在上世纪八十年代，与内资企业相比，外资企业在工资分配上拥有更多的自主权。当时政策也允许这些企业可以不比照国有企业发放各类餐补、交通贴等等，以年终加发一个月工资来代替。从这个意义上来说，“十三薪”更多体现了各类补贴的综合发放。
随着国家对企业工资分配的改革，内资企业也拥有了工资分配自主权，一些内资企业也借鉴了“年底双薪”的办法。所以目前很多企业的“十三薪”也具有一定的年终奖励性质。
虽然法律法规没有对发放“十三薪”或年终奖做出具体的规定，它们属于企业自主管理的范畴，公司可以根据自身情况来考虑是否发放以及如何发放。但是如果劳动合同或单位规章制度规定有“十三薪”或年终奖，单位就都应按规定足额发放。因为这时无论“十三薪”或年终奖，都已经是劳动者的一种可期待利益，而不再属于企业单方决定的范畴。
但是实际运用中，“十三薪”与年终奖终究还是会有一些差异。通常“十三薪”更能体现激励的公平性，而年终奖更能体现绩效考核的结果。显然，用人单位还是可以根据不同特点灵活设置的。
另外，两者在计算基数上还是有所区别。年终奖在计算数额上，毕竟带有一定的不确定性。而对于“十三薪”的计算基数来说，如果用人单位有明确规定，则按照规定执行，如本案中就按约定的3万元执行。
但是如果用人单位没有明确规定，司法实践中倾向于按照劳动者当年平均工资作为计算基数。
另外，对于年中解除劳动合同而应当支付“十三薪”的，司法实践中倾向于按照解除前劳动者十二个月平均工资作为“十三薪”的计算基数。
