电影从女主角爱丽丝的苏醒开始，为观众造设出了一个恐怖的生化危机。爱丽丝醒来时，发现自己置身于一个实验室里，自己似乎是被什么人劫持而来。此时她正置身于保护伞公司的核心“蜂巢”下，而蜂巢内部，一场精心酝酿的生化危机正在上演。某人在打碎了装有T病毒的试管，使得蜂巢内部的人员受到感染，成为丧尸。蜂巢的管理系统“红后”为遏制这场生化危机，下达了所有感染的人都要死在蜂巢里的命令。爱丽丝跟着一些没有被感染的伙伴，一边与丧尸们打斗，一边寻找出去蜂巢的机会。最终只有女主和一个伙伴麦特逃出生天，出来的时候却被保护伞的工作人员制服，成为了下一项计划的实验品。第一部就此结束。
第二部的时候，爱丽丝再次醒来，发现自己已经成为了保护伞公司最新型的生化实验品，拥有超强的力量、感知能力和灵敏度。此时T病毒已经迅速蔓延，为了找出和拯救幸存的同胞，爱丽丝和其他伙伴组成调查组，深入拉科恩城腹地进行调查。除了面对丧尸大军，他们还遇到了更加强大的敌人——那就是第一部中与爱丽丝逃出来的伙伴变异成的复仇邪神。这一切都是冷酷自私的保护伞负责人为遏止T病毒的传播所想出了想法，那就是毁灭地球。爱丽丝要与其斗智斗勇，首先就要打败复仇邪神。在最后一刻，爱丽丝认出了麦特，麦特也认出了爱丽丝，为了保护爱丽丝，麦特挡住了炮弹，被炸成了碎片。爱丽丝干掉了保护伞的负责人，与伙伴们坐着直升飞机逃离。此时时间已到，早已设置好要毁灭拉科恩城的核弹爆炸，爱丽丝他们没来得及逃开，直升机因核弹的巨大威力而坠毁。保护伞的人员寻获了爱丽丝的踪迹，将爱丽丝带回实验室，企图将爱丽丝变成他们的武器。但爱丽丝醒来之后回忆起了之前的事情，逃离了实验室。第二部就此结束。
爱丽丝逃离之后，保护伞公司启用了“爱丽丝计划”，企图通过卫星控制爱丽丝的行动。此时T病毒已经迅速蔓延，幸存者少之又少，爱丽丝的伙伴们正在寻找着幸存者。爱丽丝因为拥有了超能力，知道自己随时会被卫星发现行踪，为了保护她的伙伴，爱丽丝选择离开她的伙伴自己行动。但在她的摩托车坏了之后，她没有办法，只能加入了她的伙伴中。此时保护伞公司因为失去了爱丽丝的行踪，根据爱丽丝的基因复制出了无数克隆人作为实验品，企图复制出一个同样有超能力的爱丽丝。爱丽丝无意中发现了一本书籍，知道了北方的阿拉斯加州是一个没被污染的“洁净之地”，于是她劝说了她的伙伴向阿拉斯加州进发。然而卫星发现了她的踪迹，企图控制爱丽丝。但爱丽丝通过自己的意志力摆脱了控制，也无意中发现了这一切灾难都出自保护伞公司。如今人类濒临灭绝，他们这些仅存的人类该如何做呢？爱丽丝和她的伙伴们决定杀向保护伞总部来终结这一切。爱丽丝运用自己的超能力和智慧，杀死了伊萨克斯博士，也发现了依旧存在的她无数个克隆体。爱丽丝带着这些克隆人走向了寻找保护伞高层人员的道路。第三部到此结束。
继上一部剧情，第四部的场景借鉴了《黑客帝国》中的一些元素，特意放慢了动作场景，将打斗场景渲染地特别出彩。爱丽丝带着自己的克隆人军团，终于深入到了保护伞公司的内部，在她设计好与保护伞负责人威斯克的对决的时候，却不料被威斯克注射了T病毒抗体，成为了一个普通人。失去了超能力的她只能从头开始，开着飞机去了阿拉斯加州，寻找世界仅剩的没有被污染的地方——阿卡迪亚。在这里她只找到了之前认识的克莱尔，并没有找到任何人。为了寻找答案，爱丽丝开着飞机准备去往洛杉矶，却在途中遇到了一些还没有被感染的人类。这少数的几个人成为了她的伙伴。这些人躲在一个监狱里，外面围着的全是丧尸。爱丽丝知晓真正的洁净之地就在洛杉矶外的那个名叫“阿卡迪亚”的船上，可是飞机载不下那么多人，他们只好另寻方法。爱丽丝在监狱底层看见了一个被锁住的人，她不顾别人的反对放出了这个人。这个人正是克莱尔的哥哥，他知道怎么逃出去。在她们准备逃出的时刻，战神再生，为了对抗战神，他们几人斗智斗勇，最终成功逃离，来到了阿卡迪亚船上。没想到在船上的竟然是保护伞的负责人威斯克，爱丽丝与其斗争，最终将威斯克杀死。正当一切好像要结束了的时候，保护伞的另外一名高管带着直升机战队来临，一场战争在所难免。
