继续上次大蛇篇，我们来讲Nests组织篇，该篇章主要涉及：《拳皇99》、《拳皇2000》、《拳皇2001》。
《拳皇97》中草薙京、八神庵、神乐千鹤用尽全身的力量封印大蛇，因为力量之间的碰撞，产生巨大的爆炸，爆炸过后，草薙京失踪、八神庵重伤、神乐千鹤被救起。
《拳皇99》
草薙京从97到99，已经失踪两年，主角也换人了，这个故事的主角是K'，一个16岁的少年，皮肤黝黑的帅小伙。
世界各地的格斗家收到了拳皇大赛的邀请函，红丸和矢吹真吾这两年来一直在寻找草薙京的下落，看到邀请函，决定去碰碰运气，看能不能碰到草薙京参加拳皇大赛。
在这里需要提一下，矢吹真吾是草薙京的徒弟，在拳皇97的结局中草薙京还送了一副手套给矢吹真吾。
今年的拳皇大赛需要4人，为了参赛，红丸、矢吹真吾和K'、马克西马一起组队参加拳皇大赛。
而红丸不知道的是K'、马克西马是世界最大组织——Nests组织（表面上是和平组织）的实力派杀手之一。Nests组织是个和平的商业科研组织，有着强大的科技。
在拳皇大赛场外，以哈迪伦（怒队的长官）为代表的国际佣兵组织发现了大量的私人部队在全世界集结，更让人震惊的是，这些私人部队，居然全部都是"草薙京"。
在拳皇大赛里，K'队打入决赛，遇到了这次拳皇大赛的主办人库利扎里德，K'队打败库利扎里德。
然而这正是库利扎里德的计谋，库利扎里德穿的衣服是能收集数据的，这也是举办这次拳皇大赛的目的，库利扎里德要收集最厉害的人的数据，传送到"草薙京"部队。
"草薙京"部队目前还不完整，没有战斗数据无法行动，所以这就是库利扎里德举办拳皇大赛的原因。
收集到拳皇大赛最强队伍的数据，让"草薙京"部队强化，聚集在各地，攻占世界，让Nests组织统治世界。
库利扎里德告诉K'：自己是Nests组织的高管之一，而K'，你只是我的克隆人。说完库利扎里德和K'打了起来。
结果被K'反杀，库利扎里德本以为"草薙京"克隆人军团已经在占领世界各地，却突然收到上司的来电说："草薙京"克隆人军团早已经被镇压。（哈迪伦率领的国际佣兵组织干的）
神秘上司发动神秘力量解决了库利扎里德，而此时K'感觉到一股熟悉的力量正在靠近。
是草薙京！！！
K'和草薙京进行了一次战斗，K'在草薙京身上感受到一股熟悉的感觉，K'想让草薙京告诉自己的身世，但草薙京并不知道K'的身世，正在K'和草薙京打的激烈的时候，被神秘上司开启机关隔离开。神秘上司也是直接说出K'是移植了草薙京的能力。
K'对草薙京有一种熟悉的感觉，是因为草薙一族的火焰之血。
这两年来，捉走草薙京，Nests组织全力研究草薙京的力量，抽取了草薙京大量血液，让现在的草薙京很虚弱，Nests组织分成两个派别研究草薙京的力量。一种是克隆草薙京，像被灭掉的"草薙京"克隆人军团，另一种是让正常人能驾驭草薙一族的力量，K'就是这种类型。
草薙京也因此，对Nests组织怀恨在心，想要报仇，但现在的草薙京很虚弱，无式都已经无法使用了，更别提报仇，而且从实验室逃出来，也全靠八神庵破坏了Nests组织的基地，草薙京趁乱逃了出来。
在八神庵的结局里，八神庵在大蛇一战养好伤后，开始寻找草薙京，所以就找到了Neste组织的基地，并摧毁了这座基地，才导致草薙京逃跑。
K'知晓真相后脱离Nests组织，决定找回自己的记忆。
而这里，还有一个人和主线剧情有关，那就是薇普。
翻译问题，古利查力度就是库利扎里德
