区的发展。对付奴隶兵苏丹国的奋战更为重要。1259年，旭烈兀自大布里士城出师，军经亚美尼亚与美索不达米亚北部，转而南下叙利亚，攻下了阿勒颇城与大马士革城。可是，1260年9月，一支先行的蒙古军在巴勒斯坦一个叫作艾加鹿的地方——即歌利亚泉——遇到了一支埃及来的马穆鲁克军，相战之下一败涂地。统帅这支马穆鲁克军的，是一位钦察系的突厥人，名叫拜尔巴斯。这支埃及军立即恢复了整个叙利亚，此后，蒙古人几次入侵叙利亚，却总是被马穆鲁克王朝击退。
在这个时期，蒙古人和基督教欧洲之间，有一连串很有意思但是不得要领的外交通使。通使的目的，是策划一场让双方的共同伊斯兰教敌人两面作战的战事。不过，他们谈不出结果来，而如今做了埃及苏丹的拜尔巴斯，却在此际与别儿歌汗结成同盟，来抗衡计划中的上述同盟。别儿歌汗是蒙古在俄罗斯地方的后起汗国的汗王，此时已经独立并皈信伊斯兰教，其王国逐渐成为一个伊斯兰教邦国，国民主体是（钦察）突厥人，史称“金帐汗国”。
伊朗和埃及之间的冲突，继续了好几十年，即使是在合赞汗皈信伊斯兰教之后，情况仍旧一惯。最后双方于1323年言和。这时候，伊尔汗国与先前的王朝一样，也面临同样的纷扰因素，而在1336年伊尔汗王阿布·赛义德去世后，伊朗再度分裂成好几个由本土王朝治理的小邦国。这些邦国维持的时间并不长。蔑号跛子的帖木儿，也就是欧洲人所习知的铁木廉，已经自立为中亚这块蒙古封地的统治者。帖木儿成为河中地区与花剌子模的宗主之后，于1380年入侵伊朗，七年之内，占领全境。帖木儿两败金帐汗国的汗王，袭击印度，从本土王朝手中兼并伊拉克地区，蹂躏叙利亚，并向马穆鲁克王朝的苏丹收取贡赋，1394年和1400年，帖木儿入侵安纳托利亚，1402年，于“安卡拉之役”大败奥斯曼军，俘获奥斯曼国的苏丹巴耶塞德。1405年，帖木儿卒，当时他正在准备侵略中国。
跛子帖木儿出生在一个蒙古族的部落，该部落已经突厥化和伊斯兰化了。他的社会背景平平无奇，不过他娶了一位成吉思汗家的公主，因而联系上高门大族。他十分引以为傲地把这场联姻铭刻在他位于撒马尔罕城内的坟墓上。其所统领的，是蒙古人与突厥人合成的军队，前者为主力，后者为主体。帖木儿不同于前代的蒙古统治者，他是——或者据说是——一位虔诚的穆斯林。虽然征服战争造成的破坏性极为巨大，但仍有谨慎之处，对于伊斯兰教信仰的场所或是人员，都表示出适当的尊重。帖木儿的征服行动要比旭烈兀更具破坏性，并代表了阿尔泰民族入侵的最后一场震动。始自十世纪、并转化了中东地区的草原民族大规模移动，似乎在帖木儿卒后，走到了尾声。不过，部落渗透仍在继续，更重要的是，游牧民族已然渗入中东都市生活与都市文明的架构当中。
帖木儿是位大征服家，但绝非建立帝国之人。在他死后，其广大基业四分五裂。奥斯曼王朝与马穆鲁克王朝，在安纳托利亚和叙利亚地区恢复了影响力。两个土库曼的氏族，叫做“黑绵羊”与“白绵羊”的，在伊朗西部，美索不达米亚和安纳托利亚东部，成功地建立起主控势力。帖木儿的后人，只继续统治有伊朗东部和河中地区，其都城布哈拉、撒马尔罕，尤其是赫拉特，都是摧残文明的中心区。帖木儿王朝的时代，艺术、建筑、科技、波斯文学与东突厥语文成就辉煌。就后者而言，这是个伟大的古典时代，这个时期写成的作品，对于从君士坦丁堡以至于远东、印度这片土地上所有突厥民族的文化发展，有着长久影响。
至于使用阿拉伯语的国家，它们的重心，最终从伊拉克地区移往了埃及。伊拉克地区由于组织散漫、国力疲弱、又距离地中海太远，而在紧接着的那段时期来到中东的外敌与商贾，皆浮地中海而来，于是，伊拉克地区在十字军的时代，就被排除作为穆斯林势力的可能基地。另一个选择是埃及，这是另一条贸易路线，而这片只有一条河流经的灌溉谷地，本质上就需要单一的中央集权政府。于是埃及被当作规复战争的基地，终于把十字军赶出近东；埃及也马穆鲁克王朝提供资源，以驱逐伊尔汗王的军队，拯救了大半个阿拉伯世界，使之免受蒙古侵略。