第五部的电影因为有了李冰冰的加入，因此吸引了许多中国人的关注。爱丽丝在上一部的战争中被保护伞的高管抓获，这个高管正是当初曾经与她作战的伙伴吉尔·瓦伦丁，只是因为被控制不记得之前的事情。此时，李冰冰饰演的艾达·王将爱丽丝放出。吉尔·瓦伦丁带领着军队追赶两人，爱丽丝与艾达·王也在一步步的逃离中逐渐逼近真相，看到一系列相当令人震惊的可怕的启示，也逼迫她去思考之前自己一直以为是现实的一切。原来，之前她经历的一系列生化危机只是保护伞公司为谋暴利制造出的一个假象，她只是保护伞公司的一个实验品而已。她们也得知，红后准备以此为蓝本毁灭整个世界，负责人威斯克也与他们合作，想要组织红后的阴谋。同时，艾达·王的同伙来到了保护伞公司的另一个总部，想要营救爱丽丝等人。他们设定了一定时长的时间，想在拯救出他们之后将这个总部炸毁。可是吉尔·瓦伦丁等人一直在后面追赶，给他们带来了不少麻烦。最终，爱丽丝等人与吉尔等人搏斗，爱丽丝成功唤醒了吉尔的记忆，也终于打败了保护伞的残存势力。在她们去找威斯克时，威斯克重新为爱丽丝注射了T病毒，爱丽丝又一次拥有了超能力。
终于，到了第六部的时候，一切就应该结束了。编剧在这里发挥了特别必要的作用，第六部是对生化危机系列电影的完美的总结。在这一部，所有的谜题都得到了解决。威斯克当初欺骗了爱丽丝等人之后又背叛了他们，而红后此时竟然愿意帮助爱丽丝，指引爱丽丝去蜂巢进行最终决战了。她告诉爱丽丝，在蜂巢有一瓶空气抗体，能够结束这一场生化危机。于是爱丽丝跟着她的伙伴们走向了蜂巢。此时爱丽丝遇到了伊萨克斯博士，才知道之前她杀死的伊萨克斯博士只是一个复制品。威斯克为阻止爱丽丝进入蜂巢，设置了一系列困难，都被爱丽丝化解。红后在威斯克不知道的情况下为爱丽丝指明了道路，并告诉爱丽丝，有一个线人在她的伙伴里。危机愈发深重，很快爱丽丝的身边只剩下一个伙伴。爱丽丝知道身旁的这个伙伴就是线人，于是机智地拿走了线人枪里的子弹。等到摊牌的那一刻，爱丽丝见到了又一个伊萨克斯博士，真相这才水落石出。原来，伊萨克斯博士为了一己私利，经过理事会的同意，决定特意使用T病毒来毁灭地球，有钱人可以通过花钱冷冻自己，避免受到T病毒的感染。而之前出现的伊萨克斯博士，都只是为这场战争复制出来的复制品。随着剧情的缓缓推进，一个苍老的女人推着轮椅过来，真相才更加明了。原来，当初保护伞公司的创始人为了拯救自己早衰的女儿艾丽西亚，特意找到了T病毒准备拯救自己的女儿，可是这个发明却被伊萨克斯博士篡夺。无论是系统红后，还是爱丽丝，其实都只是艾丽西亚的父亲以她为原型制作的。谁也想不到，爱丽丝其实也是一个复制品。伊萨克斯博士与爱丽丝进行了决斗，爱丽丝设计炸死了博士，自己的一只手的手指也被博士割断。得知真相的爱丽丝无法接受事实，但是为了全人类的未来，她毅然决然地选择了立刻跑到蜂巢外，将这一瓶空气抗体打碎。这时重新复活的伊萨克斯博士赶来抢走了抗体，却被自己的复制品杀死。爱丽丝将装着抗体的试管打算，终于终结了这次生化危机。
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