这时这里又来人了，等待片刻原来是她，是尼基，她在柏林行动后被派到这里。这时办公室电话响了，伯恩让尼基接起沃森，用行动密码确定尼基身份并得知这里没有别人，只有两名特工不省人事。
接着兰蒂接过电话，他告诉尼基，有人认为伯恩还是个威胁，但是她不这么认为，只有和伯恩谈谈才能知道真相。沃森立刻按下静音键，他觉得伯恩是个威胁应该立刻除掉，他这才猜到伯恩可能在旁边。于是他告诉尼基稳住现场后援一小时就到。可是尼基告诉伯恩还有三分钟，还有她的车就在外面。尼基想帮助伯恩逃走，伯恩立刻打电话报警。
这里是卡里诺街334号，刚听到枪响有人喊叫应该是美国人，动作干净利落。下楼时尼基说尼尔在早上八点电汇了十万美元到丹吉尔的一个账户。他们要立刻前往那里，离开后沃森的特工已经赶到。接着伯恩报警的警察也已经赶到，于是在他们离开时，发生了这样的场景。当地警方包围了沃森的特工。沃森又懵逼了，又一次自信的跟丢目标。他下达指示，见到伯恩格杀勿论。
晚上兰蒂找到沃森，她想要知道黑蔷薇到底是什么。黑蔷薇计划开始是监视计划，现在它是保护伞，掩护我们所有幕后行动，其实就是以监视行动打幌子的绊脚石计划。而绊脚石计划是一个暗杀计划，他们不用等华盛顿的命令，无需许可证，在这间房间就可以发布指令，兰蒂对这肮脏的计划感到可耻。
上船前尼基问伯恩为何要回来，为何要找尼尔。伯恩拿出照片，他说记得参与绊脚石计划的开始，尼尔带他去见右面那个男人。可是他忘记当时发生过什么事。尼基含情脉脉的看着伯恩，她只知道对伯恩的训练是实验性的，只有让特工瓦解才能负责行动。伯恩是第一个实验品，伯恩想知道尼基为何帮他，你真的什么也不记得了。
兰蒂的助理发现沃森的阴谋，他们已经找到尼尔，并且冻结了尼尔的汇款账户。准备用尼尔作为诱饵引诱伯恩将其干掉。这是前往丹吉尔的船上，尼基依然含情脉脉。
到达丹吉尔后尼基运用自己身份登陆系统查到沃森已经派出杀手，他让尼基给杀手发私信，给他一部新的手机。他要通过杀手找到尼尔的位置，尼基备好手机在一旁等候，杀手取走手机然后骑摩托离开，伯恩则挑了个老实人顺了一把车钥匙。
接着紧随其后，沃森的人注意到杀手脱离了路线，发现那个位置出现了尼基，他命令杀手干掉尼尔后让他解决掉尼基。兰蒂终于控制不住情绪，因为沃森根本没有了解情况就对自己人尼基下了暗杀令，兰蒂主动退出行动，她已无法忍受。
杀手向尼尔的方向移动两张暗杀名单发到手机上，而这时他在后视镜清晰的看到伯恩，待宰的羔羊尼尔一直在等电汇到账，到账后就隐退江湖逃之夭夭。
就在杀手即将赶到，沃森命令解除冻结尼尔的账户。尼尔的钱终于到账了，他赶快退了房开出自己的豪车。即将和杀手狭路相逢，伯恩骑着小摩托看到杀手停在一旁，然后拎着包包离开，接着又将包包丢在地上。他猜到包包一定是炸弹，立刻拦住开车驶来的尼尔。接着回头看了看杀手，又看到一旁的摩托，一切为时已晚，摩托车才是炸弹。
伯恩倒地不起杀手扭头离开。过一小会儿，伯恩奇迹般地苏醒，迅速起身逃离这里，顺了一辆越野摩托，在警员的眼前火速离开，看看这招多么酷。这种街头太适合摩的逃亡，窜上楼梯。穿过小巷，他知道杀手对自己动手，尼基一定很危险，尼基发现不对劲，看到杀手向她而来，于是将手机掰碎一块块的丢在地上。
