《黑客帝国4》评分已经解禁，烂番茄新鲜度为69%，已经超越第三部《矩阵革命》，评分还在不断飙升，紧追第二部73%的新鲜度。局长已经看完，全片共长147分钟，唯一的创新就是合成人元素，基本上完善了前三部遗留的所漏洞，并开拓出了一种全新的矩阵。
01重生故事要从60年前的第六代矩阵革命说起，当年尼奥经过那场大战以后，创造了一个奇迹，也成为锡安人的传说。尼奥和崔妮蒂双双殒命，换来了机器帝国与人类的暂时和平，机器大帝将一切可利用的数据重塑了第七代矩阵，并且利用合成人技术复活了尼奥和崔妮蒂。那些觉醒的人已经离开锡安，他们认为地球已经不适宜人类生存，甚至还非常不安全，所以他们集体移民木卫一，建立了一个名为IO的基地，并采取反程序技术，重新提取了那些动植物的基因序列，将IO恢复的如同地球一样。
矩阵7.0也彻底变革了，早已不依赖救世主那套宿命论维持，架构师从根本源头治理了反抗者。他们有一套完善的拟态测试系统，当初复活崔妮蒂时，就用到了这些技术，先采用合成人技术重塑肉体，再从拟态程序反复测试意识，直到意识经过各种痛苦的千锤百炼，才能成为了一个真正的生命，最后将意识注入肉体，并植入架构师指定的记忆，再将他们插管封装入胶囊仓，导入矩阵7.0。
彼时尼奥成为了一家游戏公司的开发者，他开发了一套名为矩阵的游戏，可是每当他看到那些游戏场景时，都会有一种似曾相识的感觉，甚至怀疑那些游戏剧情就是他的真实记忆，慢慢地，他难以分辨游戏和实现，将生活和游戏混为一谈，他觉得，要么是自己有精神崩溃症，要么是自己被困入了计算机生成的现实里了，每周都会与心理医生谈话，并依靠药物维持自己的精神状态。
尼奥每次在咖啡馆与崔妮蒂相遇，他都会有一种似曾相识的感觉，可是眼前这个人已成人妻，儿女成群，名字也改成了蒂芙妮，也不再认识他，他只能失落而归。
其实这一切都是架构师的阴谋，他们将过去发生的一切变成了虚构内容，也就是60年前发生的一切，都被篡改成了小说和游戏的剧情，这样人类即便有似曾相似的感觉，也会认为是游戏剧情，从而会更加顺从矩阵，相信矩阵是现实。
02觉醒墨菲斯也早已死亡，新一代的墨菲斯只是一个数字程序，他主要负责追杀合成人，可是有一天，他遇见一个兔子女孩，终于顿悟了自己的使命，服下红色药丸，成为真正意义的墨菲斯，并开始寻找尼奥，这一找就是20年。
墨菲斯给尼奥发了一条信息，将尼奥引入洗手间，拿出红色，并告诉尼奥，这个世界不是真实的，可是尼奥根本不相信，他觉得墨菲斯只是自己游戏的编码，这只是一个测试而已，直到墨菲斯将手臂伸入镜子里，尼奥彻底沦陷了，开始动摇了自己的信念，随后特工也赶来，他们与特工发生了一场激战，尼奥一路逃跑，墨菲斯持枪应战，突然尼奥的上司也自我觉醒，成了史密斯，一场混战过后，史密斯用枪对准尼奥的眉心，扣动扳机。尼奥瞬间从梦中惊醒，回到现实，他的对面是心理医生，原来刚才发生的一切是一种深度催眠。
经过这这些奇奇怪怪的事情，尼奥脑海不断回闪过去的记忆碎片，他慢慢地认清了自己是谁，可是他无法接受这一切，为了欺骗自己，他每晚喝得烂醉如泥，甚至产生幻觉，以为自己能飞，差点跳楼自杀，幸亏兔子女孩突然出现，将他救下，并将他引入一个神秘门里，来到这里，他见到了墨菲斯，墨菲斯为他重播了过去的记忆，并告诉他：我们已经寻找你20年了，我们不知道机器为什么总是隐藏你，他们总是修改你的DSI，通过反馈系统生成你的外壳，最终让你陷入DSI的死循环里。
听完这些，尼奥来到镜前，镜中之人已经暮年垂老，他才明白，已经60年了，自己的外表没有变，是因为被修改了DSI。此时墨菲斯拿出红药丸，告诉尼奥，想知道真相，就服下它，尼奥果断服下药丸，与当年一样，他一手就伸入镜中，周围环境也变得匪夷所思，还没缓过神来，特工已经盯上他们，经过一场枪战，他们来到一辆开往东京的列车，系统瞬间将乘客激活成程序，对他们开始追杀，只见尼奥一伸手，身体进入一面镜子中，同时他的真身也从胶囊仓苏醒，他疯狂地呼吸着，望着这些场景，往日的记忆历历在目，他只是在乎对面胶囊仓的崔妮蒂，可是机械昆虫已经锁住他的脖子，直到他挣脱所有插管，才彻底恢复自由，他的身体被友方的昆虫带走，离开时，他看了一眼崔妮蒂蠕动的手臂，他明白自己终究有一天还要回来。
