普罗米修斯。人类发现了一颗亿万年前的巨大头颅，科学家想通过电流刺激来读取大脑记忆。于是拿着螺丝刀插进了头颅的后脑勺。伴随着电流的增强，头颅竟然睁开了眼睛，随后露出了痛苦的表情。
异形前传，有多少人因此入坑《异形》，并伴随有不明液体流出。眼看情况不妙，科学家赶紧把头颅冷冻保存。可是下一秒，头颅直接原地爆炸。科学家把碎片拿去化验，结果惊呆了所有人。这个未知生物的DNA竟然和人类一模一样，是我们和我们一样，这个神奇的发现证实了他们那个大胆的猜想。
亿万年前，在人类诞生之前，一艘巨大的外星飞船光临地球。下来一位表情严肃的神秘男人，他脱掉外套露出浑身的腱子肉，然后打开一个盲盒，仰头喝下了里面的不明液体。片刻间他的身体开始迅速溃烂。残破的躯体顺着奔腾的瀑布落入水中，而他的DNA开始和水里的微生物自由结合。而后不断复制不断重组，最后形成新的细胞，这便是人类的起源。
直到2089年，人类终于有了探索宇宙的能力。
于是一艘普罗米修斯号宇宙飞船，载着17人飞往外太空，试图探索人类到底从哪来的终极奥秘。而机器人皮特是本次旅行的负责人，他除了没有喜怒哀乐的情感，其他各方面都比人类强悍。经过两年多的航行，他们即将到达目的地。皮特将队友们从休眠舱里唤醒，随后向他们播放了一段影像。原来这次航行是由这位富豪老头赞助，用来探索人类起源的，并把祖先称为工程师。而皮特也是他创造的。
不久后他们抵达目的地，并发现了一个神秘的巨大堡垒。从外观看去不像是天然形成，更像是人造的。穿戴好装备后他们开始向堡垒出发，进入堡垒后放出了多个探测仪。经过探测仪的扫描，洞内的结构造型，以3D图像的方式实时传回船舱。此时他们发现洞内的氧气含量很足，于是大家纷纷摘下头盔，开始尽情呼吸外星的空气。好奇的皮特在一面墙上胡乱按了几下。枪声枪声人不知从哪冒了出来，疯狂逃窜。他们像是在躲避什么追击，循着影子人逃跑的方向，大家很快便发现了无头死尸。根据影像判断应该是被石门砸断的。这时两名队员怂了，说这里有不干净的东西，随后便抛下众人擅自返回船舱。而这时一旁的皮特刚好打开了洞穴的大门，影子人的头颅果然在里面，旁边还有一个巨大的人形雕像。而地下密密麻麻的放满了各种神秘罐子，上面还有不明液体在不停蠕动。就在这时，船长发来了一个紧急通知，说强悍的沙尘暴正飞速袭来，让他们赶紧撤回船舱。几个人赶紧装好头颅打算离开。而另一边的皮特则偷偷将一个黑色的管子装进了包里。等大家回去后发现，提前撤离的两个队员还没有回来，原来他们在堡垒中迷了路。船长说等明天风暴过去再接他们，可他们好巧不巧的闯进了刚才的密室。而此时的水里有个东西正爬向他们，只见它缓缓钻出水面，看上去呆萌呆萌的。科学家看到后兴奋不已，情不自禁的挑逗小怪物，没事没事没有事。不料小怪物缠得越来越紧，一旁的科学家赶紧掏出刀子，把它拦腰割断。
