作法自毙
商君之法太过刻薄寡恩，设连坐之法，制定严厉的法律，尤其是军功爵制度，造成秦国贵族多怨。
秦国公族赵良劝说商君积怨太深，宜"归十五都，灌园于鄙"、"不贪商、于之富，不宠秦国之教"，商鞅不听。
公元前339年的一天，赵良去见商鞅，商鞅对他说："当初秦国的习俗和戎狄一样，父子不分开，男女老少同居一室。如今我改变了秦国的教化，使他们男女有别，分居而住。我征调士卒大造宫廷城阙，把秦国营建得像鲁国、卫国一样。您看我治理秦国，与五大夫百里奚比，谁更有才干?"
赵良说："五大夫出任秦相，劳累不坐车，酷暑炎热不打伞，走遍国中，不用随从的车辆，不带武装防卫，他的功名永载史册，他的德行施教于后代……您又在封地南面称君，天天用新法来逼迫秦国的贵族子弟。公子虔闭门不出已经8年了，您又杀死祝欢，用黥刑处罚公孙贾。这几件事，都不是得人心的。您一出门，后边跟着数以十计的战车，车上都是顶盔贯甲、身强力壮、持矛操戟的贴身警卫，离开这些警卫，您肯定不敢自己出门。您的处境就好比早晨的露水，面临很快消亡的危险。您还打算要延长自己的寿命吗?那为什么不把封地交还给秦国，到偏僻荒远的地方浇园自耕;劝秦王重用那些隐居山林的贤才，赡养老人，抚育孤儿，使父兄相互敬重;依功序爵，尊崇有德之士，这样才可以稍保平安。您还要贪图封地的富有，以独揽秦国的国政为宠幸，聚集百姓的怨恨，秦王一旦舍弃宾客而不能当朝，秦国想要拘捕您的人还能少吗?您丧身的日子就会像抬起脚来那样迅速地到来。"
但商鞅没有听从赵良的劝告，依然我行我素。
前338年，秦孝公病危。
同年，秦孝公去世，其子惠文王赵驷即位，即秦惠王。
这时，商鞅想要告老退休，有人向秦惠王说:"大臣功高盖主就会危害国家社稷，对身边的人过于亲近就会惹来杀身之祸。现如今秦国的男女老幼只知道商鞅的新法，而不知道君上您。况且君上您与商鞅有仇，愿君上早下决断。"
正在这时，公子虔等人借机告发商鞅谋反，秦惠文王于是派人捉拿商鞅。商鞅逃亡至边关，欲宿客舍，客舍主人不知他是商君，见他未带任何凭证，便告诉他说"商君之法"(即商鞅之法)规定，留宿无凭证的客人是要"连坐"治罪的。
商鞅想逃到魏国去避难，但魏国因他曾经背信攻破魏帅，并生擒公子昂，拒绝他入境。无奈，商鞅便潜回到他的封地商邑，立即组织邑兵北出击郑国(今陕西省华县)。
秦国遂发兵讨之，商鞅兵败，被杀于郑国黾池(今河南渑池)。
其尸身被带回咸阳，秦惠王又下令处以"车裂之刑"，商鞅的家族人员也尽被杀害。
商鞅虽死，他所推行的新法并没有被废除，而是一直影响着秦国乃至以后的秦朝。
评价
由于独尊儒术和严刑峻法的缘故，历史上对于使用暴力手段进行快速改革的商鞅的评价并不是很好，以至于千百年后的人们公认秦国为虎狼之国。
司马迁在《史记·卷六十八·商君列传》中对商鞅评价不高，他认为商鞅用肤浅的帝王之术取悦秦孝公、通过秦孝公的宠臣景监走门路这些不光彩手段获得重用后，在秦国国内采用近乎"暴力"的手段进行快速改革、处罚公子虔、欺骗公子、不听赵良的劝告，这些足以证明他是个刻薄少恩的人。班固认为商鞅变法造成百姓贫富悬殊加剧以及诸侯国之间相互兼并，严重影响了社会的安定。他还批评商鞅鼓励发动战争，致使横尸遍野、生灵涂炭。
商鞅严格执法、滥用酷刑的行为招致普遍的怨恨，西汉的儒生也认为商鞅的严酷刑法是造成秦朝快速灭亡的重要原因，《旧唐书》甚至将商鞅评价为酷吏。
但是，也有人肯定商鞅，比如王安石:"自古驱民在信诚，一言为重百金轻。今人未可非商鞅，商鞅能令政必行。"这是在肯定商鞅的治国方略。而《资治通鉴》中说:"昔齐桓公不背曹沫之盟，晋文公不贪伐原之利，魏文侯不弃虞人之期，秦孝公不废徙木之赏。此四君者，道非粹白，而商君尤称刻薄，又处战攻之世，天下趋于诈力，犹且不敢忘信以畜其民，况为四海治平之政者哉!"
虽说商鞅刻薄，所谓"乱世用重典"本也无可厚非，反而说明商鞅之诚信品质。
