公元324年七月，东晋平定了王敦的叛乱，王敦自己先已病死，他的党羽也都灭绝了。司徒王导等人都因为讨伐王敦有功而受到封赏。王导被封为始兴郡公，得到食邑三千户，晋明帝还赐他绢布九千匹；丹阳尹温峤被封为建宁县公，尚书卞壸建兴县公，中书监庾亮永昌县公，北中郎将刘遐泉陵县公，奋武将军苏峻邵陵县公，食邑各一千八百户，绢布各五千四百匹；尚书令郗鉴封高平县侯，护军将军应詹观阳县侯，食邑各一千六百户，绢布各四千八百匹；建威将军赵胤封湘南县侯，右将军卞敦益阳县侯，食邑各一千六百户，绢布各三千二百匹。其余封赏各有差别。
周抚和邓岳战败后都逃走了。周光打算资助他兄长逃亡，但却想捉拿邓岳。周抚非常生气地说：“我和伯山一道逃亡，你干吗不先杀了我！”刚好邓岳的船来了，周抚出门远远地向他喊道：“你自己赶快先走吧！现在连骨肉都还要相害，何况他人！”邓岳急忙调转船头逃走，周抚后来也跟他一道逃到西阳的蛮人那里。蛮人酋长向蚕接纳了他们。当初邓岳任西阳太守时，曾经打算讨伐各个蛮人部落，所以蛮人都很怨恨他，劝向蚕杀了他。向蚕不肯，说：“邓府君因为困难而来归附于我，我怎么忍心杀他！”因此他俩都得免一死。第二年，晋明帝下诏原宥王敦的党羽，周抚和邓岳这才出来自首，免了死罪，但受到一段时期的禁锢。
十二月，晋明帝以大祥的礼仪拜谒建平陵。这月，沈充原来的部将顾飏在武康起兵，攻打烧毁城邑，但很快就被州县的官兵打败杀死了。
公元325年二月，朝廷追赠已故谯王司马承、甘卓、戴渊、周顗、虞望、郭璞、王澄等人。周札的故吏也为周札鸣冤，尚书卞壸认为：“周札负责镇守石头城，却开门延寇，不应当赠谥。”司徒王导则认为：“当时王敦的奸逆尚未显露，即使像臣等这样有见识的人，也都没有醒悟过来，和周札没有什么两样。等到了解了他的奸险之后，周札便以身殉国，还被夷灭了宗族。臣认为他应当得到和周顗戴渊一样的待遇。”郗鉴则认为：“周戴死节，周札延寇，这两件事截然不同，却得到同样的赏赐，这怎能使人信服！如果都像司徒所说的那样，往年有见识的人都和周札没什么不同，那么谯王、周顗、戴渊则都应当受到责备，还有什么好赠谥的！如今这三位大臣既然得到褒奖，那么很明显周札应当受到贬黜。”王导说：“周札和谯王、周顗、戴渊，虽然他们的看法有不同的地方，但都尽到了人臣的气节。”郗鉴说：“王敦为逆的阴谋已经酝酿了很久，正因为周札的开门，导致王师败绩。如果王敦最早的起兵算是义举，那么他就是齐桓公和晋文公了，而先帝也就是周幽王周厉王了！”然而晋明帝最终还是采用了王导的建议，追赠周札为卫尉。
同时，东晋了恢复灭三族的刑法，但妇人除外。三月，晋明帝立皇子司马衍为皇太子，大赦，增加文武官位二等，连续赐给大臣酒席三天，还资助鳏夫寡妇孤儿独老棉帛，每人二匹。又征用处士临海人任旭和会稽人虞喜为博士。夏四月，晋明帝下诏说：“大事初定，一切都从新开始。现命令太宰和司徒以下，前往朝堂参议政事，各项现成和待改的规章制度，都务必认真讨论。”又下诏说：“朕欣赏直言，重视明亮正直的大臣，我想你们大家都理解我的情怀。《尚书》说‘予违汝弼’，朕有过失你们就纠正，这正是尧舜看待君臣的关系。朕虽然未必强势明察，但也许还不至于忠言逆耳。你们正担任着稷和契（尧舜时的忠臣）那样的职位，希望大家共勉吧。”但世事并不顺利，天灾人祸不断。三月，京师又下暴雨又下冰雹。石勒的部将石良入侵兗州，刺史檀赟力战而死。司州刺史李矩等人也溃败逃亡，石勒于是占领了司、兗、豫三州的地盘。
五月，东晋任命陶侃为征西大将军，负责荆、湘、雍、梁四州的军事兼荆州刺史，荆州人士都弹冠相庆。陶侃秉性聪敏恭勤，整天盘膝危坐，军事和行政的大事，他认真处置毫无遗漏，很少有闲暇的时候。陶侃经常跟人说：“大禹这样的圣人还爱惜每寸光阴；至于我们大家，也应当爱惜每分光阴，怎么可以游手好闲，酗酒误事！活着无益于当世，死了无闻于后代，那是自暴自弃！”他的参佐中如果有人光游玩而不做事，陶侃总是让人把他们的酒具和用来赌博的东西，全都扔到江里去，是将吏的则加以鞭笞，说：“樗蒲（当时流行的一种赌博）这东西，是那些养猪的奴才们玩的！老庄那一套都是浮华的东西，不是先王的法则，没有实用意义。君子应当有做人的威仪，怎么能蓬头垢面，打着赤脚，然后自以为这就是洒脱宏达！”有给他送东西的，陶侃一定要问东西的由来，如果是自力更生的，东西虽然微小，他也很高兴，多加安慰，并赏赐他们成倍的东西；如果来路不正，陶侃则严厉斥责，归还这些东西。陶侃曾经出游，看见有人手里拿着一把还没成熟的稻穗，陶侃问他：“拿这干什么？”那人说：“路上看到的，随便拿来好玩而已。”陶侃大怒道：“你不但自己不耕作，还无端浪费人家的稻谷！”便将他加以鞭打。所以百姓勤于农作，丰衣足食。陶侃曾经让人造船，制造过程中的木屑竹头，陶侃都叫人收拾储藏起来，大家都不知道他要干什么。后来州府开会，那时积雪刚化，听事厅前面剩下的雪还湿，陶侃便让人将木屑铺在地上。后来桓温伐蜀时，又用陶侃所贮藏的竹头装作士兵放在船上，派上了很大用场。陶侃办事的精心入微，就是这样。
