2001年9月25日在著名的美国911事件发生后半个月，38岁的乔丹宣布了一个重要的决定，他将以奇才球员的身份第二次在NBA复出，乔丹与奇才队签下一份为期两年的合同，并表示会把自己第一年的全部薪水100万美金，全部捐给在911事件中遇难同胞的家属。
在正式复出前的8场季前赛，乔丹一共出场158分钟，砍下135分，其中在对阵篮网的一场比赛中，乔丹夺得41分，并且在第三节6分钟内拿下16分。由此可见，即使两年多没有打球，篮球之神的热身表现依然让球迷们充满期待。
2001-02赛季乔丹一共出战60场比赛，场均得到22.9分5.2助攻5.7篮板，在膝盖积水复发前的46场比赛中，乔丹场均25 6 5，当时奇才战绩26胜21负，排名东部第五，他和汉密尔顿率领的奇才队，一度打出9连胜的队史最佳纪录。
要知道这项纪录的第二名，是20年后威少和比尔搭档期间的8连胜，虽然乔丹的年纪大了一些，体力差了一些，不能再像过去那样长时间保持强大，但到了某些必要的时刻，他还是拥有瞬间的魔力。
2001年12月29日，乔丹在对黄蜂的比赛中一人轰下51分，成为了NBA史上单场得分50 年龄最大的球员，两天后他再次砍下45分10篮板7助攻，这样的趋势下，39岁的乔丹依旧有机会带领奇才打晋级后赛。
但在全明星赛之后，他却在与国王的比赛中撞伤膝盖，葬送了半个赛季的努力，乔丹受伤后，奇才的战绩一路下滑至37胜45负，最终无缘季后赛。但无论如何，乔丹整个赛季场均还是拿下了22.9分，排在得分榜第9，并带队打出了37胜的战绩，要知道，上一个赛季的他们仅仅取得19胜。
接下来的2002-03赛季，乔丹打满了82场比赛，是全队唯一一个赛季全勤的球员，并且场均出场时间达到37分钟。在全明星赛上，他超越贾巴尔成为了当时全明星历史上的得分王。
2003年2月21日，乔丹在对篮网的比赛中砍下43分，他刚刚在四天前度过自己的40岁生日，就此成为了NBA历史上唯一一位单场拿下40加得分的40岁球员，这是乔丹的最后一个赛季。虽然奇才依旧无缘季后赛，但饱受膝盖伤病困扰的乔丹，依旧可以交出场均20分6.1篮板3.8助攻的全面数据。
即使乔丹的状态已经远不如当年，但他对奇才乃至整个联盟带来的帮助是显而易见的，他在奇才复出的那两年，华盛顿的主场球票一场不落地全部售罄，并且只要有乔丹出现的客场都会场场爆满。
2003年4月16日，乔丹在客场完成了自己职业生涯的最后一场比赛这一次他真的退役了。