杀手放下摩托徒步追击，伯恩也一样。接着看到地上留下的信号，伯恩身后大批警察追踪，他现取材料扔进炉火中，拉住做饭的男人以免他受伤。接着撂倒迎面而来的警员夺过一把手枪。
接下来这段超帅伯恩爬到房顶，注意看到远处的尼基，当然还有紧随其后的杀手。接着迅速奔跑，抓起两件衣服缠在手臂上。警员穷追不舍，直到这个有玻璃碴子的枪警员被隔在后面。杀手安装消音，他是一位智勇双全的狠角色。尼基爬到楼顶杀手听见声音。接着，伯恩也看到他们，但是间隔他们好几条胡同。于是，伯恩狠狠一跳进入一家，从厨房窜到客厅，有一位型男在健身接着再跳。又是一户人家，一个孩子有些懵，杀手即将得逞，他已经和尼基近在咫尺。
这时伯恩继续迅速奔跑，撞碎玻璃，开始和杀手展开决斗。这是伯恩遇见的对手比较实力相当的，即使掰住手腕，也能轻松的展开。再将伯恩怒砸在地上。伯恩拿起一本书挡住杀手手中的金属棒，用知识的力量占据上风。几下快斗后，他被甩入卫生间丢垃圾桶捡起毛巾。杀手拿起剃刀，他们在四平米的地方展开肉搏，之后改为近战。
伯恩用毛巾缠住杀手脖子，在垂死挣扎下，杀手失去性命，与死亡擦肩的尼基得救了。伯恩拿出杀手电话，让尼基发密信给上面说我们已经死了，沃森终于开心了。但为了万无一失，他要让手下寻找尸体。沃森将此事告诉局长，说正在让人何时情况。局长很担心，绝对不能让我暴露。如果黑蔷薇计划泄露，他们都会卷铺盖重新来过。尼基染了一头黑发，并为自己简单的修剪。
为了帮助伯恩她不得不踏上逃亡之路。我们该出发了。伯恩将尼基送上大巴，会好起来的。伯恩来到殡仪馆，找到尼尔爆炸后的遗物，在这里找到中情局的文件碎片。婀熟的交钱后离开。这里是纽约。沃森的手下告诉他，尸体找到了。是戴仕(杀手)，兰蒂的助理也找到她。一个叫吉尔伯特的人刚入境。这是绊脚石行动中伯恩的化名之一，伯恩还活着，但是竟然用这个名字，一定是想让她们知道，助理觉得也许是在和他们联系。兰蒂决定要做出回复。
伯恩下飞机后，吉尔·伯特皮安特吉尔·伯特皮安特，你的伙伴在等你。就这样，确认过眼神，伯恩和兰蒂对上线，伯恩找到最佳监视点来到中情局对面的高楼上，取出萝卜哥留给他的狙击枪瞄准镜。这是谍影重重最为经典的一段。不要眨眼仔细观看，伯恩用狙击枪瞄准镜，清晰地看到帕梅拉兰蒂。接着往左移动，一个印有黑蔷薇计划的资料，被男人装进文件袋。接着放入保险柜，这个保险柜是需要声控和指纹才能打开。
前面镜头出现过诺亚沃森，看来它就是黑蔷薇计划指挥官。接着伯恩打给兰蒂，也就是谍影重重2结尾的那段经典对话。而谍影重重2没说的是，这次对话被沃森监听。兰蒂向伯恩表示感谢，因为协助她破了七年前的丁W案。是官方的吗？不非官方的你知道的。追踪结果再见等等。
兰蒂告诉伯恩他的真实姓名叫戴维韦伯，生于71年4日15日密苏里州尼克萨，她想和伯恩见面谈谈，好好休息一下帕姆，你看起来很疲倦，伯恩正在看着她。当然这句话不是在装酷，而是两个高手在传递信息。沃森立刻让全员行动封闭周围12个街区。
当兰蒂急匆匆的离开后，窃听兰蒂的电话跟踪他。伯恩没有打电话而是发信息告诉兰蒂，沃森智慧的截取了短信内容，都铎城路42号街10分钟后单独见面。沃森派出所有人在都铎城路埋伏他亲自指挥上阵。对于伯恩他势在必得。帕梅拉兰蒂赶来，所有人已经严阵以待，手下说那是一个死胡同，他不知道伯恩为何选择那里。老大告诉他，伯恩这么做一定有他的想法。沃森说的没错，伯恩确实有他的想法，那就是调虎离山。此时的伯恩已潜入中情局进入诺亚沃森的办公室。诺亚沃森，我是杰森伯恩，我还在想你什么时候能给我打电话，你怎么得到这个号码的，你不会真以为我去都铎城路吧。伯恩拿到沃森的指纹。
