1868年4月，德川幕府向萨长联军投降，戊辰战争结束，新的日本帝国建立。但各地仍有不少幕府军在继续抵抗。有些人选择在山野进行游击，有的人则隐姓埋名躲避新追捕。但还有很大一批士兵，在幕府海军副总裁榎本武杨率领下，搭乘战舰向北逃亡。
明治元年十二月十五日，即1869年的1月份了，日本历史上前无古人并且后无来者，在咱们可预见的将来也绝对不会再出现的“共和国”诞生了。虾夷共和国成立于北海道函馆。对外称“虾夷共和国”，对内则称“虾夷德川将军家臣武士团领国”。
这个定名叫做“虾夷共和国”的政权，最高领袖为“总裁”，表面上是由选举产生，但可笑的是，只有逃亡到虾夷地的旧幕府士官和军官才有选举权，广大普通士兵加虾夷地的居民是根本挤不进去的。据说总共搜集到856票，其中过百票的共有三人，即旧幕府海军副总裁榎本武扬、陆军奉行并松平太郎和大目付永井尚志。
最终确定由榎本武扬出任虾夷共和国总裁，松平太郎就任副总裁，永井尚志出任箱馆奉行(相当于首都市长)，此外担任要职的还有：陆军奉行大鸟圭介、陆军奉行并土方岁三、海军奉行荒井郁之介、松前奉行人见胜太郎、开拓奉行泽太郎左卫门、会计奉行榎本道章和川村录四郎，等等。
榎本武扬
共和国国旗确定为篮底黄色的菊花纹，菊花上还添加红色七芒星。
为什么要装模作样耍共和国这招呢？一来作为日本人，无法否认天皇才是日本最高的领导者，榎本武扬当然不敢自称天皇，建立帝国；二来作为旧幕府的臣子，他也不可能自称开幕，出任征夷大将军(况且将军也不算是一国真正的首脑)；三来，榎本武扬认为创建一个“民主”的共和国，有利于和美、法等西洋各国发展关系。
谁都知道维新新政府背后有英国人撑腰，旧幕府背后有法国人撑腰，但自从德川家投降以后，法国就再也无法名正言顺地在日本扶持自己的势力了。虾夷共和国若想击败或起码挡住即将汹涌而来的英式装备的新政府军，多少也得找个靠山才行。于是共和国一建立，榎本武扬立刻把原驻箱馆的各国领事和暂泊虾夷地的各国船长都召了过来，一方面发布建国宣言，希望能够获得欧美各国的一致承认，另方面也游说各国在即将爆发的虾夷和日本的战争中保持“局外中立”。
只要你们承认了咱的共和国，我们和维新新政府之间的战争就不是内战了，而是国与国之间的战争，除非你们明确和维新新政府结盟，否则根据国际法的原则，是不能插手这场战争的。咱的共和国才刚创建，不太可能拉到同盟国，咱要求也不高，你们全都保持中立，别瞎掺和就成。
不得不说，榎本武扬果然深通国际法，他这一招玩得非常漂亮。
武扬的外交政策和手腕，一开始倒确实产生了不错的效果，法国人和俄国人不用说了，他们本就正郁闷英国所支持的势力控制大半个日本，巴不得再闹出点乱子来呢，而美国人刚从南北战争中腾出手来，也不甘心英国人独占日本市场，以这两国带头，列强纷纷表示承认虾夷共和国，并在共和国和日本帝国交战的过程中严守局外中立。最立竿见影的效果就是：旧幕府时代，曾经向美国订购过一艘铁甲炮舰，眼看着就该交货了，美国既然采取中立姿态，就立刻把此舰扣下，不肯转让给新政府。
消息传到东京，岩仓具视（明治维新的功臣）大吃一惊，赶紧跑去找英国公使帕克斯商量。英国人只想借着明治维新的机会独占对日贸易，压根儿没打算和日本结成军事同盟，所以他们是坚决不可能承认虾夷共和国，不能把一场内战搞成两国交兵的。在一战以前，英国是真正的日不落帝国、全球霸主，他们在外交上一施压，法、俄、美等国纷纷吃不住劲了，被迫撤回局外中立的声明，允许向交战双方出卖武器和物资。
岩仓具视
就这样，铁甲炮舰顺利地落到了新政府手中。
