现在，学术界质疑达尔文进化论的人越来越多，原因主要与现代生物学的发展有关。
现代生物学已经进入到分子生物学时代，人们发现生物微观世界里的很多现象与达尔文学说是不相符的，基因、蛋白质结构以及它们之间关系的复杂性是达尔文学说无法解释的，驱动生物进化的原因并非是随机变异与自然选择。
随着人类对生命微观世界的了解不断深入，人们发现生物进化是在一种机制下实现的。
生命系统中有两类非常重要的生物大分子——核酸（DNA和RNA）和蛋白质。这两类生物大分子有一个重要特征，它们是由一些化学结构和性质相近的单元，通过化学键组成序列的分子，即核苷酸序列和氨基酸序列。
我们是不是要问这样一个问题，为什么会有序列结构的生物分子，这样的序列结构的作用是什么。
以DNA为例，DNA由磷酸根和脱氧核糖组成骨架，中间是以序列形式排列的碱基。DNA碱基有4种，即ATCG。人们通常说的遗传密码，就是由这4种碱基的不同序列排列构成的。
碱基序列的排列方式让我们想到计算机语言的基础，就是0和1这两个数字代码。0和1是计算机的基础代码，碱基则是生物基础代码，它们都是以不同序列排列的方式来储存和表达信息，两者在运行机理上是相通的。
计算机代码可以编写成程序，生物代码同样可以。
对于生命而言，通过DNA分子中4种碱基的不同序列的排列，形成极其复杂的逻辑关系，包括生物性状的表达序列和可执行文件。现代生物学告诉我们，生命是建立在生物代码基础之上的。
通过研究生物各种组织我们可以发现，各种组织的产生都对应于环境或生存的需要，例如，眼睛（视觉）对应于光；耳朵（听觉）对应于声音；鼻子（嗅觉）对应于气味；……。
自然界存在这样的现象，即环境中有什么，生存需要什么，就会有与之相对应的生物组织结构。
那么，为什么会有生物组织与性状与环境相对应的现象，这种对应关系是如何实现的。这样我们就会想到DNA和蛋白质分子的序列结构，以及序列结构与程序之间的关系，也就是生物进化是通过一套程序的运行实现的，这套程序就是生物自演化程序。
生物体内的由生物分子组成的体系可以像计算机一样运行，生物通过核苷酸序列和氨基酸序列代码，构成了具有信息接受、存储、传输、调控、编辑、表达功能的体系。对于不同的外力作用，有着特定的序列组合与之对应。
如同计算机程序的编写，生命可以通过分子序列进行编程，用以表达无限复杂的信息。DNA代码是精妙的逻辑功能块，是一种结构性、协调性、关联性的逻辑复杂。
这套分子系统具有接受外界信息、运算处理、信息储存、修改、增减和发布等功能，各种生物组织和功能就在这样的程序控制下被打造出来。
在生存过程中，生物体会受到各种环境因素的影响，如光照、声音、气味等，这些影响会转换为特定的信息传导到生物分子系统，生物分子系统内产生一系列化学反应对信息处理，并据此作出相应的调整，产生出与之相对应结构的指令信息，并且通过蛋白质以一定的形态表现出来。生物的视觉、听觉、嗅觉等就是通过生物的演化程序的运行不断得到完善。
再如人类智力的演化。所谓智力就是对物质属性、相互关系及规律的认识能力，人智力的发展是受认识自然的需要驱动的。在生存过程中，人需要对环境中的各种存在进行分辨、定性、关联和记忆，这些需要会转换为生物信息，然后通过生物程序的运行，人的脑组织应对这些需要不断发生改变。
可以想象，人的脑组织是这样发展和完善的。脑组织通过对各种信息的关联，然后进行定义、判断和鉴别，大脑由此产生了综合、推理、归纳这些功能。在人类社会发展中，文化和科技对人的智力发展起着重要作用，人的脑功能不断得到提升，这也是人能够从一般动物中脱颖而出的原因。
生命的演化是在一套程序的控制下进行的。生物分子序列通过自然演化产生，并由生物分子序列构成了生命的演化程序。各种生物结构及功能的形成都不是出于偶然巧合，而是通过生命演化程序打造出来的。
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