也许我们可以安排一个会面地点：你现在在哪，我在我办公室。我不信，你为什么不信，如果你现在就在办公室，那我们就是在面对面谈话。伯恩不是和他闲聊，要的是他们的第一句话：诺亚沃森。就这样伯恩窃取了黑蔷薇计划的资料，里面都是不为人知的肮脏秘密。沃森撤回监视兰蒂的所有人，兰蒂也坐上助理的车，她知道该去71街415号等待伯恩。伯恩已经逃出，但是哪有那么容易。
两名特工紧紧追击伯恩砸碎汽车玻璃，启动后立刻向前面撞去，然后躲着子弹猛烈倒车。接着从数米高的高台掉下，汽车骨架完好无损，被动安全堪称完美，就是玻璃不太结实，伯恩毫发无损，钻出后离开。赶来的警察拦住伯恩，一名杀手也突然出现，直接对着警察开枪。他不允许有人和他抢伯恩，伯恩趁机坐上警车，然后狠踩油门开走。随后追踪的便是那名杀手。
沃森手下终于发现，兰蒂告诉伯恩的生日是71年4月15，而他真的生日却是70年9月13。原来这是一个密码。沃森听到这组数字后，立刻明白，这组号码表示东71街415号。这是伯恩最后的训练地点。SS和伯恩展开激烈飙车戏，但这辆警车明显没有刚刚那辆结实，后杠已经被撞的稀巴烂。但在危险的最后一刻，伯恩拽紧副驾安全带，接着发生严重碰撞，双安全带的保护。
伯恩从风挡安全走出，看着受伤的外勤3号，伯恩没有开枪，而是背着包包离开。阿尔伯特医生接到电话，沃森告诉他伯恩去了。伯恩来到415号，在这里他遇见等待的兰蒂，将黑蔷薇计划交给兰蒂。接着他要去上楼。伯恩开始于这个地方，此时沃森的人已经陆续赶到，兰蒂赶快发送机密文件，伯恩则来到那个他熟悉的地方。沃森率先找到帕梅拉兰蒂，可惜已经为时过晚，最后一张不为人知的秘密发送成功。你最好找个好律师。伯恩曾被带进这间房间。接着阿尔伯特医生出现带他进入那决定任务的房间。医生说是伯恩自己选择了他们交出戴维韦伯的牌子，决定执行任务为伯效力。他突然想起来训练的最后一步，是医生诱导他必须干掉带头套的人，就正式加入任务。
伯恩想了很久，伯恩现在才明白黑头套下面不是敌人，如果当时没有开枪，自己可能就是下一个戴黑头套的人。每一个特工训练完毕都会来到这里被医生摧毁，通过药物或者心理上，让他们忘记自己是谁，死心塌地为他们工作。
他不准备杀了阿尔伯特医生，因为他不配调兵赶到伯恩立刻跳窗而逃，他向楼顶跑去，在楼顶刚刚放过的杀手截住了他。伯恩想了想，第一步中罗布哥的话特工们陆续冲出来。还有诺亚沃森杀手放下手枪，伯恩迅速奔跑，在十层高的大楼上一跃而跳。
家庭上黑蔷薇的丑闻公布于世，局长接受司法调查。阿尔伯特医生被捕，他是黑蔷薇计划的策划者。世纪主管诺亚沃森也被捕，但是杰森伯恩下落不明依然是个谜。他是揭露黑蔷薇计划的关键人物。报道称伯恩被击中，从曼哈顿的十楼屋顶跳下坠入纽约东河。但是三天搜索液体仍然没有找到。正在看新闻的尼基从表情僵硬到突然一笑，他知道伯恩还活着。
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