萨拉丁所建立的阿尤布王朝，在十三世纪中叶渐渐失去控制力量，实际事权掌握在突厥系的马穆鲁克部曲手中。埃及的阿尤布苏丹国最末的一场危机，发生在1250年，当时法王路易九世正在进行十字军战争，而苏丹轰然崩逝。在这场危机之中，维持民心、军心稳定的，是驾崩苏丹的妃子沙伽杜拉的临危不乱。她秘不发丧，继续用苏丹的名义发布指示，知道苏丹的儿子土兰沙从美索不达米亚赶到为止。土兰沙很快就包围了十字军，击溃之、俘虏之，路易王只得交出所占领的一切，并且付了大笔赎金，才与部分亲随全身而退。这时，拜尔巴斯率领的马穆鲁克军则转而对付土兰沙，将他们杀害。这些马穆鲁克部曲仍然想在表面上维持阿尤布朗的政统，于是宣布立沙伽杜拉为苏丹。这个动作并不能安抚身在叙利亚的阿尤布系亲王们，让他们接受本族在埃及的王朝为人颠覆，于是，这位新立的女性“苏丹”，很快就面对要她下台的亲王联盟，就连身在巴格达的哈里发，也对女性登基表示异议。哈里发本来没有直接卷入事端，然而新立的女主，却原是其后宫佳丽，后来赠与埃及苏丹者。他于是支持叙利亚地区的阿尤布系亲王，并且下令在埃及的=马穆鲁克部曲另选苏丹。一位埃及史学家记载，哈里发致信马穆鲁克部曲，说：“要是你们当中已经没有个男子汉可以任命的话，告诉我们，我们会派一位过去给你们。”
最后一位阿尤布系苏丹卒后扰乱一时，马穆鲁克部曲的统率拜尔巴斯乘着战胜蒙古人的余威，于1260年自立为苏丹。他像萨拉丁一样，把信奉伊斯兰教的埃及和信奉伊斯兰教的叙利亚，统合成单一邦国，这一次的统合较为长久。拜尔巴斯保卫国土，打败来自东西两方的外敌，并且开始经营一个崭新的社会秩序。萨拉丁正式承认巴格达阿布斯系哈里发的宗主地位，以此象征埃及回归到逊尼派。拜尔巴斯则把哈利发国带到开罗来——有一位阿布斯家族的难民从蒙古人占据的巴格达城逃出，拜尔巴斯好意相迎，并且立他为一系列影子哈利发的首位哈利发。这个影子在哈利发王朝只引发了很有限的反响。这些所谓的开罗哈利发，完全无权无助，事实上不过比受朝廷津贴的人物高明一点，工作纯属典型性质，在新苏丹登基大典上进行仪式罢了。这个哈利发王朝在1517年结束，当时奥斯曼土耳其人占领了埃及，他们无声无息地任由它湮没无闻。
拜尔巴斯及其嗣君的马穆鲁克王朝体制，是半封建式的，改造自塞尔柱体制，而后者是阿尤布王朝带进叙利亚与埃及地区的。这个体制也深受蒙古范例的影响。蒙古人的声望，即使是在这个伊斯兰教抵抗的大本营里都高涨不下，马穆鲁克王朝曾经一度模仿蒙古人的武器与武术，甚至于蒙古人的衣着和应对礼节。
马穆鲁克王朝的官员，会受拨一块及身的土地，受拨的时间，有时候还要短。他通常不住在田庄里面，而是住在开罗或是其封地所属的行政区域的首府。他比较在乎土地收入，而不在乎土地所有权。因此，这个制度并没有发展出西方封建形式的乡间别院、庄园或是强势土豪。在此并没有“再分封”现象，而把埃及土地划分为封邑也不是长久不变的，领地将定期地彻底重新组编。
马穆鲁克部曲，原先是买来的奴隶，在埃及接受训练与教育。最初，他们大多是来自黑海北岸的钦察系突厥人；后来，马穆鲁克也包括了蒙古族的沙漠居民以及其他种族人士。不过，领导阶层使用的语言，一直是突厥语或是切尔卡斯语。许多马穆鲁克甚至于一些苏丹们，实在说不上一两句阿拉伯语。拜尔巴斯及其嗣君所经营的马穆鲁克邦国，植基于一个极为精密的二元行政体系，民政与军政分离，两者皆由马穆鲁克官员掌控，手下别有文职事务人员。至于苏丹继立的方式，直到1383年，他们大致上遵循的是世袭继承。之后，在第二个马穆鲁克苏丹国，或称“切尔卡斯马穆鲁克苏丹国”的时代，王朝仍由势力最盛的统领掌握。苏丹一旦去世，其子便作为过渡时期在名义上的元首，而真正的继承人选，便在这时决定。
