甲状腺疾病种类较多，大概可以按照有无甲状腺功能异常，而进行有差别的治疗。
对于甲状腺功能异常的甲状腺疾病，常规治疗常通过降低消除或者补充激素制剂提供有效治疗手段。比如治疗甲亢需要抑制激素的生成，而甲减则需要补充激素。选择哪种疗法，医生将根据甲状腺功能、年龄、一般情况和用药史进行评价选择。尽管亚急性甲状腺炎能引起暂时性甲亢，这并不需要治疗，任何与甲状腺发炎有关的疼痛都可用醋氨酚或阿司匹林缓解。应用药物的方法无效的情况下可考虑外科手术，但患者年龄应小于45岁。偶尔，药物治疗的甲亢患者可发生甲减。甲减和行甲状腺切除的患者，外科手术和常规药物均不能增加甲状腺素的产生，而需终生进行激素替代治疗。
甲状腺癌常行外科手术切除术，如果癌已播散至甲状腺以外的任何组织如颈部淋巴结，可一并切除。对于良性甲状腺结节只有在肿块较大，对周围器官产生压迫症状才考虑外科手术；对于较小的结节，可考虑超声检查随访，观察结节有无变化；当然，若患者心理负担较大，较小的结节也可考虑外科手术。
最新的治疗进展是，甲状腺微小癌可以通过消融治疗，包括激光消融、微波消融等，这种治疗效果与外科治疗相当，但几乎没有创伤，颈部不留疤痕，不过这只是针对乳头状癌而言，因为乳头状癌具有惰性癌的特性，因此强调术前的穿刺活检。
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