黑衣组织是一个笼罩在神秘色彩中的跨国犯罪组织。江户川柯南称其为“乌鸦军团”。工藤新一就是因为被该组织成员琴酒灌下药物APTX4869而导致身体缩小，开始了整个故事。
该组织的真实名称不详，片中一般以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称，组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定，黑衣组织是一个势力很广的大型犯罪组织，资产雄厚，并且在日本政界、经济界和科学界有很深的人脉。惯用手法是操控重要人物的生死，再暗中以金钱收买，开发谜样的药物以及足以影响全人类未来的程序。
组织的代表颜色为黑色，其成员都穿着黑色的衣服。除Boss外，主要成员都以酒名作为代号。内部有非常严格的纪律，不合格的成员、暴露组织身份的成员和背叛组织的成员都会被很快铲除，做事不会留下丝毫痕迹。而且保密性极强，即使成员之间也未必互相认识。
组织成立目的同样不详。成立时间不少于半个世纪，表现在TV 130《竞技场无差别胁迫事件（前篇）》灰原的自言自语：“工藤君，也许你不知道，你已经深深地介入到我们组织从半世纪前就开始的秘密计划当中了” 。从时间上推算，灰原说这句话大概在1995-1996年左右（按照柯南世界的时间）。往前倒推50年，刚好就是1945-1946年，这个时期刚刚好是二战结束日本战败的一年以内。
计划了半个世纪到底目的是什么？根据他们研究出的APTX4869，该药主要作用是诱导程序性细胞死亡，但同时强化端粒酶的活性，从而增加细胞的增殖能力。 一般情况下会导致服用者死亡，却因为细胞自我破坏程式的偶然作用，使除了神经系统以外的骨骼、肌肉、内脏、毛发的全部细胞都退化到了幼儿时期。研究该药肯定不是为了制造毒药，而是为了通过该药控制或者笼络一些人，根据上面推理出的那个时间，黑衣组织的头领很有可能是某位军国主义的顽固分子，为了日本帝国统一世界而研制APTX4869来招兵买马然后用某种程序造成破坏或者用来控制人类。