对欧贸易、特别是欧洲与远东经近东地区所进行的贸易，这些贸易本身以及从中抽得的商税，对于埃及来说，都是攸关紧要的。国势鼎盛之时，马穆鲁克政府保护之、鼓励之，使埃及稍微繁荣昌盛。然而拜尔巴斯虽然抵挡过蒙古势力的威胁，但真正的灾祸还是躲不过。1400年到1401年，帖木儿手下的突厥蒙古混合武力侵扰叙利亚地区，抄掠大马士革城。蒙古人离去后，马穆鲁克苏丹国又受到疾疫、蝗灾和不受羁束的贝都因部落下手劫掠，经济与军事力量都遭到打击，再也没能恢复昔日盛况。
在十五世纪之时，经济和财政方面的困窘，导致新的财政政策产生，其目的在尽其所能自转口贸易榨取金钱。所采取的方法，是垄断主要的本地或转口物产。垄断造成价位提高，这引发了欧洲方面的回应，这个回应对于埃及的经济生活，有非常深远的影响。
安纳托利亚的中部和东部，在康雅城的塞尔柱系苏丹经营之下，逐渐转化成为伊斯兰教邦国，成为近东、中东伊斯兰教文明不可或缺的一部分。此国或称罗姆。边境居民与部落民众占领此地并在此地殖民，他们政治上的独立自主，由于中央集权的塞尔柱君主政体不断茁长而受到了抑；他们的信仰，也遭到神学家的审查和控制。伊斯兰教官僚与识字人士、法学专家与神职人员、行商坐贾与巧手匠人，纷纷移入这块新近开发的领土，带来古老、高级、都市性的古典伊斯兰教文明，将伊斯兰教生活与伊斯兰教政权的传统模式，烙印在这片土地之上。
蒙古人入侵所造成的震撼，震得塞尔柱邦国七零八落，无由修复。塞尔柱邦国勉强气若游丝地挨上了半个世纪左右，便于14世纪之初完全消失。执政中央的威权瓦解，加上那些在蒙古人来到之前奔逃四散的突厥游牧移民，这时一波接一波地入寇安纳托利亚，于是，边境上战火重燃。在十三世纪末到十四世纪的安纳托利亚西部地区，主导宗教事务的是“苦行修士”，而在军旅与政治生涯方面，则是边疆交战线上的战士。新一波的扩张行动，针对拜占庭帝国而来，此举将突厥人与穆斯林的统辖范围，伸展到整个西安纳托利亚。
在分享这些新征服低的公国当中，有一个公国茁壮成巨大、强盛的帝国，这个邦国的朝名，来自其名祖奥斯曼，按照传统的说法，奥斯曼之建功立业，乃在十四世纪的头二十五年。这个王朝及治下帝国通行于世的名称“奥斯曼”，即为纪念奥斯曼的功勋。奥斯曼公国位于极西，地处拜占庭庇昔尼亚的边境、君士坦丁堡防守线的边缘，因地利之便机会众多，工作繁重，由此吸引了各方的支持。奥斯曼及其嗣君，不断向拜占庭人进行边境战事。1326年，他们取得布鲁沙城，这里后来成为这个成长一日千里的邦国首都。1354年，奥斯曼军度过达达尼尔海峡进入欧洲，几年之内就占领了加里波里半岛，然后是亚得里亚堡——这里成为奥斯曼人在欧洲的主要基地，一直是如此，将近一个世纪。奥斯曼人对塞尔维亚人和保加利亚人数战皆捷，大半个巴尔干半岛遂归奥斯曼公国管辖，也使半岛的其他部分归附奥斯曼王朝。其中，最著名的战事，有“马里萨会战”与“科索沃会战”。继此之后，奥斯曼人在马其顿地区、保加利亚与塞尔维亚的战事，更是速战速赢。而在每一场欧洲征服战役之前，奥斯曼人都会在安纳托利亚地区先进行一次扩张——其中有两次用的是和平手段——以巩固奥斯曼势力的根本基地。
奥斯曼人出现在欧洲舞台，并不是以军事角色登场。他们才刚巩固了势力，正在和商业对头打仗的热那亚人，就前来提出经援，请求奥斯曼人的军援。当时的拜占庭史家康塔可塞诺说：“热那亚人允诺以巨额款项，并称如此义行将永远铭记在热那亚元老院与热那亚人民的心坎上。”1352年，第一道奥斯曼人与热那亚人的商业协定排板底定，再度确定了欧洲历史与中东历史的一个基本主题。
