很多人不舒服到医院来检查，会问是不是核磁共振检查得最清楚，甚至会想当然的认为做了磁共振会把身体所有的部位都扫描到，就像探测仪一样，全身扫一下就知道毛病在哪儿了。磁共振可以检查全身部位吗？可以的，头部、颈部、胸部、腹部以及脊柱四肢都可以使用磁共振检查，但是磁共振检查非常耗时，一个部位就要一二十分钟，如果所有部位都做的话，加上摆位时间，估计得耗费一天时间，而且有些部位还不一定有CT清楚。磁共振检查过程中，不同的序列出现不同的声音，在一个狭小密闭黑暗空间躺一天，不可以动，而且呼吸运动还得配合技师，这个难度是相当大的，有幽闭症的人更不可能完成。
磁共振并不是检查神器，在某些方面它很有优势，在骨、关节与软组织病变的诊断方面，磁共振成像具有多于CT数倍的成像参数和高度的软组织分辨率，其对软组织的对比度明显高于CT，能够更有效、更早的发现病变。它可不用血管造影剂，即显示血管的结构，故对血管、肿块、淋巴结和血管结构之间的相互鉴别，有其独到之处。磁共振能显示心腔、心肌、心包及心内其它细小结构，是诊断各种心脏病以及心功能检查的可靠方法。对于胆道梗阻的病人，如果体质弱，无法行经皮肝穿胆道造影(PTC)和内窥镜逆行胰胆管造影(ERCP)的患者，可以选择MRCP（磁共振胆胰管成像），直接观察到胆道管腔内外病变情况，并根据病变部位、形态进行病因的判断，定性诊断准确率达64%～98%。
但是由于磁共振检查耗时长，会受到运动干扰，病人自主或不自主的活动可引起运动伪影，影响诊断，尤其是胸部及腹部MRI，因此对于肺部炎症、肺部肿瘤、腹部肝胆脾胰及淋巴结等实质性脏器行CT检查更合适。另外磁共振不适用于危重病人和急诊病人。核磁共振的层厚较CT厚，一些微小的病变存在漏诊风险。磁共振对于空腔器官及运动的器官，比如食管、胃肠道、肺部并不能很好的显影。除此之外，体内有金属及有心脏起搏器的人不可以做核磁共振检查。
所以，任何检查都有自身的优势和局限性，迄今为止，还没有哪个仪器能神奇到像孙悟空的火眼金睛。靠一种检查方法查全身的毛病，一蹴而就，一劳永逸，这个是异想天开的想法。
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