1399年，建文帝朱允炆刚刚接过爷爷的皇权，就要面对四叔燕王朱棣的讨伐。朱棣的借口是"清君侧"，声讨国贼齐泰、黄子澄，发动了靖难之役。四年后，朱棣攻入当时的明都南京，建文帝在一场大火中消失无踪，生死不明。这段公案让坐上宝座的朱棣昼夜不安。
天下只有一个皇帝，燕王做了皇帝，只能宣称建文帝的殒命，他没有给薨逝的"先帝"以谥号，也不承认建文年号，而是把建文四年，更改为洪武三十五年，表示对建文帝的全盘否认。朱棣等于是直接从父亲朱太祖手中继承王位，这样，名正言顺的成为明朝第三位皇帝成祖，次年定年号为永乐，1403年即为永乐元年。
明成祖朱棣抹掉了关于建文帝的全部正面记录和档案资料，禁止关于此事的一切言论，他在史书中，把靖难之役描绘的冠冕堂皇，"建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰:'我何面目相见耶!'遂阖宫"。朱棣的逼宫变成了正义行动，朱允炆变成畏罪自戕，原本的皇帝改称"建文君"。
这当然是史官的粉饰之言，朱棣上任后，对建文帝的遗臣，如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开了大屠杀，史称"瓜蔓抄"。明末文坛领袖钱谦益的《有学集》中，有一篇《建文年谱序》，其中提到对永乐年间记载的"建文逊国"一事，心中质疑其真伪，乃至伤心落泪，"读未终卷，泪流臆而涕渍纸"。
虽然朱棣的禁言非常严厉，但是从明初到明末，始终有人在探求建文帝的生死之谜。即使作为当事人的明成祖朱棣，自己也不相信建文帝真的死了，因为没有人亲眼见过朱允炆的尸体。《明史》记载，朱棣怀疑建文帝逃亡，派人以寻访张三丰为名，暗中查找建文帝的踪迹，这个人是户部官员胡濙，史载"并访仙人张邋遢（张三丰），遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在"。
调查工作进行了十四年，这期间朱棣收到了大量的反馈资料，到底朱允炆在哪里，《明史》记载，在未回复帝命之前，朱棣听到"传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈，浮海下西洋。"这说明，关于朱允炆，朱棣认为他大概率是当年逃过了靖难的兵祸，跑到海外去了。当然，郑和七下西洋，也没有找到朱允炆的下落。
永乐二十一年（1423）胡濙完成使命，回复朱棣。当时，史料记载"已就寝，闻濙至，急起召入。濙悉以所闻对，漏下四鼓乃出"，朱棣都顾不得睡觉，两人谈到天色放亮，朱棣什么反应呢，书上写"至是疑始释"。说明朱棣放下了心中大石，释然了。
胡濙带回来怎样的答案？或许是找到了建文帝的尸骨坟茔；或许是找到了建文帝远赴海外的证据；或许是雄心不在安度残年；或许是直接被胡濙探访到踪迹，被灭口。不管怎样，朱棣认为建文帝不会再对他的皇位造成威胁，这也是朱棣最渴望得到的答案。但是究竟谈了些什么，没有人知道。只知道，此事之后，胡濙因为工作卓越，深受明成祖朱棣器重，被委派到南京去辅佐太子朱高炽，明仁宗朱高炽对胡濙也很赏识。
清代学者吴乘权，对建文帝的去向给出新的说法，在《纲鉴易知录》一书中记载了这样一件事情：
祝允明《野记》记载，明英宗正统年间，云南有个老僧，在当地驿站的墙上写了一首诗：
流落西南四十秋，萧萧白发已盈头。
乾坤有恨家何在？江汉无情水自流。
长乐宫中云气散，朝元阁上雨声收。
新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。
御史得知此事，派人把老僧找来，询问他诗中的意思，老僧坐地不跪，只说想要"叶落归根"，官员查验后，老僧自称是失踪多年的建文帝。地方上大为惊骇，马上报告上级藩司。藩司闻言不敢怠慢，下令把和尚逮捕，押解北京。
