移植期间的副作用包括预处理相关毒性、植入失败和移植物抗宿主疾病（GVHD）。
预处理相关毒性包括：
①胃肠道反应：恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应几乎不同程度地发生于所有预处理的患者中，一般延续至移植后1周；
②心脏毒性：环磷酰胺可导致致死性心脏病，期间会予加强水化、碱化、解毒等处理，促进环磷酰胺代谢物排出；
③出血性膀胱炎：表现为血尿、尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状；
④肝静脉阻塞综合征：表现为黄疸、肝脾大、腹水和不明原因的体重增加；
⑤间质性肺炎：表现为胸闷、气促，甚至肺泡出血；
⑥生长发育延迟及各种腺体功能降低。
植入失败：指移植后骨髓功能不能达到稳定、持久植入的情况。表现为移植后21天（或最迟至28天）中性粒细胞没有达到0.5×10^9/L。
GVHD：是异基因造血干细胞移植的重要并发症和主要死因之一，急性GVHD是发生在移植后100天以内的排除反应。皮肤、肝脏和胃肠道为主要表现，超急性GVHD以发热、全身皮疹、皮肤脱屑、水肿等为主要表现，常发生在移植后一周左右，可以进展迅速。
慢性GVHD是发生在移植后100天以外的排除反应，最常累及的器官是：皮肤、口腔、肝脏、泪腺等，常表现为：皮肤改变苔藓样丘疹、皮肤硬化期、皮肤纤维化、干燥综合征、关节炎、闭塞性细支气管炎、胆管退化和胆汁淤积。
在存活超过半年的患者中，20%～50%会发生慢性GVHD，在年龄较大、配型不合或非血缘移植存活中既往发生急性GVHD的患者中，慢性GVHD发生率更高。
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