魔法部可能是《哈利波特》系列中最值得探索的校外地点之一，这座秘密建筑是魔法机构各部门的所在地，是探索魔法之奥秘的地方，也是整个系列的情节线中心，但细心的粉丝特发现这里也存在一些值得可疑的情节漏洞。从哈利和他的伙伴们轻易闯入大楼，到各个部门所遵守的相关制度，围绕魔法部的故事有时甚至都让人不知所云。
魔法部的安保太弱了
哈利和他的朋友们第一次闯入魔法部是在《凤凰社》，当时他们只有大约15岁，当时可以认为是伏地魔和食死徒暗中协助了他们，但当他们后来在《死亡圣器》中再次闯入时，这种理由似乎就不太合适了。
这一次，哈利是在被大家认为是“头号不受欢迎的人”的时候溜进去的，而且他溜进去时并没有依靠那件独特的隐形衣，只是复方汤剂。看来闯入魔法部根本不是什么难事，而魔法部应该更加重视安保方面的工作，这种安保体系跟它的地位完全不匹配。
魔法部的入口方式是多余的
哈利三次进入魔法部，都是走的复杂的公共入口，这里似乎设定有多种入口，而且每一种都古怪而神奇。第一次，哈利从麻瓜的电话亭里进入，后来，他不得不在公共厕所里用冲水的方式进入。
这些入口方式的元素看似都非常有趣，但它们远比利用魔杖进入要显眼得多，麻瓜们不难发现一个巫师突然从电话亭的地板下掉下去，或者注意到进入公共卫生间的人只进不出的怪事。所以，反而不那么华丽花哨的方式才会更有避开麻瓜的效果。
有关未成年巫师的规定不合理
《密室》是哈利在校外使用魔法而惹上麻烦的第一个例子——这是《哈利·波特》系列中魔法部首次对哈利做出的回应。但是，在《死亡圣器》的后面，哈利惊讶地发现，魔法部只能发现麻瓜出身的学生在校外使用魔法的情况。
这就意味着，不管是谁，只要在德思礼家附近使用魔法，哈利就会背锅，这几乎不会有任何反驳的余地。可想而知，任何成年巫师都有可能来拜访大名鼎鼎的哈利·波特，甚至是费格太太的任何一位巫师亲戚也会出现在附近。当然了，这种可能性或者根本就无关紧要，如果这真的是一个有意义的规定，那这个判定系统绝对太不合理了，否则它的存在只能说是为了推动情节发展。
亚瑟·韦斯莱的办公室没有理由这么小
当哈利第一次来到魔法部时，他看到了亚瑟·韦斯莱的办公室，而且惊讶地发现这间办公室几乎就一个衣橱大小。这说明亚瑟在魔法部的地位不高，也说明了魔法部有明显的等级差别存在。
但即使作为一个较低级别的员工，亚瑟甘于在这么小的办公室里也是令人奇怪的。在魔法世界里，时间和空间其实都很灵活，就像韦斯莱一家的小露营帐篷，里面充满了很大的空间一样，只要挥一挥魔杖，亚瑟就可以给自己更多的空间，不过，这样观众也许就理解不到他受的这种待遇了。
毁掉时间转换器是过于简单的情节修复
在《阿兹卡班的囚徒》中，哈利知道了时间转换器的存在，他和赫敏用它回到了过去，拯救了小天狼星和巴克比克。但问题是，这个小工具甚至可以解决此后的所有冲突，所以作者j·k·罗琳在凤凰社的神秘事务司把它们都毁掉了。
即使有了这个修复情节的环节，但关于之前使用时间转换器的一些事情也说不通。首先，它一直是被锁起来防止使用的，按道理魔法部对此一直持谨慎态度，但最后学校怎么会让一个13岁的女孩自由使用，这不可理解。其次，当魔法部的时间转换器都被销毁时，人们普遍认为不可能再有其他转换器存在，但在《被诅咒的孩子》中，阿不思·波特和斯科皮厄斯·马尔福奇迹般地又找到了一个，这似乎是整个情节中又一个重要的bug。
魔法部的功能似乎是不可持续的
在《哈利·波特》的魔法世界里，几乎所有的职业都包含在魔法部之内，属于例外的主要是商店经营，比如弗雷德和乔治韦斯莱的魔法商店，或者奥利凡德先生的魔杖店，除此之外，几乎别无选择，只能为魔法部工作。
这意味着大部分巫师经济直接来自魔法部。此外，在经历了第一次巫师战争那样的巨大损失之后，魔法部就很难维持下去了，这也可能是伏地魔能够轻松接管的部分原因，但这个系统即使在形势好的时候似乎也很难持续发挥作用。
巫师的法律体系不应该这么失败
在《阿兹卡班的囚徒》中，哈利得知了小天狼星布莱克，他的不幸在《哈利波特》中得到了总结，因为一项被污蔑的罪行，他在监狱里呆了几年。第二年，他看到一个食死徒竟然被释放了，这是因为他供出了几个名字。最后，在《凤凰社》中，哈利自己身处魔法法庭，亲眼目睹了魔法司法系统的混乱。
有了魔法的支配，魔法部本应该能比一个普通的司法系统管理得更好，但如果威森加摩想把哈利扔进阿兹卡班，或者邓布利多没有出现，哈利或将无力逃脱他们不公正的审判。
摄魂怪的使用说不通
邓布利多等巫师坚决认为摄魂怪不可信任，事实证明他是对的。这些生物是由纯粹的痛苦制造出来的，它们唯一的兴趣就是利用受害者的恐惧。而他们倒向伏地魔一边，这本来也不应该奇怪。
但糟糕的设定是用摄魂怪当狱警，这些生物都是眼盲的，它们只能感知疾病和绝望。正因为如此，才得以让小巴蒂·克劳奇和小天狼星布莱克都逃了出来，当然肯定还有更多这样的情况，哈利只知道他们两个。
魔法物品的管理不一致
在《密室》中，卢修斯·马尔福来到翻倒巷的博金-博克商店，交易一些东西，如果魔法部的亚瑟来突袭检查，那么这些东西可能会给他带来很大的麻烦。而且这并不是马尔福家族第一次在这里交易，多年后，德拉科从博金先生那里购买了被诅咒的项链和消失柜。
奇怪的是，在魔法部搜查寻找危险物品的时候，怎么会允许博金-博克百货公司开门出售那些危险物品呢?如果博金-博克公司偷偷的卖这些危险商品，那还可以理解，但他们是在明目张胆地交易，魔法部的任何官员都能看到，这就有点莫名其妙了。
伏地魔自己不当部长有点牵强
伏地魔一除掉鲁弗斯·斯克林杰，就把他的傀儡皮尔斯·辛克尼斯推上了部长的位子。哈利问伏地魔为什么不直接坐上部长的位子，卢平回答说伏地魔没有必要这样做，魔法部也能在他的完全控制之下。
伏地魔的目标就是要成为一个黑魔领主，让世界都臣服于他，所以他在背后掌控魔法部的做法不太符合他的性格，也有点说不通。就当时的情况，只要他愿意，他完全可以让自己成为实权者，然后重组魔法部。相反，他不可思议的躲在幕后，使他在麻瓜统治的大计划上收效甚微。这对哈利来说确实是个很好的运气，但对伏地魔来说完全是个不切实际的做法。
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