经过内廷审问，和尚自称年九十余，想葬于祖父朱太祖陵旁。审问官员怀疑此事真伪，建文君生于洪武十年，至正统五年，应当是六十四岁，与老僧的容貌和自报年龄相差甚大。经过严审，老僧自认是钧州白沙里人，诗作是流传自建文帝的诗稿，后和尚被判处死刑。
老僧被认为是建文皇帝的探路者，探明朝廷的态度之后，流亡的建文帝决定进京。经过前朝老太监吴亮的确认，眼前的建文帝是正主无疑，于是朝廷正式下诏，"迎建文帝入西内"。建文帝得到了朱棣曾孙——明英宗朱祁镇的谅解，被安排居住在宫中安度晚年，得以寿终正寝。史载"建文帝既入宫，宫中人皆呼为'老佛'，以寿终葬西山，不封不树"，当是考虑到皇家的颜面低调处理。
其实这个说法也有问题。建文帝重返京师的时间是正统五年（1440）年，当时英宗朱祁镇还是个小毛孩，是谁下令将建文帝接到京城？另外，建文帝有两个儿子，长子宫变时下落不明，次子朱文圭被囚禁在安徽凤阳，建文帝回京时，他还在囚禁中。赦免父亲还囚禁儿子的说法确实说不过去。因此建文帝还京养老，几乎是不可能的事情。
万历《钱塘县志·纪制》记载，"东明寺在安溪大遮山前，建文君为僧至此，有遗像"。清代版本《东明寺志》由僧人释湛潜编辑，成书于清康熙十二年（1674年），其中对此有更加详细的记载。
"迨壬午金川变作，启箧得杨应能度牒及披剃具，佛知运数巳定，乃僧服出逊，由吴兴至钱塘遁栖东明山，亲灸旵祖座下，凡六载，迹渐彰乃辞去"。
由此可见，朱允炆到东明寺出家为僧，确有其事。宫变当日，他得到了太祖皇帝留下的度牒和剃具，便知道化妆出逃是唯一办法。来到东明山，躲藏了六年，众僧们皆尊称其为"应能问道老佛"，尊奉为祖师慧旵之下，列在祖师堂第二位置，确定了东明禅寺与朱允炆之间的密切。
史志记载，当年东明寺开法禅师慧旵禅师的闭关之处，就是建文帝在禅寺出家时居所。大雄宝殿内右侧还有朱允炆塑像，殿柱上刻有对联一副，"僧为帝，帝亦为僧，一再传，衣钵相授，留偈而化；叔负侄，侄不负叔，三百载，江山依旧，到老皆空"，个中含义不言而喻。寺中还有朱允炆亲植桂花，后遭日寇焚烧，仅剩枝干，然次年又绽新枝。如今枝高叶茂，秋季花开，香溢四野，且金银双色各半，传为奇谈佳话。
更有奇特处，东明寺在志中记录了建文帝返回京师的事情，"（建文帝）最后之思恩州，州守岑英行部忽一僧当道立，自称为建文帝，游方至此，今老矣，欲送骸骨归帝乡，瑛大惊，上之巡方。御史奏许，乘传至京师，当正统庚申岁也。上遣老寺人辨识，迎入西内，称为老佛。"
建文帝化妆出逃之后，皇后马氏为了掩护他，命令太监放火烧城，然后自己跳入火海。自焚而死。第二天朱棣攻入皇宫之后，搜寻建文帝的下落，太监、宫女们迫于压力，便慌称建文帝以自焚而死，并指认皇后的尸体就是建文帝，此时火中找出的尸体已被烧的面目全非，难以辨清，就这样朱棣信以为真，没再追究。
近年来，在福建的宁德上金贝半山腰上的丛林之中，有一座半僧半俗的陵墓。从时间来看，此墓建于元末明初，至今有六百多年的历史，墓的格局是三层六阔，各种构件精致豪华，弧形条石砌成高大圆拱，墓前石柱高约四五米，墓顶雕刻火珠莲花，墓壁旁墙头石雕云纹螭首，仿佛皇家气派。墓刻落款"御赐金襕佛日圆明大师第三代沧海珠禅师之塔"，坊间相传是一座姓金的太监墓。
专家考证结论，古墓舍利塔造形，古墓前的金水河、金 水桥，古墓建筑的龙刻构件，奇特的墓制规模，等等线索和文献资料，推断墓主应该就是大明第二位皇帝建文帝。
根据最新的研究成果，有专家认为，建文帝逃出宫后在宁德终老，并大致画出建文帝出亡路线图。建文帝通过地道出宫后，走水路由江苏太仓刘家港出海，沿浙江近海南下，经过温州到达福建福宁的大京千户所。后来为避祸又通过三都澳撤向宁德腹地，后终老于此。
由于建文时期的档案史料已然不存，《明成祖实录》充满史官谎言，已难以核实真实情况。《明史稿·史例议》中评论道，"明代野史之失实，无有如建文逊国一事。"现在要确切考证建文帝的下落，成功概率已经很小了。
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