晋明帝任命王舒为安南将军，负责广州的军事兼广州刺史。但在六月，朝廷又改任王舒为湘州刺史，负责湘州的军事，调湘州刺史刘顗为平越中郎将负责广州的军事，兼广州刺史。这年大旱，从正月开始一直不下雨，直到这个月。
七月，朝廷任命尚书令郗鉴为车骑将军，负责徐、兖、青三州的军事兼兖州刺史，出镇广陵；又任命领军将军卞壸为尚书令。晋明帝下诏说：“郊祀天地是帝王必须做的重要事情。自中兴以来，我们只有南郊，没有北郊，四时五郊的祭祀礼仪都不再有了。记载在祭祀典章应当根据顺序祭祀的五岳四水和名山大川，都没有前去祭拜过。主持这项事务的大臣们请依照旧典详细协商决定。”八月，晋明帝又下诏说：“当年周武王灭殷后，前往封拜比干的墓；汉高祖经过赵地时，录用乐毅的后裔。追记显扬以往的贤人，是为了鼓励将来。东吴时期将相名贤的后胄中，如有能够纂修家训，忠孝仁义，克己守真，但尚未闻名于世的，州郡的中正应当及时将他们的名字上报，不要有所遗漏。”
闰七月，晋明帝任命尚书左仆射荀崧为光禄大夫，负责尚书事务；任命尚书邓攸为尚书左仆射。
右卫将军虞胤是晋元帝皇后的弟弟，与左卫将军南顿王司马宗都是晋明帝亲信的大臣。他们负责禁兵，在殿内当值，多方搜罗勇士作为自己的羽翼。王导和庾亮都很担心，经常向晋明帝进言，然而晋明帝对待他们反而更加优厚，宫门的总管钥匙都交给他们保管。晋明帝重病时，庾亮一天夜里有份表章要上奏，向司马宗要钥匙。司马宗不但不给，还叱责庾亮的使者道：“你以为这是你自己的家门吗？想来就来？”庾亮于是更加怨恨他们。比及晋明帝重病不起，不想见人，大臣们都无法进宫。庾亮怀疑司马宗和虞胤以及司马宗的兄长西阳王司马羕有异常的阴谋，便不顾一切地撞开宫门直接进到御床前面，见到晋明帝后痛哭流泪，指责司马羕与司马宗等人阴谋废黜大臣，打算自己辅政，因而请求将他们贬黜。但晋明帝不肯。
八月二十一（壬午日），晋明帝不行了，便召太宰西阳王司马羕，司徒王导，尚书令卞壸，车骑将军郗鉴，护军将军庾亮，领军将军陆晔，丹阳尹温峤一道接受遗诏，辅佐太子。八月二十六，晋明帝降遗诏说：“自古以来，人总有一死，贤人圣人也都相同。寿命长短，最终都回到一样的地方，所以不必过于悲痛！朕卧病在床已久，经常担心忽然之间就不行了。只因为仰赖祖宗的宏伟基业，却不能消灭贼寇，大耻未雪，百姓涂炭，所以才有感慨和遗恨。朕不幸辞世的那天，请用平时的服装敛葬，一切都遵照先前的法度，务必从简节约。千万不要劳师动众，在装饰上花很大功夫。皇太子司马衍还很幼弱，一下子要承担重任，靠的都是你们这些忠臣贤相，训导他成人。当年周公匡辅成王，霍光抚育昭帝，他们的大义和功劳无人可比，这难道不是宗室和大臣应当效法的吗？你们这些公卿，都是当世的时望。希望你们敬听顾命，担负托孤的重任，同心断金，赞助王室。诸位地方征镇大员，刺史太守，都是朕的捍卫长城，祭坛拜将的外藩主帅，虽然事有内外，但目的都是一样的。之所以不叫他们前来，是因为来了谁替朕捍卫边防？你们就像唇齿，表里互相依赖。所以应当同心努力，就像虎符两半那样契合无缝，总想着对方的好处，以消灭贼寇为共同目标。百官卿士，现请大家做好自己分内的事情，听命于宰辅，保祐年幼的皇太子，共同度过艰难，好让祖宗的英灵，在九天之上永得安宁。这样朕没于地下，在黄泉没有遗恨。”次日（戊子），晋明帝在东堂去世，死时才二十七岁，安葬在武平陵，庙号肃祖。
晋明帝聪明而有决断，尤其精通事物的原理。当时兵荒马乱，到处都是饥荒，死于瘟疫的人过半，弊病也很严重，所以时势极为艰难危险。又遇上王敦挟着震主的威严，有动摇社稷的可能。晋明帝亲自训练部队，以弱制强，既能和大臣们暗中定下策略，也能独自做出决断，最终平定王敦之乱。晋明帝后来又改授荆湘等四州的刺史，以分散长江上流的势力，拨乱反正，增强朝廷的本，减弱藩镇的枝。他虽然在位只有两年，但成事的规模却十分弘远。
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