秦庄襄王与吕不韦的君臣关系确实非同寻常，但是他们之间还有一层隐密关系，这就是秦始皇的母亲与秦始皇。
据司马迁《史记.吕不韦列传》记载:当年吕不韦在赵国邯郸时，娶了一位能歌善舞的绝世美人邯郸姬，与之同居，已经怀孕。有一次公子异人与吕不韦一起饮酒，酒筵上吕不韦一时高兴，唤来邯郸姬跳舞助兴。公子异人一眼就看中了吕不韦这个如花似玉的美妾，请求转让给他作夫人。吕不韦一听十分恼火，但转念一想，为了异人，千金家产都已破费，何在乎区区一妾，更不能为争风吃醋坏了大事，于是将邯郸姬献给了公子异人作夫人。
这位邯郸美人，能歌善舞，原本是在风月场混惯了的，她对异人隐瞒了自己已经怀孕之事,过了十二个月，在公元前二五九年正月生下一个男孩，因为是在赵国正月出生,所以取名为正(或作政)，由于秦赵同宗,又是赵国出生，所以又以赵为氏，叫做赵正。又因秦是赢姓，后也称赢政。这个初名赵正的男孩就是后来的千古之一帝秦始皇。
对于司马迁《史记》上的这段记载，两千年来广泛流传，人们深信不疑。但是，也有些史学家认为秦始皇是吕不韦的私生子一说不可靠。明代学者汤聘尹认为这个传说是“战国好事者为之”《史神》，不可相信。明代史学家王世贞在《读书后记》中引举了两种说法:一种认为说秦始皇是吕不韦的私生子，是吕不韦故意散布的谎言，目的在于暗示秦始皇知道，他才是秦始皇的生身亲父，借此永保自己的荣华富贵。另一种认为骂秦始皇是私生子,是吕不韦的门客们泄私愤,目的在于使天下人知道秦国比六国先亡。但这些观点仅仅是推测，并没有确凿的依据。
郭沫若先生在《十批判书》中，也对这个问题进行了质疑和考证，认为“秦始皇是吕不韦的儿子的话，确实是莫须有的事”(《吕不韦与秦王政的批判》)。因为说秦始皇是吕不韦的私生子，仅见于《史记》，而《战国策》上不曾记载，且再无其它旁证;其次，《史记.吕不韦列传》本文也互相矛盾，前边写了异人夺吕不韦之妾邯郸姬立为夫人，后边又记载“子楚夫人赵豪家女也”,这讲不通;再者，《史记》还记载邯郸姬“至大期时，生子政。”
按照《索隐》引徐广注，“大期”是超过了十二个月，按谯周注释“大期”是超过十个月，这显然也是说不通的。如果说邯郸姬怀孕时间不足十月生子,那么尚可说她与吕不韦私通先孕,但过了十二个月，按照科学观点分析，显然是站不住脚的。因此，郭沫若先生推测这种说法是西汉初年，吕后称制时诸吕编造的，目的在于认吕不韦为族祖，说明天下本是吕家的天下，被刘家夺去，吕家应再夺回，为吕氏称制而制造舆论。
到了公元前二四七年，继承王位刚刚三年的秦庄襄王就又病死了，这一年太子赢政已经十三岁，吕不韦就拥立嬴政做国王，称为秦王政，他自己继续任相国，年轻的秦王政称吕不韦为“仲父”，让他总理全国政务。
2000多年来秦王政身世说法不一，至今仍是千古未解之谜。
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