所谓的本尊是自己专门修行的法门。自己重点修行的佛叫本尊。本就是本师，或者本来修行的，或者以这个修行为本的尊者或者圣尊，藏文里叫“意当”。“意”是心，“当”是心中决定了的；心中立誓我一定要修这个，立誓修某某法，其核心要修的佛就叫本尊。
对哪一位佛或菩萨生起的信心更大，说以你与这位佛或菩萨有缘，有缘会修得快一点。
举个例子：月宫菩萨是位在家人，是位非常有学问的居士，是唯识宗的大德；月称菩萨是位出家人，是非常有学问的中观派的大德。有一天，月宫菩萨来到那烂陀寺，月称菩萨正好在门外与外道辩论。因为在古印度的时候，每个寺院必须有一个最有学问的大德坐在门外，以便应付前来辩论的外道。月宫菩萨来了，就坐在那里，月称菩萨想：这个人可能是比较有名气。于是问月宫：
月称菩萨非常高兴，说：“你等着，我一定要隆重地迎接。”
月称菩萨让所有出家人隆重的迎接月宫。可是出家人排队迎接一个在家人在戒律上是不允许的。怎么办呢？于是就在前面马车上，安放了一个弥勒佛的塑像，后面马车里安坐着月宫菩萨，这样走在路上，月宫菩萨与弥勒菩萨像进行沟通的时候，弥勒菩萨回头面向月宫菩萨，旁边的侍者看到了，这尊佛像就不动了。据说那烂陀寺一直有一个面向后的弥勒菩萨像。
后来月宫菩萨与月称菩萨天天辩论，每天辩论到下午的时候，月宫菩萨就哑口无言，但是到了第二天，他就会有办法回答昨天的问题；月称菩萨就怀疑肯定有名师在指点他，于是悄悄地去偷看，发现月宫菩萨在佛殿里面，观音菩萨在给他讲法，可是他进去之后，石像就不动了。
月称菩萨就祈祷观音菩萨现身讲法，说：“观音菩萨，难道您的慈悲有亲疏乎？”观音菩萨仍然没有现身，只听一个声音对他说：“你与文殊菩萨有缘，他正在加持你；我跟月宫菩萨有缘，我给他讲法，你不要打扰！”据说那烂陀寺，到现在还有那尊能够讲法的观世音菩萨的石像。
所以说这叫有缘，不是选择本尊，是你与哪个本尊更加有缘的意思。
至于如何确定自己的本尊有以下几种方式：
1、 自己的上师如同医师，会根据你的病情、病症，对症下药，上师会你给传授最适合你的法，作为修行本尊。
2、 观察自心相续当中贪嗔痴烦恼哪个更重：愚痴较重者就以文殊菩萨为本尊开智慧；嗔心较重者就以观世音菩萨为本尊修慈悲心、忍辱心，以这种方式来调伏自己的相续。
3、 与生俱来的对某尊佛和菩萨有特殊的情感和崇敬心，那么可以断定一定有因缘在先。
4、 也可以用吉祥天母卜卦的方式来确定本尊。
5、 另外，修菩提心时，要以观世音菩萨为本尊修慈悲心；修性空正见时，以文殊菩萨为本尊，易生起清净正见。
6、 还有就是以毗卢遮那佛为本尊，对治愚痴，获得大圆镜智；以阿弥陀佛为本尊，对治贪心，获得妙观察智；以宝生佛为本尊，对治傲慢，获得平等性智；以不空成就佛为本尊，对治疑心和嫉妒，获得成所作智；以不动佛为本尊，对治嗔心，获得法界体性智。
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