本作有四个结局，分别是八百万神路线（Chaos）、维护秩序路线（Law）、破坏王座路线（Neutral）和创造没有神魔的世界（True），除了真结局路线以外流程中的任务对话基本不影响剧情分歧，在打败梅塔特隆、进入至高天之后通过路西法的天之声可以选择分歧，建议打完梅塔特隆之后存个档。
游戏过程中的行为虽然不影响最终的路线分歧，但会对一些限定要素产生影响，具体影响在下面介绍。
各路线限定要素
必须守护神的秩序（Law） 亚必迭 & 太宰一郎
限定任务【天使长归还】&【大*发慈悲的天之女王】
限定神意【破除继承常规】
限定仲魔：大天使 90 米迦勒、女神 83 马利亚
必须拯救东京而创世（Chaos） 月读 & 敦田结线
限定任务【红龙的诱惑】&【勇猛的天之女王】
限定神意【破除等级常规】
限定仲魔：魔王 92 贝利亚、地母神 87 伊南娜、圣兽 40 早太郎
破坏王座（Neutral） 女娲 & 八云翔平
限定任务【崇高的天之女王】
限定仲魔：地母神 93 达娜
真结局的进入方式
进入真结局主要有两个条件，一是在进入至高天、选择路线之前完成三个任务；二是在进入至高天选择路线的时候，选择破坏王座的路线。任务的完成状态通过转生之后在二周目会保留下来，我个人完全没做过支线也可以触发真结局。
也有一些说法是要赞同八云&女娲留人不留神的说法才能触发真结局，但这个我没有测试过，姑且作为参考在这里提一句。
三个任务及这三个任务的前置任务如下：
・芬恩 麦克库尔的决心
1、送给心仪的她
2、收集曼陀罗的根
3、被掳走的伊登
4、如雨露般
・拉的继承
1、隼鹰头
2、打探埃及分布的情况（不能杀死孔斯）
3、有翼太阳争夺战
需要注意的是在进行第二个任务的时候一定不能杀死孔斯，否则第三个任务中孔斯不会出现，最后的任务也不会出现。
・阻止宇宙被破坏吧
打败婆苏吉之后，从边上的传送门进去就可以看到湿婆。湿婆等级有96级，进去打不过的话也不要先去至高天练级，否则可能会无法完成真结局。
马利亚任务分歧
【大*发慈悲的天之女王】【勇猛的天之女王】【崇高的天之女王】这三个任务在至高天触发，但要求玩家的恶魔全书完成度达到75%以上。满足条件的时候能够从索菲亚那里获得一颗生命的种子，在持有生命的种子的情况下与至高天的马利亚对话后可以触发任务。根据路线的选择，将分别与马利亚（Law）、伊南娜（Chaos）和达娜（Neutral）战斗，胜利之后解锁对应仲魔的合成。
贝利亚 & 米迦勒任务
这两个任务和一直以来的Law & Chaos二者择一任务一样，做了一个就不能做另一个。只不过米迦勒任务和贝利亚任务在结局分歧之前就已经确定下来了。
首先要在台东区前往万古神殿的路上完成默瑟基德给的任务【将戒指放进御樋代】，之后根据玩家进入至高天时的选择而发生变化。
选择Law路线的话，在进入至高天之后可以和地图右下角的默基瑟德对话，它会告诉你米迦勒在万古神殿和梅塔特隆战斗的那个地方等你。
但如果你的倾向是Chaos的话，那么需要捐赠660000魔货才能和米迦勒见面；反之如果倾向是Law但选择了Chaos路线的话，在同样的地方可以找到奈比洛斯，但需要支付660000魔货才能和贝利亚在魔王城打败亚略的地方见面。
完成任务之后，任务委托者会成为仲魔并解锁合体。
限定神意
在Law倾向的时候选择Law路线，在进入至高天之后多绪就会赠送限定神意【破除等级常规】；在Chaos倾向的时候选择Chaos路线则获得【破除继承常规】；破坏王座路线则不能获得限定神意。
如何判断 & 改变自己目前的倾向？
通过龙脉传送到东京之后，来到大地图，观察自己的光标。如果是顺时针旋转的话，那么就是Law路线、逆时针旋转则是Chaos路线、不旋转则是Neutral路线。
根据测试改变倾向应该只和4组支线任务有关，每个支线任务都是二择一的选项，大部分人应该都有印象。
港区：【打倒诱惑的水妖精（Chaos 菈南希）】&【打倒诱惑的恋爱妖精（Law 飞天）】
品川区：【铲除前往东京路上的阻碍（Chaos 莉莉姆）】&【阻止东京遭到入侵吧（Law 权天使）】
千代田区：【邪恶霜精再次现身（Chaos 邪恶霜精）】&【惩罚邪恶霜精（Law 狄俄倪索斯）】
台东区：【奇袭东京（Chaos 亚得米勒）】&【守卫东京（Law 经津主）】
倾向能够通过二周目转生继承
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