库利扎里德认出来薇普，叫了声姐姐，库利扎里德一直以为薇普是自己的姐姐，薇普却告诉他自己不是他的姐姐，库利扎里德你其实是K'的克隆人，植入了K'的记忆，薇普在很早之前就察觉到Nests对自己的欺骗后，背叛了组织加入了哈迪伦的国际佣兵组织。
在《拳皇99》的薇普结局中，库利扎里德虽然接受了自己是克隆人，但还是对着薇普说："姐姐，快走，这里快要塌掉了"。（薇普是K'姐姐的克隆人，K'的姐姐已领便当），薇普含泪回到了国际佣兵组织。
《拳皇2000》
经过《拳皇99》的战斗后，K'和马克西马成为国际通缉犯，不仅被国际佣兵组织盯上，同时还被Nests组织暗地里追杀。（因为表面上Neste组织是合法组织，K'和马克西马算袭击合法组织的基地）
为了捉住K'和马克西马，国际佣兵组织举办了拳皇大赛，吸引K'和马克西马现身，顺便观察Nests组织的动向。
但是哈迪伦发现，国际佣兵组织居然部署了二十多个卫星武器，并且对准了拳皇大赛所在场地，这么重大的决定，居然没人通知哈迪伦。
于是哈迪伦找到佣兵组织总司令Ling，对着决策提出质疑，不料总司令Ling直接让人逮捕、关押哈迪伦。
拳皇大赛那边已经打的很激烈了，但是状况也不太好，在监视比赛的摄像头里，看到了库拉，Nests组织专门发明对抗K'的冰能力人型兵器。
最后K'一伙还是打入了总决赛，见到了幕后BOSS，穿着战斗服的Ling，幕后BOSS就是佣兵组织的总司令Ling。
然而真相是总司令Ling早已经被暗杀，目前这人是Nests组织的高干，名叫Zero。
拳皇大赛的场地上是穿着战斗服的Ling是Zero，国际佣兵组织的基地里还有一个棋子，即下令关押哈迪伦的那位Ling。
目前，Zero通过操作棋子，相当于操作着国际佣兵组织的指挥大权，还控制着20多台卫星武器，Zero决定要背叛Nests组织，自己当老大。
而在《拳皇99》中，库利扎里德的上司，那个和K'以及草薙京对话的神秘上司就是Zero，而库利扎里德的死，也是Zero一手安排的。
Zero认为库利扎里德对Nests组织过于忠诚，会是自己事业上的一个阻碍。
最终Zero打不过K'和马克西马，于是想发动卫星攻击毁灭拳皇大赛所在地，刚准备按下去，哈迪伦救场，打掉了Ling手上的遥控器。
其实哈迪伦不出场，卫星武器也不会全部发动，在同一时间段，Nests组织的戴安娜、福克茜和库拉知道了Zero背叛的计划，于是破坏了二十多个卫星兵器，只留了一个对准Zero，只要启动卫星武器，打到的是Zero自己。
但一个卫星武器的威力也已经很大了，虽然对准的是Zero（卫星武器最后还是启动了）但拳皇大赛中多名格斗家被波及。
Zero也因此被重创，此时草薙京出现，Zero看到是草薙京，于是对着草薙京说，我把你无式的力量注入到兵器中，让他们威力更大。
草薙京听了很生气，刚想干掉Zero，却发现了个熟悉的杀气，没错就是八神庵。
于是草薙京丢下Zero和八神庵来了一次久违的决斗，在决斗前，草薙京再次想起了自己的女友："总有一天会相见的"。
好基友永远是要干架的，于是草薙京没有补刀重伤的Zero，和八神庵打了起来。
之后，薇普出现，看到了重伤的Zero，至于草薙京和八神庵，不知道去哪打架去了。薇普和Zero谈了谈话，发现Zero并不知道自己的过去，于是补刀了Zero。
此时薇普决定离开国际佣兵组织，独自对抗Nests组织。
在K'的结局中，K'和马克西马被卫星武器的攻击波及晕了过去，K'梦到一个小女孩在哭泣，醒来后K'也不知道这个小女孩是谁。