榎本武扬带到虾夷地的舰队，包括主力战舰4艘舰，其中当时全日本最强的木壳蒸汽巡洋舰--回天号。这艘从英国购买的二手船，搭载了18门克虏伯160毫米舰炮，并具有12节航速。随舰队逃亡的大部分人，是幕府军各部中的顽固分子。其中就包括了人所熟知的江户特务警察组织--新选组。此外，还有伏见鸟羽之战后新成立的彰义队一部，担任幕府军军事教导任务的陆军传习队和幕府军的冲锋队，人数约在2000左右。在北上途中，又陆续加入了作战失利的仙台藩和会津藩残部，总数扩大到4000余人。即便新政府拿到了新的铁甲炮舰，也未必是其对手。武扬用这支舰队封锁了虾夷地和本州岛最东北端之间的津轻海峡，新政府想要派兵讨伐，那真是千难万难。
然而海军力强弱的天平瞬间就产生了倾斜，究其实质，全是榎本武扬个人的失策。原来此前不久，就在土方岁三率领陆军进攻松前藩的时候，海军官兵联名给武扬写了封信，大致内容是：自从登陆以来，陆军异常活跃，海军几无用武之地，倘若不能参加对松前藩的战斗，起码朝岸上发上一炮的话，恐怕士气将会极度低落，也将有损我舰队的威名。
榎本武扬本就是海军出身，考虑问题总会把舰队放在第一位，再加上海军官兵们的怂恿，他立刻不顾天气恶劣、海上风浪很大，指挥着舰队就朝松前藩城福山进发了。倒是顺利朝岸上开了几炮，但在回航的途中，巨浪掀起旗舰开阳丸，直直地就朝暗礁上砸了过去——最终开阳丸触礁沉没，榎本舰队遭受了重大的损失。
此消彼长，新政府的海军力量奋起直追，已经足堪与虾夷共和国一战了。
日本陆海军之间的争功与不和，乃是二战败北的一个重要因素，但其实这苗头在维新之初、榎本武扬时代就露头了。后来长州出身的将领掌握了陆军（因为在其后的西南战争中，萨摩陆军损失惨重，基本被踢出了中央)、萨摩出身的将领掌握了海军，双方的内斗更是愈演愈烈，这个大问题几十年后都没能得到圆满解决。日本军国主义陆海两个拳头朝外乱打的同时，还互相妨碍，互相掣肘，吃败仗也是理所当然之事。
拉回来再说新政府方面对虾夷地的军事政策，本打算立刻挥师北上的，却被军事方面的第一把手大村益次郎给拦住了。益次郎的话很简明扼要：“不必着急，敌人将日益穷困，锐气将会尽失。”原来虾夷地广人稀，物产虽然丰富却很单一，和本州岛的贸易乃是最大财政来源，可是虾夷共和国和新政府处于敌对状态，贸易活动自然基本上中止了，这导致共和国的财政状况是每况愈下。为了解决财政危机，榎本武扬被迫增加各种税收甚至向妓女收税、默认赌博业的盛行、提前一年向农民征收年贡，实在穷疯了还用劣质金属来铸造货币。短短几个月的时间，就搞得天怒人怨，虾夷地的老白姓暗地里都骂武扬是“榎本蚋(吸血的小蚊虫）”。
虾夷共和国捉襟见肘、日暮途穷，新政府倒是踏踏实实过了一个好年，直到翌年也就是明治二年的三月份，才集结兵马向北挺进。箱馆战争，终于正式打响了。
1869年箱馆战争，虾夷共和国战败，土方岁三战死。明治二年5月17日（阳历1869年6月26日），榎本决定投降；5月18日，将五棱郭移交给新政府军陆军参谋黑田清隆，结束了成立一百二十五天的虾夷共和国，同时也代表了幕末内战“戊辰战争”的终结。虾夷岛在箱馆战争结束后的明治二年（1869)九月由新政府改称为北海道，系日本北疆苦寒之地。
而榎本本准备赴死，不料想其才能却被黑田清隆看好，不仅保住了性命，而且在坐了2年牢后居然被破格录用成了政府高官，将自己的聪明才智无保留地献给了新政权。先后被任命为海军中将、海军大臣、驻中国全权大使、邮政大臣、农商务大臣、文部大臣、外务大臣等等。
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