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种植过食用菌的菇房，消毒灭菌彻底与否关系到下一批菇的优质高产。消毒灭菌彻底，把原菇中残存的有害微生物的菌体、芽孢、孢子和有害的病虫的成虫、卵、幼虫杀死，下一批菇生长就缩小了感染源，减少了发病机率，种植就不易发生病虫害。因而可少用药或不用药，夺取生产的优质、高产、高效；反之，就容易诱发病虫害的发生，既添加了用药费用，给食用农产品的安全卫生带来隐患，同时影响种植作物的优质、高产、高效。
旧菇房消毒可采用如下步骤：1.清理打扫干净，把菇房中的原种植的残留物、培养料等等全部清除菇房，置于500米以远的地方另行处理；2.把菇房架子、工具用水冲洗干净放到室外太阳底下晒，菇房内墙、地面扫清后用水冲洗；3.菇房通风，打开门窗进太阳，有条件的棚可以把棚顶敞开，通风、干燥20-60天。菇房干燥后，用敌敌畏熏房，杀虫剂喷打，床架、店面、墙面、房顶杀虫，用多菌灵、托布津细细喷打2-3次；4.菇房内各地各处及菇房周边撒施漂白精或生石灰。你计划用的石灰是生石灰，也就是建筑用的块状或粉末状的生石灰。千万不能已经水解了的熟石灰。因为生石灰（CaO）具杀虫、杀菌作用，而熟石灰Ca（OH）2（生石灰加水后，化合反应生存物）杀菌、杀虫的效果差。生石灰和熟石灰最大区别是一个呈固态或块状或风化后呈粉末状，而熟石灰则呈糊状或白色泥样。
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