《水浒传》珠串式线形结构，即通俗说的糖葫芦结构：事件相对独立，且环环相扣，相互联结，明显继承了“说话”的表现手法，即把一些主要人物和事件相对集中起来加以叙述，满足听众每天听一段的要求。
这是《水浒传》的独特之处，盖因其滥觞于群众和艺术家们的不断插增。
其结构之所以如此，与《水浒传》的成书过程有关。《水浒传》的成书和《三国演义》《西游记》特征类似，属于世代累积型小说。《水浒传》是从南宋初年到明朝中叶这四百年“梁山泊故事”的结晶。其成书轨迹为：宋徽宗宣和年间宋江起义的史实，成为南宋说话和元代杂剧艺术的重要题材。在群众创作基础上，到了元末明初经过施耐庵等人的综合加工，形成了多种版本的《水浒传》。因此，胡适说“《水浒传》不是青天白日里从半空中掉下来的”。
文学巨匠茅盾认为：《水浒传》的结构并非是一个有机的整体。的确《水浒传》的结构导致其存在结果粗细不匀称的现象。《水浒传》可以分解为“宋江传”“武松传”“林冲传”“鲁智深传”“李逵传”“阮氏三雄传”等“糖葫芦”一般的独立片段，而其中的“竹签”为梁山起义事业由分散的个人传奇故事而逐步走向联合、大聚义、招安的过程。
《水浒传》有些章回洋洋洒洒数万言，而有的人物和事件，却惜墨如金，勾划了了。比如，武松、宋江的故事多则达十章，人称“武十回”“宋十回”。特别是潘金莲偷情一节写得过于艳丽和显眼，使其他部分显得黯然无光，这与所要表达的主体关联不甚大，我认为这虽是《水浒传》的精彩之处，但有喧宾夺主之嫌。另外与武松相关的事件写得十分翔实，比如武松醉打蒋门神、血溅鸳鸯楼写得细腻，类似放大镜寻草芥的写法，这种结构绝非通篇考虑的构思意图，而是作者舍不得割舍他人成果而原样照搬的结果。《水浒传》的内容像《聊斋志异》和《三国演义》，多是道听途说或者有所依据。《三国演义》史实占七，虚构为三，而《水浒传》似乎史实占三，虚构为七更合适些。
至于金圣叹腰斩《水浒传》，则意味深长。据说金圣叹伪称偶得早已失传的施耐庵七十回《水浒传》古本，且“托古”写了序言。金圣叹砍掉七十一回以后的所有内容，加上卢俊义惊噩梦的情节为全书的结束。此书内容符合封建统治阶级的胃口，从此腰斩《水浒传》得到统治者的欣赏和提倡。此外，金圣叹篡改《水浒传》的“敏感内容”，为统治者粉饰。他砍掉阮小七偷换御酒、李逵扯诏、李俊违背宋江杀俘等情节，篡改个别“不讲政治”的字眼，比如像“朝廷涂炭万姓”之类的。把戴宗所说“朝廷不明”“奸臣闭塞”改为“朝廷闭塞”“奸臣不明”；把张横唱的“不怕官司不怕天”，改为“不爱交游只爱钱”；删除吴用“春暖无事，正好厮杀取乐”的不良言语记录。
撇开金圣叹有奴才相的说法，只从结构上讲，我认为金圣叹腰斩《水浒传》无可厚非。梁山好汉聚齐后，以大团圆结束符合国人的传统思维方式。腰斩后的内容，简洁明快、生动诙谐，而被腰斩掉的部分，如破辽国、擒田虎、捉王庆、灭方腊，只是事件简单叙述，较少有人物性格表现，甚至有的内容拖沓、无甚新意。
《水浒传》后三十回结构相对松散，有些内容可有可无，因为与其他部分结合不够紧密，类似鸡肋的感觉，食之无味，弃之可惜。如宋江奉诏征讨辽国，途中要经过盘踞在河北、山西田虎的地盘，然而宋江竟然长驱直入到达河北北部玉田、文安，与田虎“井水不犯河水”。书中交代，“田虎那厮，侵州夺县，官兵不能抵敌。近日打破盖州，早晚便要攻打卫州”，盖州在山西，卫州有据可查为河南汲县。宋江孤军深入冀北，既不符合常理，也不符合常识。
征辽国、灭田虎和王庆三个故事十分突兀，使文章结构显得有节外生枝之嫌。一致认为此为后人拼凑的。因为在三大战役战中，除了张清等人受点皮外伤之外，其他将领们毫发未损，这显然不符合战场常识。何心老先生在其《水浒研究》提出反对意见：他认为这是原著无疑，只不过是作者写法上的幼稚拙劣而已。老先生的证据是各种本子中，都有《柴进簪花入禁苑》一节，而其中有柴进见睿思殿背后御书四大名寇姓名“山东宋江、淮西王庆、河北田虎、江南方腊”。因此他认为三大战役都是原本上有的，而非后来作者凭空添加。我觉得这并不能成为三大战役都是原本的铁证，因为这并不能说明什么，只要有点逻辑性的作者都会注意到三大战役的突兀性，为了使其前后呼应，在《柴进簪花入禁苑》一节中简单地加上一个前后照应的伏笔，这易如反掌。
