有市民咨询，12月中旬以来，莞惠城轨取消了晚上的班次的原因和后续情况。还有市民说，其每天坐7:37分那班车城轨从西平西到松山湖北站，最近却就调整了，坐8点多的肯定会迟到，建议调回班次运行时间。还有市民建议，东莞市政府、广州政府和惠州市政府争取莞惠城轨接入赣深高铁，这样可以快速解决广州东部和东莞市区高铁出行需求。
东莞市轨道交通局表示，经与广州局集团公司沟通了解，车次运行的变化（即调图）是铁路部门每年根据市场客流调查分析情况来优化铁路运力，既要有效满足旅客日常出行需求，也是对铁路资源的进一步科学配置。您可以通过中国铁路客户服务中心网站及12306客户服务热线了解城际轨道运行班次及其他与城际轨道有关问题。
莞惠城际已开通并由中国铁路广州局集团有限公司负责运营管理，由于莞惠城际本身是无砟轨道，建设时未预留增设股道及连接线的条件，技术上不支持直接在莞惠城际增设连接线与赣深高铁贯通运营。如果必须增设连接线将莞惠城际与赣深高铁连通，需对莞惠城际停运改造，将影响广大市民的出行，国家也难以批复。因此，莞惠城轨接入赣深高铁基本不可行。
有市民询问：穗深城际虎门北站跟广深港高铁虎门站同处一位置，但是却起了两个名字，容易混淆群众视听，建议统一名称。
东莞市轨道交通局表示，对于穗深城际虎门北站与广深港高铁虎门站相邻，能否使用同一站名的问题，由于两条铁路线路建成运营时序不同，按照铁路工程命名规则，新建车站名称不得与国铁网中已有车站重名，目前只有同步规划建设的国铁（高铁）和城际铁路车站，且共用站房的车站可以命名为同一站名。鉴于上述情况，穗莞深城际虎门北站站虽然临近广深港客专虎门站，但由于是分开的两座独立的车站，所以站名无法共用。
还有市民询问，寮步是否仍有高铁线路经过，或者设置高铁站？
东莞市轨道交通局表示，省发改委正牵头编制《粤港澳大湾区城际铁路建设规划》，由于我市地处粤港澳大湾区几何中心，将有多条线路途经我市并设站，具体线路方案尚未稳定，需待省发改委上报国家审批后确定。（你对东莞高铁、城际轨道及市内轨道设站怎么看，欢迎关注业主莞家，评论留言）
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