话说孙权曾经在早些时候就亲自劝诫吕蒙和蒋钦作为大将应该多读些书，增长自己的阅历和见识，从而使自己获得提高和成长。吕蒙和蒋钦听从了孙权的规劝，回去经过长年的积累，饱读兵法书籍从而获得了巨大的成长，乃至于当鲁肃前往接任周瑜的大都督之职，途径吕蒙大营拜会时，不禁感叹吕蒙不再是当年的吴下阿蒙了，并留下了“士别三日，当刮目相看”的千古佳话。
当时在吕蒙驻军所在地，还有三位江东将领驻军离吕蒙很近，他们分别是成当、宋定和徐顾。然而这三人不久就相继离世，在那个战乱纷争的年代，做统军将领的，马革裹尸战死沙场可以说是再正常不过的了。然而，这三位将领离世时，家中的孩子还都年纪太小，无法接任他们的工作，于是孙权就发布命令给吕蒙，准备就近把这三人的部队划归给吕蒙。
这其实是再正常合理不过的事了，然而吕蒙却提出了异议，并坚决推辞。吕蒙上书对孙权说：“这三位将领都在自己的职位上尽职尽责，忠于国家，子弟虽然年纪小，但不能废黜。而且他们都是为国捐躯的忠臣，如今他们战死沙场，主公将他们的部队收回并划归给我，这虽然合乎道理，然而却难免让他们的家人感到伤感和寒心。而且其他将领看到您这么处置此事，以后战场作战恐怕会有所顾虑，有伤众将士的热情和尽忠之心。这恐怕不是最好的处理方法，还请保留他们的部队编制给他们的子弟，而我可以代为管理，如此才可以让众将士心无旁骛的为主公和国家尽忠效力。”
孙权接到吕蒙的上书没有置可否，于是吕蒙反复三次就此事向孙权上书，于是孙权感慨万分的同意了吕蒙的意见，恢复三将的部队编制，并归还给三将的后人。吕蒙又为三将的子弟聘请老师，精心辅导，他为国家的思虑之心便是如此。由此也不难看出吕蒙胸怀的宽广和格局的远大已经超过孙权，作为以后继任大都督之职的候选人，可以说是当之无愧。
当时曹操派庐江人谢奇前往蕲春担任典农（负责务农屯田的武官），率曹军驻扎在皖城的田乡，指挥部队屯田，屯田的同时竟然还屡次分兵侵扰江东边境。于是吕蒙派人前往劝降，谢奇不从。因此吕蒙就寻找机会，抓住谢奇的一次破绽发动袭击，谢奇战败退缩，他的部下们则扶老携幼，纷纷投降。
建安十八年（213年）正月，曹操亲率十万大军南下进攻孙权，进至濡须口（今安徽无为东南），攻破孙权军的江西营寨，俘虏了将领公孙阳。于是吕蒙跟随孙权统领七万部众来对抗防御曹操。经过多年学习和战场经验的磨练，吕蒙可以说是越来越上道了，对于兵法的应用越来越纯熟，此次对曹作战期间，吕蒙敏锐的观察敌军的布阵和策略，有所针对的多次献奇计，并且均有效验。
作战期间，吕蒙劝孙权在夹水口建造船坞，从而方便御敌，孙权询问众将的意见，众将都不以为然，说道：“上岸作战，然后洗脚登船，建船坞做什么？”吕蒙回答说：“兵有利钝，战无百胜。我们难免和敌人发生遭遇战，一旦不利，被敌人的步骑追赶，涉水都来不及，更何况登船呢？那时该当如何应对？”众将语塞，不能回答，于是孙权采纳了吕蒙建造船坞的建议。
此次作战，江东军虽然是由孙权亲自统军，但是排兵布阵，对敌作战，都于是由吕蒙全权负责，吕蒙的布局相当精准细密。面对吕蒙的部署，曹操遥望孙权的军队，只见阵容威严，布防严密，慨叹地说：“生子当如孙仲谋，刘表的儿子不过是豚犬而已啊。”于是不敢轻易冒进。
