满洲八旗的旗主都由爱新觉罗宗室掌握。
具体来说，就是由努尔哈赤和其弟舒尔哈齐的后裔来掌控。有些人特意强调，八旗分为满蒙汉，总计二十四旗。但蒙八旗和汉八旗是没有独立旗主的，蒙汉八旗也归满旗旗主进行统领。
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旗主到底有什么特权，使其竟如此嚣张呢？满族人建立起的大清帝国算是中国史上的一个奇迹，但中原向来是汉族人统治，行汉族礼仪文化，由汉族制度统治。对于满族人来说要想让这样一个数字庞大的人群，井然有序的遵守满清制度而被满清帝国所用，就必须要有一个严格的制度，这便有了满清八旗。
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八旗最初是用于满洲（女真）人狩猎组织时创立的，后来演变为满清的八旗制度，由努尔哈赤于1615年正式创建。最初其实只有一旗，即努尔哈赤用来统帅满清军队的黑旗，但由于黑旗在夜晚不好辨别便改为了蓝旗。
八旗在清初有显赫地位，各级首领都由贵族担任。清朝的建立不得不说除了旗主的正确领导之外，还要有八旗子弟的奋不顾身、浴血奋战的努力。
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彪悍的八旗子弟为满清立下了汗马功劳，八旗子弟不仅仅只有满族人，还有汉人和蒙古人。为什么满族攻打的是汉族统治的王朝，汉族子弟还要充当满族的八旗子弟呢？
其实成为八旗子弟待遇是很高的，他们不仅可以赚钱养家糊口，而且就算自己犯罪被剥夺了八旗子弟的身份权利，你的后代也不会受影响，仍然可以成为八旗子弟。这种不连罪的制度在古代是很少见的，就显得非常诱人，所以汉族子弟也就纷纷加入。但对于八旗子弟是有要求的，旗主和八旗子弟之间必须保持着上下级或者说主奴之间的关系。
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至于八旗旗主具体是怎么更迭的？两旗时代：
最早的八旗制度，没有后来那么复杂，只有旗主和佐领两级。并且也没有八个旗，只有一个旗。后来他消灭了邻近的一大批部落，组成一支新旗，于是，努尔哈赤就将自己原有的黑旗交给了亲弟弟舒尔哈齐，然后他自己统帅新建红旗。后来改红旗为黄旗。
于是，最早的八旗雏形就出现了。一共只有两个旗，两个旗主，即清太祖努尔哈赤和他的同母弟舒尔哈齐。两人在当时被时人并称为“二酋”。
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三旗时代：
万历二十九年（公元1601年），努尔哈赤征服了海西女真四部之一的哈达部。他把哈达部的人丁编为一个旗，让自己的长子褚英和哈达部的首领吴尔古代（哈达纳拉氏）共同管理。这个哈达部的旗，旗色为白色。这便是正白旗的由来。不久后，褚英废除吴尔古代的首领地位，他自己独自成为旗主。同时，舒尔哈齐的正蓝旗得到了进一步扩充，这些蓝旗新归附的人丁，被封给了太祖的次子代善。所以这一时期，代善是正蓝旗里的“小旗主”。
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这个时期的三旗旗主分别是：
正黄旗——努尔哈赤；
正蓝旗——舒尔哈齐，代善（小旗主）；
正白旗——褚英
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四旗时代：
万历三十七年（公元1609年），正蓝旗旗主舒尔哈齐被努尔哈赤幽禁。正蓝旗的格局就因此发生了变化。注意了，下面的内容很重要。在正蓝旗中，原属于舒尔哈齐的佐领，一多半被舒尔哈齐的次子阿敏继承。剩下的原属舒尔哈齐，但没有划归给阿敏的佐领，则划归到了代善的名下。代善之前在正蓝旗中的原班人马，加上新划给他的人马，一起脱离出正蓝旗，独立为一个新旗，旗色为红旗。后来屹立二十多年不倒的正红旗也就是这么来的。
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正红旗成立后，也就有了四旗。这个时候的四旗旗主分别是：
正黄旗——努尔哈赤；
正蓝旗——阿敏；
正白旗——褚英；
正红旗——代善；
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万历四十二年（公元1611年），努尔哈赤将自己的长子、正白旗的旗主褚英幽禁，所以正白旗也发生了变化。正白旗大部分佐领被封给了皇太极。而剩下的一部分佐领，被褚英的长子杜度继承。于是皇太极就成了正白旗的旗主，而杜度则是正白旗的“小旗主”。
这个时候的四旗旗主分别是：
正黄旗——努尔哈赤；
正蓝旗——阿敏；
正红旗——代善；
正白旗——皇太极，杜度（小旗主）
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八旗时代：
万历四十三年（公元1615年），努尔哈赤下令将四旗扩充为八旗。他自己的黄旗分为正黄、镶黄两旗，均由他亲自统领。代善的红旗，也分成正红、镶红两旗，由代善和代善的儿子们统领（代善的儿子岳托和硕托均是镶红旗的小旗主）。原蓝旗的旗主阿敏，成为镶蓝旗旗主，属人没有变化。正蓝旗的旗主则由努尔哈赤的第五子莽古尔泰担任。另外，莽古尔泰的亲弟弟德格类担任小旗主。正白旗旗主不变，仍由皇太极担任。镶白旗旗主由原正白旗小旗主杜度担任，同时努尔哈赤把自己的第七子阿巴泰也塞进了镶白旗，与杜度共同组成了镶白旗（阿巴泰是小旗主）。
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这里额外插一句，当时的八旗的旗子，应该是没有图案的，也就是一面只有颜色的旗帜。四镶旗是在旗子中间加一条龙。我们今天看到的这种八旗旗子的样式，是公元1622年之后才确定的样式。
这个时期的八旗旗主分别是：
两黄旗——努尔哈赤；
两红旗——代善，岳托、硕托（小旗主）；
正白旗——皇太极；
镶白旗——杜度，阿巴泰（小旗主）；
正蓝旗——莽古尔泰，德格类（小旗主）；
镶蓝旗——阿敏；
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努尔哈赤晚期的八旗变动后金天命八年（公元1623年），努尔哈赤按照女真人“嫡长子继承皇位，嫡幼子继承财产”的传统。将自己的三个嫡幼子：18岁的阿济格、11岁的多尔衮、9岁的多铎，纳入自己亲自统领的两黄旗，并将两黄旗拆分，分别封给他们，使他们成为小旗主。
当时努尔哈赤的两黄旗一共有60个佐领，他把正黄旗的15个佐领封给阿济格，另外15个佐领封给多尔衮。再从镶黄旗分出15个佐领封给幼子多铎，剩下的15个镶黄旗佐领由他亲自统领。然后努尔哈赤立下遗嘱，等他去世后，他自己统领的15个镶黄旗佐领，也交给多铎继承。
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相当于就是说，阿济格为正黄旗旗主，多铎为镶黄旗旗主；多尔衮没有位置，于是努尔哈赤把镶白旗旗主杜度调到镶红旗，好让多尔衮继承镶白旗。结果这次调动还没有完成，努尔哈赤就突然死了。皇太极瞅准机会，迅速让儿子豪格抢占了没有旗主的镶白旗。这一下，皇太极父子就抢到了两白旗。
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这次分封后，由于正黄旗分给了阿济格和多尔衮，镶黄旗成了努尔哈赤唯一亲领的旗，因此镶黄旗就变成了八旗的头旗。很多人经常问，八旗之首是哪个旗？看到这里应该就知道了——是镶黄旗。
参考资料：《八旗制度》《八旗的由来、发展与兴衰》
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