清代官方文献上，对于八旗的排序，在入关之前和入关之初，进行了数次修改。
在史料上，第一次见到八旗的排序，是《满文老档》天命七年四月份，排序为：1.正黄旗。2.镶黄旗。3.正红旗。4.镶红旗。5.镶蓝旗。6.正蓝旗。7.正白旗。8.镶白旗。当时，正黄旗、镶黄旗的旗主，都是太祖本人；两红旗，旗主皆为礼烈亲王代善，代善在太祖长子褚英被杀后，实际上成为门长，故而他的两个旗排在第二位；镶蓝旗的旗主阿敏，是舒尔哈齐的儿子，太祖的侄子，排在第三位；正蓝旗的莽古尔泰，是太祖的儿子，比镶蓝旗的阿敏小一岁，故而排在第四；正白旗的旗主，是后来的太宗，太宗是太祖的第八子，所以排在哥哥和堂兄的后面；最后镶白旗的旗主是杜度，是褚英的儿子，也是几个旗主的孙子或者侄子，故而排在最后。
到了《满文老档》天命八年六月十八日和天命十年的时候，余下六旗没有变动，但是镶黄旗取代正黄旗成为了“头旗”。这实际上是因为，在太祖末年，太祖将两黄旗，逐步分给三个幼子，即阿济格、多尔衮、多铎。所以最后导致自己亲领的旗分，只有镶黄旗的一部分。故而，此时居首的旗，自然是镶黄旗。类似这样的变化，在清代入关之前还有好几次。
直到世祖顺治朝中期，八旗的排序才正式确定，而且直到清末，再也没有变动过。所以我们看清代的史料，如《东华录》、《八旗通志》、《清史稿》等等，对八旗的排序皆为：1.镶黄旗。2.正黄旗。3.正白旗。4.正红旗。5.镶白旗。6.镶红旗。7.正蓝旗。8.镶蓝旗。正因为这种官方的排序中，镶黄旗一直都作为八旗之首，所以，在清代，有一个专用的名词来称呼镶黄旗，即“头旗”。这种格局，实际上也是在尊崇皇室的前提下，对血缘次序的一种尊重。我们看，镶黄旗、正黄旗、正白旗同属上三旗，由于两黄旗被皇室统帅的时间最长，故而居首。正红旗的旗主是礼烈亲王代善，是太祖实际上的大宗（门长），在宗室中地位最高，故而作为下五旗之首；镶白旗的旗主是肃武亲王豪格，是太宗的大宗，同为大宗，又是世祖的长兄，作为和皇帝血缘最近的旗，排在太祖大宗正红旗之后。镶红旗是礼王的支流，紧随其后。正蓝旗实际上是睿王多尔衮、豫王多铎的遗领，作为太祖的直系后人，排在大宗之后。而镶蓝旗旗主济尔哈朗，一来是由于血统稍远，二来是由于经历过舒尔哈齐、阿敏两次惩罚，作为太祖兄弟的后裔，排在了最后一位。
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