第四任奥斯曼主君巴耶塞德一世，继承了地跨欧亚大陆的广大领地。他的志向远大，想要给自己的国家换个新形象。于是他转向东方，一个接一个地打下了突厥诸侯国，将整个安纳托利亚地方收入辖区。奥斯曼主政者打从一开始，便使用“苏丹”这个名号，巴耶塞德则把这个名号精确化，其做法是要求开罗的“哈利发”承认“罗姆的苏丹”。巴耶塞德恢复使用安纳托利亚地区塞尔柱苏丹们的老名号，隐含了继承安纳托利亚地区昔日伊斯兰教君主政体的意思，甚至还包括了对中东地区伊斯兰教帝国的继承身份。1396年，奥斯曼军在尼科波利斯大胜前往解救巴尔干人的西欧武士，这益激发起了巴耶塞德的雄心。可是，他遇上了——或许是惹恼了——一位比自己还要伟大的征服者。1402年，巴耶塞德在安卡拉一场决定性会战中败给帖木儿，被俘自杀。奥斯曼帝国的领地于是缩小到他原先继承的面积，又在诸子内战中朝不保夕，接下来，还有一场由“苦行修士”启迪、领导的凶险叛乱，这场叛乱可能是由于社会问题造成的。直到1413年，麦何密一世才战胜了其兄弟们，往后的几年，麦何密及其嗣君又得面对起自各个角落的乱事。
职是之故，麦何密在位期间所关心的，主要是恢复奥斯曼邦国并巩固之，至其子穆拉德二世之世，更大更重要的变迁才开始进行。穆拉德二世再度扩张领土，在欧洲打击希腊人、塞尔维亚人、匈牙利人与十字军，战国辉煌。在安纳托利亚亦然，巴耶塞德原先占有的地方，大多归附了。在此之后，是一段太平与稳健守成的时期。奥斯曼诸位苏丹在这期间，开始实施真正的伊斯兰教朝廷，并且将掖诗人、作家与穆斯林学者。值得特别注意的，是本期作品中出现了突厥人的民族意识。穆拉德很鼓励这个，甚至还赋诗助倡。在穆拉德的时代，人们研究乌古斯突厥的历史与传说，并且把这些历史与传说，融入历史传统之中，故事于是首次发展成把奥斯曼王室与突厥部落的传统和传奇联结起来，而奥斯曼王室的世系，则上溯到乌古斯汗。这些宫廷与王室的新点子，由新出现的一群忠贞不移的文臣武将作为核心加以维护，他们越来越警醒到这个伊斯兰教王朝的原则并全心投入，尽忠于奥斯曼王室。
对这些核心支持者之助益不可言喻，是开始于十四世纪末，自1430年以后定为常制的“童子充军”做法，此制乃自基督教人口征集男童，加入奥斯曼王朝的军事服务或是政府工作。
基督教人们的精力与边境战士的斗志，通过这种方式，与为奥斯曼王朝奉职双双想扣起来，而这也为迫切的政、军联结问题，找到个解决的办法——仍旧为边境传统所主导的军队，和沿着正统伊斯兰教模式发展的政府，和谐地合作者。这个正统的伊斯兰教模式，一路受到塞尔柱时期及其后的政治变迁与宗教变迁所调整。
伊斯兰教的宗教体制，在奥斯曼帝国体制当中臻于成熟，完全统合入逊尼系统的政权。伊斯兰教如今有了一个实际的体制架构作为代表：它有一个受过专业与学院训练党的神职人员所组成的教阶制度，有领土司法权利，以及明确定义的职能与权力，处于一个至高的宗教权威的领导之下，而人民视这个宗教权威为“圣律”的最高表现。可能只有奥斯曼王朝做出最认真的努力，想在一个物质文明高度发展的伊斯兰教国家里，把伊斯兰教的“圣律”建立为当地的有效法律。他们赋予圣律法官前所未闻的地位、威望与权力。
1451年，穆拉德卒，其子麦何密二世继立。这位新立的苏丹，继承了一个仍旧是分作两半的帝国。安纳托利亚目前已经是伊斯兰教固有的土地了，此地已经为中东伊斯兰教的文明所吸收，也因此而转型。罗美利亚——即欧洲诸省——才占领不久，仍然是个边疆地带，深受边界人士的理念与习惯，以及“苦行修士”经过折中而又神秘的信仰所影响。两者之间，也就是旧都布鲁沙和新都亚得里亚堡之间，的确需要个新的联结。1453年5月29日，也就是苏丹登基两年、围城七周之后，新军队君士坦丁堡行将破败的城墙，进行最后的猛攻。末代的君士坦丁堡皇帝与己军并肩激战身亡，圣索菲亚大教堂的圆顶上升起了新月，苏丹于是进驻这座帝都。
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