春季修剪：春季主要修剪新梢，疏剪新萌发的芽点，促使分枝。
夏季修剪：夏季修剪非常重要，先将无用芽点、瘦弱芽点、过密芽点剪掉，然后摘心处理，疏剪过密枝，最后还要结合树势进行拉枝。
花果期修剪：修剪发育不好的花芽，等幼果长出后还需疏果。
冬季修剪：将所有生长不良的枝条都剪掉，保证安全越冬。
一、春季修剪
春季温度回升后柠檬树就开始萌发，会长出大量新的枝叶，此时主要是针对新枝叶、新梢进行修剪的。若是枝条上萌发的新芽点过多需要适当修剪，这样才可促使分枝生长，株形才会变得更丰满，为后期开花、结果、丰产打下基础。注意，修剪的伤口必须要保证平整，且要选晴天的时候进行修剪，这样伤口愈合的更快，柠檬树恢复的更快。
二、夏季修剪
柠檬树夏季的修剪非常重要，此时先要进行抹芽，将树枝上萌发的过密芽点、晚发的芽点、无用芽点以及过于瘦弱的芽点全部剪掉，只保留健壮的芽点即可，且要将基部萌发的芽点直接剪掉。还要摘心处理，将顶端的嫩芽剪掉，促使生长重点下移。还要疏剪过密枝，短截徒长枝，促使养分更集中，内部通风性更好。此外，还要根据柠檬树整体的树形进行拉枝处理，保证内部透光更好，枝条更好的萌发。注意，夏季温度高，雨水多，修剪后一定要在伤口处喷洒杀菌药物，避免滋生细菌。
三、花果期修剪
花果期修剪主要是修剪发育不好的花芽，将瘦弱花芽、干瘪花芽剪掉，适当疏剪过密花芽，保证健壮花芽旺盛生长。等长出幼果后还要做好疏果工作，将发育不好的幼果摘掉，减少养分消耗。
四、冬季修剪
柠檬树冬季的修剪也很重要，此时要将果树上所有生长不良的枝条剪掉，包括病虫枝、干枯枝、过密枝、横生枝、荫蔽枝等，促使养分更集中，这样对柠檬树的越冬以及来年的萌发结果都有利。
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