1643年八月初九日，皇太极和往常一样来到崇祯政殿，处理国政，身体并无出现异样和不适。聚精会神的批阅各地的奏章，然而当日亥时许，毫无征兆的死神降临带走了皇太极，就这样遗憾的走了，关于皇太极的死亡后世有不同的猜测，官方史书记载不一，民间也有很多传言。皇太极到底是死亡的原因是什么呢？
据《清帝外记》记载崇德八年八月，上御崇政殿，回宫，是夜无疾坐南榻而崩。《清史稿》：庚午，上御崇祯殿。是夕，亥时，无疾崩。而《清实录》也是类似记载，八月庚午，是夜亥刻，上无疾，端坐而崩。而《沈馆录》记载的是本月初九日夜半死，皇帝暴死。皇太极当时是五十有二，自然死去似乎太早了点。而官方史书上记载含含糊糊，也不知其因。
在民间也传说是被多尔衮和庄妃合谋将皇太极给毒死的。这也只是传说，也没有什么根据可言，官方史书咬定是无疾而终，显然也是有点可疑，皇太极的死因是怎么样的呢？很大的可能是死于心血管病。
在《清史稿》记载，上仪表奇伟，聪睿绝伦，颜若渥丹寒而不慓。文章写出皇太极的身体肥胖而胖的人容易患上心血管这类的疾病。
在1640年的开始，在清朝的官方密档中多次记载到圣躬违和与圣躬不豫的事迹。可以看出来皇太极的身体并非健康，而且经常复发。
1640年皇太极进攻锦州，攻城不久后就病了，御医建议皇太极去安山的温泉疗养。于是《清史稿》中就有了崇德五年七月，山西南山温泉。第二年的八月，皇太极率军围困锦州已经一年时间，明朝为挽救辽东的危局，皇太极得知有援兵已到，于是就调集各路人马，亲自前外前线坐镇。在大军开拔之际，他患上了鼻出血，血流不止，史记上记载：上行急，鼻衄不止，承以碗。八月十四，前线吃紧，但是皇太极病未好，决定抱病出征，在松山大败明军。
战事刚刚缓和，又传来爱妃的病危，皇太极进入爱妃关雎宫时，已经去了。多情的皇太极悲恸欲绝，寝食俱废，乃至昏死过去。，数月之后，还是在悲痛中不能自拔。皇太极接受了大臣们的建议，出去狩猎以排解心中忧伤，不巧的是回宫正好路过他爱妃的坟墓，略微释怀的悲痛，在这件事又一次陷入进去。皇太极爱妃的去世，极大摧残了他身心，之后身体也常常出现问题，还独自感伤说：山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也，这似乎知道自己的身体状态快不行了。
1642年，皇太极的旧病复发，而且更加的严重，《清史稿》中提到，圣躬违和，肆大赦。凡重辟及械系人犯，俱令集大清门前，悉予宽释。严重到采用了大赦的方法来祈求上苍的眷佑。还接受张存仁的建议，可让六部诸大臣处理一些日常事务，以减轻政事活动，得以静心休养。
1643年开始病情越来越频繁，在正月初一节日这天，因为病情缘故，而免去了群臣新春朝贺礼，并在农历的三月十七，宣布大赦天下，死罪以下皆赦之。农历四月初一还连续的去各地寺庙祷告。后来的一段时间里面病情得到了相对的稳定。可能是因为这样才有了无疾而终的记载。
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