适值长江春汛将至，孙权写信给曹操，说：“春季的汛期马上就来了，我劝你还是撤军回吧。”同时还附上另外的纸条说“足下不死，孤不得安。”曹操收到后哈哈大笑，对众将说：“孙权不欺孤。”然后主动撤军而回。
转过年来，到了第二年，建安十九年（214年），曹操为充实军粮，派庐江（治今安徽六安北）太守朱光再次到皖城（今安徽潜山）地区屯兵耕地，种植稻谷。又派间谍招降鄱阳一带的强盗头目，作为内应。
面对曹操此举，吕蒙认为“皖县田地肥沃，如果粮食丰收，他们的兵员就会增加，如果放任曹军如此，一连积累几年，曹军的优势就显现出来了，应该早点拿下皖县。”孙权十分赞同他的意见，开始关注适当的时机夺取皖城。
这年五月，天降大雨，使得江河水位上涨很多；孙权借此天时率军由水路乘船沿江而上，进攻皖城。太守朱光急忙收拢聚集部众退入城内，据城坚守。孙权向部下诸将问计，征询大家有什么好办法攻城。诸将都说需要修筑土山与曹军对峙，并就地制造和添置攻城器具用来攻城。然而吕蒙却说：“制造攻城器具和堆积土山，都需要多日才能完工。到那时，敌人城防已经巩固，援兵必定也已经到来，战机已逝，我们将不能夺得皖城。况且这次我军是乘雨多水大才能顺利乘船而来，如果旷日久留，大水必将渐渐退走，我们回兵的道路也会遇到困难，我以为那才是最危险的。因此，此次要有所斩获，必须要力求速战。”
说到这里，吕蒙转过身目光坚定地打量和注视着众将，并继续说道：“现在看来，此城并不是十分坚固，而我军的士气正非常高昂，应该趁此时机四面围城并同时发起进攻，很快就可攻克，然后趁大水未退而回军，这才是大获全胜的策略。”
孙权听后点点头说：“吕将军所言极是”。吕蒙见孙权采纳了自己的策略，进一步建议说：“甘宁将军作战威武勇猛，可为升城督（就是攻城的主力部队的先锋官）。”于是孙权任命甘宁为此战的攻城先锋，率领精锐士卒，从拂晓开始发起猛攻。
吕蒙先是亲自擂起战鼓为甘宁助威，甘宁、凌统和周泰那都是江东阵营当中类似五虎上将的猛将，在吕蒙的鼓舞下，甘宁是身先士卒，一路砍杀，江东士卒倍受鼓舞，士气大振。先锋队在吕蒙的鼓舞和甘宁的带动下一鼓作气登上了城头。紧接着吕蒙也率领着精锐大军登城，仅仅用了一顿饭的时间，就将皖城攻破，擒获太守朱光，俘虏数万人。驻守合肥的曹军大将张辽得知皖城告急，急忙率兵前往驰援，但是行军到达夹石（今安徽桐城以北）的时候，前方就传来战报，皖城已失，无奈之下，只好退兵。
此战，对孙权控制江淮地域起着重要的作用。战后论功，孙权认为此战吕蒙功劳最大，重加奖赏，将他任命为庐江太守。所俘获的人马也都分给了吕蒙，还特赐他寻阳屯田六百户，官属三十人。
随后，吕蒙返回寻阳。不久，庐陵有贼寇作乱，诸将屡次征剿虽然都有所斩获，但是都没能抓获贼寇的首领，因而始终无法彻底平定。孙权说：“鸷鸟累百，不如一鹗。（猛将再多不如一帅的意思）”于是下令让吕蒙前往征讨。吕蒙率兵到达庐陵，很快就擒杀了首恶，然后将其余下的部众全部释放，不再追究，让他们恢复了平民的身份。
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