船舱内的科学家已开始研究带回的头颅，另一边的皮特拿出偷偷带回的罐子，从里面掏出5个绿色玻璃瓶，里面装着的是一种黑色液体，他打开后取出一滴粘在了指尖上。伟大常常始于渺小。为了检验液体的作用，皮特把它粘在酒杯里递给了约翰，约翰傻乎乎的一饮而尽。随后借着酒劲回到房间，和老婆肖博士亲密了一晚。可是当第二天醒来，约翰发现自己双眼通红，仔细一观察，眼球里竟然有虫子在蠕动，还没来得及处理，就被叫去营救那两位迷路的科学家。当他们再次来到洞穴，发现罐子里的黑水已经溢了出来，而科学家已经躺在地上不能动弹。当队友上前检查尸体时，小怪物竟然从嘴里飞了出来，迅速爬向了别处。此时约翰的身体也逐渐发生了变异，大家感到情况越来越不对劲，于是赶紧返回船舱。而另一边的皮特又发现了一个新的密室，这里整齐摆着更多的罐子，他随手按下室内的白色按钮。不料白色影像再次出现。只见工程师坐上了椅子，并操控白色按钮。随后整个宇宙的立体星象图，便出现在皮特眼前。原来这里并不是什么洞穴，而是工程师的宇宙飞船，很快一个蓝色星体被锁定。皮特把它捧在手里，发现这就是远古时期的地球。最后所有影像消失，看来工程师的目标就是地球。
随后皮特在休眠舱发现了工程师，经过一番观察后发现他竟然还活着，另一边队员们抵达了船舱外。不料其他队友却拿着武器阻止他们进入舱内，因为她怕变异的约翰污染船舱。为了不让大家为难，约翰选择牺牲自己，活活被火给烧死。而女友肖博士因为太过伤心，直接昏了过去。等她再次醒来时却听到了一个惊人的消息，皮特说她已经怀孕了3个月。
肖博士瞬间懵了，自己明明没了生育能力，怎么可能怀孕呢？而且她和约翰亲热也不过是10个小时前，肖博士请求皮特把孩子取出来，可是皮特却给她打了一针麻醉剂。皮特决定把她带回地球进行仔细研究。可当医生来到身边时，假装昏迷的肖博士趁机打倒了他们，然后跑进全自动手术室，开启了剖腹产手术。可没想到从肚子里取出了一只小怪物。
随后肖博士紧急关闭舱门，想用低温把小怪物给冻死。接着她来到了其他房间躲避，却碰见了资助本次探险的幕后老板。原来他也秘密跟了来。之所以斥巨资寻找人类的祖先，就是想让工程师给他续命，以求长生不老。转眼间他们再次来到工程师的飞船，皮特已经唤醒了处于休眠状态的工程师。
肖博士质问工程师为什么你们创造了人类，却又要打算毁灭人类。而一旁的老板只想着如何长生不老，命令皮特用外星语言进行翻译，工程师似懂非懂，只见他先是伸出手抚摸皮特的头，可是下一秒直接把皮特的脖子，随手把身边人全部摧残致死，只有肖博士侥幸逃脱。解决完了所有人，工程师戴上头盔，启动飞船打算毁灭地球，而他们的武器正是那些罐子里的黑水。
船长在观察3D扫描图形的过程中，发现了堡垒其实就是飞船，还从肖博士口中得知，工程师的目的就是毁灭地球，而这个星球只是工程师的军事基地。为了阻止工程师的阴谋，船长决定用他们的飞船当武器，用自己的生命换取人类的和平。放手！
另一边的肖博士已进入医疗舱，补充氧气时，惊讶的发现自己的孩子非但没死，还成了一个巨型怪物。就在此时工程师已经追了上来，情急之下肖博士打开舱门，巨大的触手，便死死缠住了工程师的脖子，最后竟把他给活活吃掉了。
就在肖博士感到绝望之际，一旁的已经头颅搬家的皮特告诉她，这里不光只有这一艘飞船，说自己可以带着她离开。随后肖博士便把皮特装进了包里，但她不打算返回地球，而是去寻找工程师的造物主，彻底查明事情的真相。随后在皮特聪明大脑的指挥下，两个人乘坐另一艘宇宙飞船，飞向了更遥远的外太空。但他们万万想不到，此刻在工程师的体内，钻出了一只更可怕的生物。
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