03回归尼奥回到真实世界，与以前一样，先进入墨菲斯的训练程序，明白自己的状况，以及矩阵7.0的事态，并激活自己的超级权限，才真正回到基地，此时锡安已经荡然无存，人类生存在木卫一的IO基地上，这里是人类的家园，机器与人类也不再互相战斗。很多事情都变了，老一代船员已经死亡，他们的后代继承了悬浮舰，墨菲斯也成了一个数字形象，只能依靠磁力法典，在现实世界重塑真身，奈欧比也成为基地的将军，只有尼奥还是原来的尼奥，没有发生一点变化。
尼奥与奈欧比一番攀谈，才明白战争已经终止，锡安当年被摧毁了电力系统，所以人们才搬到这里，老墨菲斯也当选了理事会高级主席，可是一切都已物是人非，他想请求奈欧比帮助自己，救回崔妮蒂，可是老年的奈欧比坚决不同意，因为这样以来很可能破坏和平协议，挑起战争。
最后尼奥说服汉默号船员，再次重回矩阵，他们的目的是寻找崔妮蒂，可是刚进入，就遇到史密斯，还遭到法国佬的阻挠，此时的法国佬已经暮年垂老，他的手下也已经更新换代，一群流亡者一拥而上，将尼奥等人围住，双方开始了一场混战，尼奥小队先手干翻法国佬的站队，再打败史密斯，终于见到崔妮蒂。
他握住崔妮蒂的手，将自己的真实想法告诉她，并想与她一起寻求真相，可惜这个崔妮蒂不过是医生的幻象，都是假的。原来医生是一个分析师，当年他目睹了尼奥和崔妮蒂的死亡，并且通过授权，复活了他们，可是他们的潜意识是绝望和希望的两种极端，医生只好不断测试，最后才明白，崔妮蒂和尼奥犹如酸碱的两极，只有一起存在时，才会发挥价值，并且距离不能保持太近，否则会自动崩溃，只有通过方程解算出一个合适距离，才能照常运行，他们也成为矩阵7.0的支柱。
医生也明白不能去对抗觉醒的力量，只有给予那些人想要的东西，他们之中99%的人才会选择顺从，正如尼奥暗恋崔妮蒂一样，欲望才能将其困入矩阵，这样以来，他们比猪圈的猪还快乐，这也是矩阵运行的基础，如今尼奥脱逃，崔妮蒂也快要觉醒，一旦系统失去他们，就彻底崩溃。
正在胶着之时，尼奥的朋友接走了他，他们也回到了现实世界。
04选择他们擅自逃离IO基地，本要受到军法审判，可是机器鸟却告诉将军一个消息，那就是小女孩要找他们。尼奥一见到小女孩，才明白她就是当年火车站的小女孩，小女孩的父亲是总工程师，当年设计了复活摇篮，因此尼奥和崔妮蒂才被囚禁在矩阵，如今尼奥从矩阵逃出，彻底破坏了矩阵的稳定性，架构师本来要重置矩阵，那样矩阵会重置成以前的版本，战争会重新开始，但是分析师说服了当局，尼奥很快会重回矩阵的，如果尼奥不回去，他们会杀掉崔妮蒂。
尼奥当前面临着一个选择，要么回去救崔妮蒂，让崔妮蒂做出选择；要么待在这里，坐等矩阵回炉重造。如今矩阵中的人已经拥有信仰，和他们想要的东西，不能简单粗暴的服下红药丸，否则会死，必须引导他们做出选择，自主离开矩阵，才能获得自由，并不是所有人都向往矩阵之外的生活，也不是所有人都想离开矩阵。
于是尼奥重回矩阵，与医生谈判，如果崔妮蒂选择矩阵的生活，并说这就是她先要的，那么医生赢了；如果崔妮蒂选择尼奥，那么就是让他们自由。这是医生恢复矩阵的唯一机会，所以尼奥才敢这样说。
最终尼奥也如愿以偿，见到了崔妮蒂，与此同时，悬浮舰的人已经来到崔妮蒂真身的旁边，随时等待拔下插头的机会。可是崔妮蒂却还活在虚假的记忆之中，一脸茫然，根本不认识尼奥，直到她被带走，尼奥要被拔下插头时，她才幡然醒悟，明白自己的真实身份，并大声喊出尼奥的名字，挣脱束缚，想与尼奥一起离开这里，可是医生当然不会同意，于是两波人打在一起，另一边他们也拔出崔妮蒂的脑后插头，转换到悬浮舰的插头上，医生发现不对劲，下令摧毁崔妮蒂的胶囊仓，可是为时已晚，他们已经救走崔妮蒂。
与此同时，崔妮蒂骑车载着尼奥，一路逃跑，这一切似乎是她梦中的情景，一切如同宿命一样，两人来到天台，逼得走投无路，尼奥一个大招击退敌人的直升机，此刻夕阳西下，两人深情凝望，崔妮蒂似乎见过这里，这里是她梦中的情景，她的梦也到此结束，因为她内心已经做出选择，两人一同跳下天台，下坠的过程，崔妮蒂竟然可以悬浮身体，飞天遁地，原来这一局她才是救世主，如今她已经解锁矩阵的最高权限，无所不能，同时悬浮舰那边也拔出插头，他们一同回到现实世界，再次重聚一起。
故事到这里并未结束，他们再次去找医生，才能白矩阵依旧可以运转，其他99%的人沉沦于矩阵，他们想要被控制，他们喜欢追去安稳，并不想要自由和选择，系统已经不再强迫每一个人。其实机器和人类的战争，根本没有输赢，他们已经模糊界限，慢慢融为一体，并不是机器人消灭了人类，而是人类进化成了机器人，正如我们不会说人类消灭了猿猴，而是说猿猴进化成了人类，这些都是主动的选择。
,
