PASS 1：
一天毛利小五郎脖子酸痛去看医生医生看了毛利小五郎的脖子后发现有很多个针孔，令人触目惊心，这让一向糊涂的毛利小五郎也开始警觉起来，开始调查此事，后来医生发现这是麻醉针孔，询问了毛利小五郎之后表示这种麻醉针比较罕见，可能来自黑市交易的商品。
毛利小五郎回到家后开始思考每次办案的时候总是莫名的睡意，于是他作为侦探的身份调取了某个案发现场的视频发现竟然是柯南这小子，毛利小五郎开始思考为什么柯南出现的地方总是发生命案，毛利小五郎有一种不好的预感。
柯南无奈把自己所经历的都说出来了，手表是阿笠博士做的，于是警方就去传讯阿笠博士，结果阿笠博士竟然不见了…
PASS 4：
蓝衣男子并不相信柯南说的，于是到了阿笠博士的工作室，在阿笠博士的肖像后面发现了一个秘密地下室，进去里面惊人的发现了黑衣组织的标志，然后看到了柯南和灰原哀的画像，上面写了四个字，“黑衣计划”。
原来长得像工藤新一的蓝衣男子就是工藤新一，工藤新一被喂了药后昏迷了，但是没有变成柯南，而柯南只是一个阿笠博士研究出的人工智能机器，只是黑衣组织把工藤新一的记忆植入了柯南这个人工智能机器里面。
柯南有两种模式，一种是工藤人格模式，一种是杀人利器模式，也就是说，绝大多数的案件都说柯南自己给自己设套，先启用杀人机器模式杀人，再启用工藤人格模式，自己误导自己，向设置好的方向破案。而阿笠博士就是幕后删减柯南不必要的回忆，以及维修维护的幕后黑手，也是黑衣组织的成员。而工藤新一一直被黑衣组织囚禁，而被怪盗基德救出，（怪盗基德的爸爸和工藤新一的爸爸是朋友）随后一直在调查黑衣组织。