就在此时薇普出现在他们面前，画面和梦中的少女重叠，K'有点吃惊，之后薇普把知道的真相都告诉了K'，虽然马克西马无法相信薇普，但K'决定和薇普联手，向Nests组织复仇。
还有其他被爆炸波及到的格斗家，在这里说个和主线剧情有一点点关系的队伍，便是红丸队，红丸队中，有一个新角色叫麟，为了寻仇，才来参加拳皇大赛的。
麟是飞贼党（部落）的人，飞贼党的领头叫龙，龙为了投靠Nests组织，祭献了众多族人，而麟就是为了替族人报仇的。
红丸队伍因为爆炸，都倒下了，这时龙突然出现，想要诱导麟加入Nests组织，见麟不答应，龙准备解决麟，然后被红丸从背后用电攻击，却发现是个木头，龙逃走了。
库拉那边，在摧毁卫星武器的任务中，被爆炸波及，从而从太空坠落，虽然库拉是改造人，但坠入地球也必死无疑，库拉的机器人朋友Cindy最后用身体保护了库拉，让库拉安全着陆。
一命换一命，Cindy被冲击摧毁了。
《拳皇2001》
一个卫星武器摧毁一个地方，民众开始不信任Nests组织，并开始反对Nests组织的存在，但Nests组织不理睬，高调举办拳皇大赛，并亲自派出Nests队伍。（Nests队伍：K9999、库拉、安琪儿、福克茜）
K'最后还是拿下了冠军，颁奖典礼被安排在一个巨大的飞艇上，到了飞艇后并没有什么冠军奖杯，有的只是在《拳皇2000》被薇普补刀的Zero。
这时候飞艇的头分离，开始飞向宇宙。
都被补刀了，为什么还活着，原来是因为《拳皇2000》中的Zero只是眼前这个真Zero的克隆人。
真Zero带领复活的库利扎里德（K'的克隆人），龙（红丸队队员麟的寻仇对象），和自己的宠物狮子和K'队展开战斗。
K'打赢后，真Zero告诉K'后面有更大的挑战，至于我这个战败者，就和这飞船一起毁灭吧。
K'队终于到了宇宙的空间站，Nests组织的基地，与此同时，登上基地的还有库拉、K9999，安琪儿，福克茜。但福克茜被K9999和安琪儿偷袭。本来还想干掉库拉，K出现，K9999也便没有再动手。
当K'一帮人到达基地最深处时，见到了Nests组织的头目。
伊格尼斯跟K'说：我封印你的记忆，让你成为只会战斗的机器，去成为人类最强，最后我再打败你这个人类最强者K'，来证明我是神一般的存在，然后开始统治地球。
伊格尼斯和K'经历一番打斗后，K'赢了，伊格尼斯不服："如果我不能成为神，那就当个把一切都破坏的恶魔。"
说完，伊格尼斯开启了宇宙空间站基地自毁程序，撞向地球，最后K'联手库拉成功阻止，让空间站坠入了海底，伤害最小化，而K'和库拉也同时掉进海里。
库拉和K'相互看着对方，也许我们都是被那个男人创造出来的玩物，但命运是掌握在我们自己手上的。
K'最后被薇普用鞭子救了上来，库拉也被同伴救了上来，两人牵着手："我们的战斗才刚刚开始呢"
是的，战斗才刚刚开始，伊格尼斯旁边的那个女人，是遥彼的人，这次她联合飞贼党的龙，看上了雅典娜师兄椎拳崇的龙之气。
在八神队的结局里，八神的三个队友都是来捕捉八神的，于是八神又和队友打了起来。
Nests组织篇结束，在这个篇章中草薙京和八神庵没怎么出场，因为当时SNK准备推新的主角，但八神庵和草薙京人气真的挺高，于是后半部分遥彼篇，八神庵和草薙京又将回归大众视野。
下一篇，西方的遥远彼之地一族全面进攻，西方地球意志带领族人，来夺取东方地球意志大蛇的力量。大蛇八杰集只剩残留，三神器家族神器也被遥彼一族盯上，敬请期待《拳皇》系列——遥远彼之地篇
